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	<title>Comments on: Essai : Des contraintes de l&#8217;évolution</title>
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		<title>By: tomroud.com &#187; Blog Archive &#187; Influenza</title>
		<link>http://tomroud.com/2007/07/18/essai-des-contraintes-de-levolution/comment-page-1/#comment-942</link>
		<dc:creator>tomroud.com &#187; Blog Archive &#187; Influenza</dc:creator>
		<pubDate>Sat, 29 Sep 2007 15:53:51 +0000</pubDate>
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		<description>[...] un aspect théorique très intéressant  : si l&#8217;évolution de la protéine HA est contrainte, elle est potentiellement prédictible, ce qui devrait considérablement aider à la mise au point [...]</description>
		<content:encoded><![CDATA[<p>[...] un aspect théorique très intéressant  : si l&#8217;évolution de la protéine HA est contrainte, elle est potentiellement prédictible, ce qui devrait considérablement aider à la mise au point [...]</p>
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		<title>By: romain</title>
		<link>http://tomroud.com/2007/07/18/essai-des-contraintes-de-levolution/comment-page-1/#comment-722</link>
		<dc:creator>romain</dc:creator>
		<pubDate>Mon, 23 Jul 2007 16:31:00 +0000</pubDate>
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		<description>Aloah &lt;BR/&gt;&lt;BR/&gt;Je trouve sympa de penser que le code génétique que nous connaissons n&#039;est pas forcement le plus aboutit mais simplement le plus fonctionel. Un peu comme si nous étions les millieu de gamme de la &quot;vie&quot; , le produit qui a le meilleur rapport qualitées/prix mais pas toute les options...et ça que nous soyons humain ou bactérie.&lt;BR/&gt;j&#039;en connais certain a qui cette idée doit fair mal a leur égos ...&lt;BR/&gt;--&lt;BR/&gt;Romain</description>
		<content:encoded><![CDATA[<p>Aloah </p>
<p>Je trouve sympa de penser que le code génétique que nous connaissons n&#8217;est pas forcement le plus aboutit mais simplement le plus fonctionel. Un peu comme si nous étions les millieu de gamme de la &#8220;vie&#8221; , le produit qui a le meilleur rapport qualitées/prix mais pas toute les options&#8230;et ça que nous soyons humain ou bactérie.<br />j&#8217;en connais certain a qui cette idée doit fair mal a leur égos &#8230;<br />&#8211;<br />Romain</p>
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		<title>By: Tom Roud</title>
		<link>http://tomroud.com/2007/07/18/essai-des-contraintes-de-levolution/comment-page-1/#comment-723</link>
		<dc:creator>Tom Roud</dc:creator>
		<pubDate>Mon, 23 Jul 2007 14:32:00 +0000</pubDate>
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		<description>Je poste ce commentaire sur votre blog aussi ! (Merci pour le commentaire sur la lettre ;) ).&lt;BR/&gt;&lt;BR/&gt;&lt;BR/&gt;Bonjour,&lt;BR/&gt;quelques commentaires :&lt;BR/&gt;- d&#039;abord, je n&#039;aurais pas dû écrire que la machinerie était rigoureusement identique. Simplification outrancière de physicien (le pire, c&#039;est que je savais pertinemment qu&#039;il y avait des variations). &lt;BR/&gt;- Néanmoins, quand il y a 5% de différence entre le code de mitochondries et le code humain, on peut s&#039;interroger. Je ne crois pas qu&#039;il y ait 5% de différence entre le génome d&#039;un humain et le génome d&#039;une bactérie ;). Donc cela montre que le code génétique n&#039;a quasiment pas évolué depuis plusieurs milliards d&#039;années; il est donc &quot;contraint&quot;. Par quoi ?