Comments on: Biologie 2.0 http://tomroud.com/2008/02/25/biologie-20/ Sun, 07 Sep 2008 15:33:20 +0000 http://wordpress.org/?v=2.5.1 By: synthekidia http://tomroud.com/2008/02/25/biologie-20/#comment-2386 synthekidia Sat, 29 Mar 2008 18:04:16 +0000 http://tomroud.com/2008/02/25/biologie-20/#comment-2386 Bonjour, je m'initie dans la conversation - d'abord parce que j'aime beaucoup votre blog que je lis toujours avec intérêt - et ensuite pour moduler l'affirmation : "c'est de l'ingénierie donc pas de la vie." Pour certains et pour paraphraser R. Feynman (What I cannot create, I do not understand) faire de la SB correspond à une démarche d'étude des processus vivants : d'abord en essayant de les reproduire, ensuite en validant des concepts sur de nouveaux et enfin en tentant de comprendre les processus biologiques par une approche reverse-engineering. Etant donné qu'en SB la question de la fonction biologique est tranchée car la conception de processus est pour faire quelque chose, on se focalise sur la manière de le faire. Ceci ouvre des perspectives en inversant le procédé, à partir de processus identifié en SB, peut-on contribuer à donner un éclairage nouveau sur les fonctions biologiques ? Bonjour,
je m’initie dans la conversation - d’abord parce que j’aime beaucoup votre blog que je lis toujours avec intérêt - et ensuite pour moduler l’affirmation : “c’est de l’ingénierie donc pas de la vie.”

Pour certains et pour paraphraser R. Feynman (What I cannot create, I do not understand) faire de la SB correspond à une démarche d’étude des processus vivants : d’abord en essayant de les reproduire, ensuite en validant des concepts sur de nouveaux et enfin en tentant de comprendre les processus biologiques par une approche reverse-engineering.

Etant donné qu’en SB la question de la fonction biologique est tranchée car la conception de processus est pour faire quelque chose, on se focalise sur la manière de le faire. Ceci ouvre des perspectives en inversant le procédé, à partir de processus identifié en SB, peut-on contribuer à donner un éclairage nouveau sur les fonctions biologiques ?

]]> By: Zaowouki http://tomroud.com/2008/02/25/biologie-20/#comment-2309 Zaowouki Tue, 04 Mar 2008 01:44:10 +0000 http://tomroud.com/2008/02/25/biologie-20/#comment-2309 Salut, En parallèle des dangers de la biologie synthétique, il y a le débat sur le sens d'une biologie "engineerée". Peut on réduire un système biologique à un dispositif d'ingénieur? Sur ce point j'aime bien l'article suivant (même si je ne suis pas d'accord sur de nombreux points): http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6WWK-46T3JF1-6&_user=1082852&_rdoc=1&_fmt=&_orig=search&_sort=d&view=c&_acct=C000051401&_version=1&_urlVersion=0&_userid=1082852&md5=91153cab4aaf90f077949d4656a04d47 D'autre part je me demandais si la biologie "synthétique" est forcément "systèmique". Un spécialiste pourait-il me répondre? Salut,

En parallèle des dangers de la biologie synthétique, il y a le débat sur le sens d’une biologie “engineerée”. Peut on réduire un système biologique à un dispositif d’ingénieur?
Sur ce point j’aime bien l’article suivant (même si je ne suis pas d’accord sur de nombreux points):

http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6WWK-46T3JF1-6&_user=1082852&_rdoc=1&_fmt=&_orig=search&_sort=d&view=c&_acct=C000051401&_version=1&_urlVersion=0&_userid=1082852&md5=91153cab4aaf90f077949d4656a04d47

D’autre part je me demandais si la biologie “synthétique” est forcément “systèmique”. Un spécialiste pourait-il me répondre?

]]> By: Nicole http://tomroud.com/2008/02/25/biologie-20/#comment-2307 Nicole Sun, 02 Mar 2008 18:32:19 +0000 http://tomroud.com/2008/02/25/biologie-20/#comment-2307 Salut, Bravo pour l'idée du shifumi biologique. C'est tres mignon et pédago. Bravo ! Pour rester dans les japonaiseries, je t'envoie l'origami moléculaire. Enjoy ! http://www.nature.com/nature/journal/v440/n7082/full/nature04586.html Nicole Salut,

Bravo pour l’idée du shifumi biologique. C’est tres mignon et pédago. Bravo !