&lt;BR/&gt;- on peut, comme vous le dites, supposer qu&#039;il est &quot;optimisé&quot;.  Je ne suis pas si sûr;  l&#039;évolution peut faire simplement avec ce qu&#039;elle a; elle trouve des solutions qui marchent plus ou moins.  Une fois que ces solutions sont trouvées, elle n&#039;a aucune raison d&#039;en changer, surtout quand elle a bien &quot;élaboré&quot; à partir de ces solutions. Mais absolument rien ne dit que l&#039;évolution trouve des optimums globaux. Tout au plus des optimums locaux. &lt;BR/&gt;- Ensuite, l&#039;évolution future est contrainte par les choix passés. La meilleure preuve, c&#039;est que des espèces sont parfois incapables de s&#039;adapter et disparaissent. Ces espèces se sont trouvées piégées dans des minimas locaux, et lorsque le paysage d&#039;évolution change, elles sont bloquées par l&#039;équivalent de barrières évolutives et c&#039;est fini pour elle. Ce qui montre bien que l&#039;évolution n&#039;est pas capable a priori de trouver des optimums globaux : elle peut aller dans un cul de sac.&lt;BR/&gt;- Ce que dit Vincent Fleury, c&#039;est que le mode d&#039;organisation des tétrapodes est un tel &quot;puits de potentiel&quot;, un tel optimum local. Ni plus, ni moins. Il y a un vrai rapport avec l&#039;évolution dans la mesure où il a une prédiction simple : aucun animal descendant des tetrapodes n&#039;aura un plan d&#039;organisation différent. L&#039;analogie que je vois avec le code génétique est la suivante : les tétrapodes sont-là, disons, depuis quoi, 400 millions d&#039;années ? Le Code génétique a été choisi, fixé en combien de temps ? Je ne sais pas trop, mais je dirais au grand maximum 500 millions d&#039;années  (c&#039;est en tous cas minoré par le temps entre  l&#039;apparition de la vie et la séparation entre les eucaryotes/procaryotes), non ? Si vous pensez que le code génétique est optimum, diriez-vous aussi que le plan d&#039;organisation des tétrapodes l&#039;est ?</description>
		<content:encoded><![CDATA[<p>Je poste ce commentaire sur votre blog aussi ! (Merci pour le commentaire sur la lettre <img src='http://tomroud.com/wp-includes/images/smilies/icon_wink.gif' alt=';)' class='wp-smiley' />  ).</p>
<p>Bonjour,<br />quelques commentaires :<br />- d&#8217;abord, je n&#8217;aurais pas dû écrire que la machinerie était rigoureusement identique. Simplification outrancière de physicien (le pire, c&#8217;est que je savais pertinemment qu&#8217;il y avait des variations). <br />- Néanmoins, quand il y a 5% de différence entre le code de mitochondries et le code humain, on peut s&#8217;interroger. Je ne crois pas qu&#8217;il y ait 5% de différence entre le génome d&#8217;un humain et le génome d&#8217;une bactérie <img src='http://tomroud.com/wp-includes/images/smilies/icon_wink.gif' alt=';)' class='wp-smiley' /> . Donc cela montre que le code génétique n&#8217;a quasiment pas évolué depuis plusieurs milliards d&#8217;années; il est donc &#8220;contraint&#8221;. Par quoi ?<br />- on peut, comme vous le dites, supposer qu&#8217;il est &#8220;optimisé&#8221;.  Je ne suis pas si sûr;  l&#8217;évolution peut faire simplement avec ce qu&#8217;elle a; elle trouve des solutions qui marchent plus ou moins.  Une fois que ces solutions sont trouvées, elle n&#8217;a aucune raison d&#8217;en changer, surtout quand elle a bien &#8220;élaboré&#8221; à partir de ces solutions. Mais absolument rien ne dit que l&#8217;évolution trouve des optimums globaux. Tout au plus des optimums locaux. <br />- Ensuite, l&#8217;évolution future est contrainte par les choix passés. La meilleure preuve, c&#8217;est que des espèces sont parfois incapables de s&#8217;adapter et disparaissent. Ces espèces se sont trouvées piégées dans des minimas locaux, et lorsque le paysage d&#8217;évolution change, elles sont bloquées par l&#8217;équivalent de barrières évolutives et c&#8217;est fini pour elle. Ce qui montre bien que l&#8217;évolution n&#8217;est pas capable a priori de trouver des optimums globaux : elle peut aller dans un cul de sac.<br />- Ce que dit Vincent Fleury, c&#8217;est que le mode d&#8217;organisation des tétrapodes est un tel &#8220;puits de potentiel&#8221;, un tel optimum local. Ni plus, ni moins. Il y a un vrai rapport avec l&#8217;évolution dans la mesure où il a une prédiction simple : aucun animal descendant des tetrapodes n&#8217;aura un plan d&#8217;organisation différent. L&#8217;analogie que je vois avec le code génétique est la suivante : les tétrapodes sont-là, disons, depuis quoi, 400 millions d&#8217;années ? Le Code génétique a été choisi, fixé en combien de temps ? Je ne sais pas trop, mais je dirais au grand maximum 500 millions d&#8217;années  (c&#8217;est en tous cas minoré par le temps entre  l&#8217;apparition de la vie et la séparation entre les eucaryotes/procaryotes), non ? Si vous pensez que le code génétique est optimum, diriez-vous aussi que le plan d&#8217;organisation des tétrapodes l&#8217;est ?</p>
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		<title>By: Oldcola</title>
		<link>http://tomroud.com/2007/07/18/essai-des-contraintes-de-levolution/comment-page-1/#comment-724</link>
		<dc:creator>Oldcola</dc:creator>
		<pubDate>Sun, 22 Jul 2007 15:14:00 +0000</pubDate>
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		<description>Salut,&lt;BR/&gt;&lt;BR/&gt;C&#039;est vrai que la différence n&#039;est pas énorme, mais elle existe et du coup ni &quot;universel&quot;, ni &quot;exactement&quot;, ni &quot;rigoureusement&quot; ne peuvent être utilisés; ces adverbes cachent les traces d&#039;évolution du code génétique et peuvent facilement induire en erreur.&lt;BR/&gt;&lt;BR/&gt;J&#039;ai répondu longuement &lt;A HREF=&quot;http://dloale.wordpress.com/2007/07/22/des-contraintes-de-lvolution/&quot; REL=&quot;nofollow&quot;&gt;ici&lt;/A&gt;. L&#039;intention est de fournir du matériel pour compléter l&#039;essai.&lt;BR/&gt;&lt;BR/&gt;Et tant que j&#039;y suis, la lettre d&#039;Adam Roudski m&#039;a bien fait marrer. J&#039;ai soupçonné Staune d&#039;écrire sous pseudonyme pendant un instant, le temps de voir l&#039;UFO passer devant mon écran :-D</description>
		<content:encoded><![CDATA[<p>Salut,</p>
<p>C&#8217;est vrai que la différence n&#8217;est pas énorme, mais elle existe et du coup ni &#8220;universel&#8221;, ni &#8220;exactement&#8221;, ni &#8220;rigoureusement&#8221; ne peuvent être utilisés; ces adverbes cachent les traces d&#8217;évolution du code génétique et peuvent facilement induire en erreur.</p>
<p>J&#8217;ai répondu longuement <a HREF="http://dloale.wordpress.com/2007/07/22/des-contraintes-de-lvolution/" REL="nofollow">ici</a>. L&#8217;intention est de fournir du matériel pour compléter l&#8217;essai.</p>
<p>Et tant que j&#8217;y suis, la lettre d&#8217;Adam Roudski m&#8217;a bien fait marrer. J&#8217;ai soupçonné Staune d&#8217;écrire sous pseudonyme pendant un instant, le temps de voir l&#8217;UFO passer devant mon écran <img src='http://tomroud.com/wp-includes/images/smilies/icon_biggrin.gif' alt=':-D' class='wp-smiley' /> </p>