Pour rester dans les japonaiseries, je t’envoie l’origami moléculaire. Enjoy !

http://www.nature.com/nature/journal/v440/n7082/full/nature04586.html

Nicole

]]> By: oldcola http://tomroud.com/2008/02/25/biologie-20/#comment-2290 oldcola Thu, 28 Feb 2008 18:37:55 +0000 http://tomroud.com/2008/02/25/biologie-20/#comment-2290 Hello, Oui, j'ai bien aimé ton billet, c'est le papier d'Alberganti qui m'a irrité un peu et le fait qu'il y a eu des personnes de mon entourage qui ont été alarmées. Je n'aime pas ces "mises en garde" qui ne viennent jamais avec les contraintes que l'on connaît plutôt bien quand on travaille avec des OGM de labo. Assilomar/ADN recombinant ne date pas de hier. Ceci dit, les Pathogènes Génétiquement Modifiés, le bio-terrorisme, est un problème. Et je pense qu'il est présent non pas en SF mais aussi à l'esprit de tous ceux qui s'intéressent au génie génétique (plus ou moins, mas présent quand même). Beaucoup plus inquiétant que la biologie synthétique. La première génération de bactéries synthétiques de Venter devrait être juste une réplique au génome synthétisé et implanté dans une cellule vidé de son ADN (ils savent synthétiser des chromosomes bactériens et ils savent les transplanter). La deuxième génération est plus intéressante : un génome assemblé pour être minimal. Une espèce de "fond de sauce" qui servira d'une part de réceptacle pour des blocks fonctionnels et d'autre part sera cultivée pour voir comment elle évolue sous divers environnements. Guess what? C'est la deuxième partie qui me semble la plus prometteuse à terme. Tes animations très bien, on dirait un Mac User ;-) Hello,

Oui, j’ai bien aimé ton billet, c’est le papier d’Alberganti qui m’a irrité un peu et le fait qu’il y a eu des personnes de mon entourage qui ont été alarmées. Je n’aime pas ces “mises en garde” qui ne viennent jamais avec les contraintes que l’on connaît plutôt bien quand on travaille avec des OGM de labo. Assilomar/ADN recombinant ne date pas de hier.
Ceci dit, les Pathogènes Génétiquement Modifiés, le bio-terrorisme, est un problème. Et je pense qu’il est présent non pas en SF mais aussi à l’esprit de tous ceux qui s’intéressent au génie génétique (plus ou moins, mas présent quand même). Beaucoup plus inquiétant que la biologie synthétique.

La première génération de bactéries synthétiques de Venter devrait être juste une réplique au génome synthétisé et implanté dans une cellule vidé de son ADN (ils savent synthétiser des chromosomes bactériens et ils savent les transplanter).
La deuxième génération est plus intéressante : un génome assemblé pour être minimal. Une espèce de “fond de sauce” qui servira d’une part de réceptacle pour des blocks fonctionnels et d’autre part sera cultivée pour voir comment elle évolue sous divers environnements.
Guess what? C’est la deuxième partie qui me semble la plus prometteuse à terme.

Tes animations très bien, on dirait un Mac User ;-)

]]> By: Cuistres ? « Coffee and Sci(ence) http://tomroud.com/2008/02/25/biologie-20/#comment-2288 Cuistres ? « Coffee and Sci(ence) Thu, 28 Feb 2008 16:32:24 +0000 http://tomroud.com/2008/02/25/biologie-20/#comment-2288 [...] été gratifié de son sourire.Plus tard j’ai découvert en consultant les RSS du jour, chez Tom Roud, la raison probable de la question : l’article de Michel Alberganti, “La vie inventée [...] [...] été gratifié de son sourire.Plus tard j’ai découvert en consultant les RSS du jour, chez Tom Roud, la raison probable de la question : l’article de Michel Alberganti, “La vie inventée [...]