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	<item>
		<title>By: Tom Roud</title>
		<link>http://tomroud.com/2007/07/18/essai-des-contraintes-de-levolution/comment-page-1/#comment-725</link>
		<dc:creator>Tom Roud</dc:creator>
		<pubDate>Sat, 21 Jul 2007 23:20:00 +0000</pubDate>
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		<description>Bonjour,&lt;BR/&gt;juste pour préciser, si j&#039;en crois &lt;A HREF=&quot;http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=cooper.table.1631 &quot; REL=&quot;nofollow&quot;&gt;ce site&lt;/A&gt;, il y a quatre codons différents, sur 64, ce qui est tout de même assez peu, convenons-en ;) . Il semble aussi qu&#039;il y ait variation du &quot;code universel&quot; - ce n&#039;est pas moi qui l&#039;appelle comme ça mais le livre cité en référence - dans la levure et les mitochondries des plantes. &lt;BR/&gt;&lt;BR/&gt;Cela dit, j&#039;aurais dû être plus prudent dans mon essai, je le reconnais. J&#039;aurais dû dire d&#039;ailleurs que les processus apparus très tôt et généraux évoluent beaucoup plus lentement que les autres (si c&#039;est possible de faire un comparison ;) )&lt;BR/&gt;&lt;BR/&gt;Sinon, cet essai porte bien son nom, c&#039;est juste une idée en l&#039;air pour essayer de répondre à tous ceux qui pensent qu&#039;évolution = marche vers la perfection. C&#039;est peut-être n&#039;importe quoi :D !</description>
		<content:encoded><![CDATA[<p>Bonjour,<br />juste pour préciser, si j&#8217;en crois <a HREF="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=cooper.table.1631 " REL="nofollow">ce site</a>, il y a quatre codons différents, sur 64, ce qui est tout de même assez peu, convenons-en <img src='http://tomroud.com/wp-includes/images/smilies/icon_wink.gif' alt=';)' class='wp-smiley' />  . Il semble aussi qu&#8217;il y ait variation du &#8220;code universel&#8221; &#8211; ce n&#8217;est pas moi qui l&#8217;appelle comme ça mais le livre cité en référence &#8211; dans la levure et les mitochondries des plantes. </p>
<p>Cela dit, j&#8217;aurais dû être plus prudent dans mon essai, je le reconnais. J&#8217;aurais dû dire d&#8217;ailleurs que les processus apparus très tôt et généraux évoluent beaucoup plus lentement que les autres (si c&#8217;est possible de faire un comparison <img src='http://tomroud.com/wp-includes/images/smilies/icon_wink.gif' alt=';)' class='wp-smiley' />  )</p>
<p>Sinon, cet essai porte bien son nom, c&#8217;est juste une idée en l&#8217;air pour essayer de répondre à tous ceux qui pensent qu&#8217;évolution = marche vers la perfection. C&#8217;est peut-être n&#8217;importe quoi <img src='http://tomroud.com/wp-includes/images/smilies/icon_biggrin.gif' alt=':D' class='wp-smiley' />  !</p>
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	<item>
		<title>By: Oldcola</title>
		<link>http://tomroud.com/2007/07/18/essai-des-contraintes-de-levolution/comment-page-1/#comment-726</link>
		<dc:creator>Oldcola</dc:creator>
		<pubDate>Sat, 21 Jul 2007 19:22:00 +0000</pubDate>