]]> By: Enro http://tomroud.com/2008/02/25/biologie-20/#comment-2285 Enro Wed, 27 Feb 2008 08:42:06 +0000 http://tomroud.com/2008/02/25/biologie-20/#comment-2285 Ah oui, désolé pour le lien : <a href="http://fr.wikipedia.org/wiki/Féerie_(roman)" rel="nofollow">"Féerie"</a> Ah oui, désolé pour le lien : “Féerie”

]]> By: Tom Roud http://tomroud.com/2008/02/25/biologie-20/#comment-2284 Tom Roud Wed, 27 Feb 2008 03:18:51 +0000 http://tomroud.com/2008/02/25/biologie-20/#comment-2284 @ all : marrant cet Adrian Bejan, je ne connaissais pas du tout, mais cette théorie constructale ressemble beaucoup à des trucs existants notamment pour la description des flux métaboliques dans les réseaux @ Enro : merci pour les liens (par contre c'est deux fois le même, quel est le lien pour Feerie ?). Pas directement à voir, mais certains commentaires de l'article du Monde sont vraiment pathétiques. Dire que Bensimon n'y connaît rien à la biologie, c'est assez extraordinaire de cuistrerie. @ all : marrant cet Adrian Bejan, je ne connaissais pas du tout, mais cette théorie constructale ressemble beaucoup à des trucs existants notamment pour la description des flux métaboliques dans les réseaux
@ Enro : merci pour les liens (par contre c’est deux fois le même, quel est le lien pour Feerie ?).
Pas directement à voir, mais certains commentaires de l’article du Monde sont vraiment pathétiques. Dire que Bensimon n’y connaît rien à la biologie, c’est assez extraordinaire de cuistrerie.

]]> By: Enro http://tomroud.com/2008/02/25/biologie-20/#comment-2283 Enro Tue, 26 Feb 2008 21:34:55 +0000 http://tomroud.com/2008/02/25/biologie-20/#comment-2283 Je suis d'accord avec Tom, la science-fiction offre sur la biologie synthétique des perspectives et une réflexion intéressantes (<a href="http://www.enroweb.com/blogsciences/index.php?2006/11/05/70-quand-la-science-fiction-stimule-la-reflexion-sur-les-sciences" rel="nofollow">comme souvent</a>). Je pense par exemple à <a href="http://www.internetactu.net/2007/06/22/la-synbio-selon-rudy-rucker/" rel="nofollow">Rudy Rucker</a> ou à <a href="http://www.internetactu.net/2007/06/22/la-synbio-selon-rudy-rucker/" rel="nofollow">"Féerie" de P. J. McAuley</a> qui montrent les utilisations possibles de la manipulation du vivant à l'échelle micro et la fabrication de virus etc. Difficile de ne pas voir cela derrière ce que raconte Tom ou ce dont David Bensimon met en garde... Je suis d’accord avec Tom, la science-fiction offre sur la biologie synthétique des perspectives et une réflexion intéressantes (comme souvent). Je pense par exemple à Rudy Rucker ou à “Féerie” de P. J. McAuley qui montrent les utilisations possibles de la manipulation du vivant à l’échelle micro et la fabrication de virus etc. Difficile de ne pas voir cela derrière ce que raconte Tom ou ce dont David Bensimon met en garde…

]]> By: all http://tomroud.com/2008/02/25/biologie-20/#comment-2281 all Tue, 26 Feb 2008 15:08:54 +0000 http://tomroud.com/2008/02/25/biologie-20/#comment-2281 ERR c'est AdriAn Bejan http://constructal.org/ ERR c’est AdriAn Bejan http://constructal.org/

]]> By: all http://tomroud.com/2008/02/25/biologie-20/#comment-2280 all Tue, 26 Feb 2008 15:07:19 +0000 http://tomroud.com/2008/02/25/biologie-20/#comment-2280 Oui d'accord, mais nos ancêtres ont eu les mêmes craintes en découvrant les automates de Vaucanson, car ils y voyaient une vie artificielle - et il est vrai que les robots peuvent être programmés méchants. Oui d’accord, mais nos ancêtres ont eu les mêmes craintes en découvrant les automates de Vaucanson, car ils y voyaient une vie artificielle - et il est vrai que les robots peuvent être programmés méchants.

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