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		<description>Bonjour,&lt;BR/&gt;&lt;BR/&gt;je viens de stocker l&#039;essai pour le lire et le commenter dans la soirée, mais une remarque rapide en guise d&#039;introduction s&#039;impose : le code génétique n&#039;est pas universel et la machinerie responsable de la traduction de mRNAs non plus.&lt;BR/&gt;Pour ne pas aller loin il suffit de comparer le&lt;B&gt;s&lt;/B&gt; code&lt;B&gt;s&lt;/B&gt; génétique&lt;B&gt;s&lt;/B&gt; des vos &lt;A HREF=&quot;http://www.mitomap.org/human_mito_code.html&quot; REL=&quot;nofollow&quot;&gt;mitochondries&lt;/A&gt; et de vos &lt;A HREF=&quot;http://ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/posters/chromosome/gencode.shtml&quot; REL=&quot;nofollow&quot;&gt;noyaux&lt;/A&gt; :-) &lt;BR/&gt;&lt;BR/&gt;Eh oui, &lt;B&gt;&lt;I&gt;ils sont différents&lt;/I&gt;&lt;/B&gt;.&lt;BR/&gt;&lt;BR/&gt;Ayant à jongler avez quelque 18 tables de codons différentes par moments je ne peux laisser passer cette vision du code génétique &quot;universel&quot; sans commentaire (il vaut mieux parler de &quot;standard&quot; d&#039;ailleurs).&lt;BR/&gt;Les processus évolutifs n&#039;ont pas abouti à &lt;I&gt;une seule&lt;/I&gt; table de codons, donc.</description>
		<content:encoded><![CDATA[<p>Bonjour,</p>
<p>je viens de stocker l&#8217;essai pour le lire et le commenter dans la soirée, mais une remarque rapide en guise d&#8217;introduction s&#8217;impose : le code génétique n&#8217;est pas universel et la machinerie responsable de la traduction de mRNAs non plus.<br />Pour ne pas aller loin il suffit de comparer le<b>s</b> code<b>s</b> génétique<b>s</b> des vos <a HREF="http://www.mitomap.org/human_mito_code.html" REL="nofollow">mitochondries</a> et de vos <a HREF="http://ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/posters/chromosome/gencode.shtml" REL="nofollow">noyaux</a> <img src='http://tomroud.com/wp-includes/images/smilies/icon_smile.gif' alt=':-)' class='wp-smiley' />  </p>
<p>Eh oui, <b><i>ils sont différents</i></b>.</p>
<p>Ayant à jongler avez quelque 18 tables de codons différentes par moments je ne peux laisser passer cette vision du code génétique &#8220;universel&#8221; sans commentaire (il vaut mieux parler de &#8220;standard&#8221; d&#8217;ailleurs).<br />Les processus évolutifs n&#8217;ont pas abouti à <i>une seule</i> table de codons, donc.</p>
]]></content:encoded>
	</item>
	<item>
		<title>By: Matthieu</title>
		<link>http://tomroud.com/2007/07/18/essai-des-contraintes-de-levolution/comment-page-1/#comment-727</link>
		<dc:creator>Matthieu</dc:creator>
		<pubDate>Thu, 19 Jul 2007 13:19:00 +0000</pubDate>
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		<description>C&#039;est une idée tres interessante, cette facon de presenter l&#039;évolution. Au debut, le &quot;champ des possibles&quot; est tres large, mais une fois engagé dans une voie, toutes les étapes supplémentaires ajoutant de la complexité rendent impossible le retour en arrière. Du coup, la voie choisie semble retrospectivement la seule possible, mais ce n&#039;est qu&#039;une limitation de notre imagination. Quel beau terrain de jeu pour les ecrivains de SF...</description>
		<content:encoded><![CDATA[<p>C&#8217;est une idée tres interessante, cette facon de presenter l&#8217;évolution. Au debut, le &#8220;champ des possibles&#8221; est tres large, mais une fois engagé dans une voie, toutes les étapes supplémentaires ajoutant de la complexité rendent impossible le retour en arrière. Du coup, la voie choisie semble retrospectivement la seule possible, mais ce n&#8217;est qu&#8217;une limitation de notre imagination. Quel beau terrain de jeu pour les ecrivains de SF&#8230;</p>
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