Glanées vacancières
Reprise en forme de toutes petites revues de lectures d’été
Glané dans le Canard Enchaîné
le 2 juillet :
Sarko est aussi convaincu qu’il lui revient de définir les programmes de la télé, de même qu’il s’est déjà occupé de ceux des écoles … Il a aussi ses marottes : plus d’Europe, plus de sciences, comme l’en ont convaincu ses amis les très étranges frères Bogdanoff, récemment reçus à l’Elysée. ” Une immixtion proprement scandaleuse. France Télévisions n’est pas là pour satisfaire les goûts personnels de tel ou tel. Si cela se passe comme ça pour les programmes, qu’est-ce que ça va être pour l’info ?” s’étrangle le producteur Nicolas Traube.
le 9 juillet sur “la Star Ac” des pistonnés
Les frères Bogdanoff : la science du recrutement
Militants sarkozystes pressentis pour décrocher à nouveau un magazine sur France Télés, ils y produisaient, jusqu’en 2007, “Rayon X” et avaient su trouver les bons filons : Laurent Juppé était leur chef de studio et Pierre Sarkozy s’occupait de la partie musicale. Pas étonnant que le 17 juin à l’Elysée, Sarko ait alpagué Duhamel pour le tancer publiquement sur le contenu des programmes, en lui reprochant, notamment, de ne “pas parler assez de sciences”.
Va-t-il falloir développer une version télévisuelle de “Crackpot Detector” ? Et que devient l’excellent “c’est pas sorcier” ?
Glané dans la structure des révolutions scientifiques de Thomas Kuhn
Vous doutez de vous ? Vous en avez marre de la science ? Vous n’êtes pas le seul . Ainsi parlait Wolfgang Pauli avant l’invention de la description matricielle de la physique quantique de Heisenberg :
En ce moment la physique est de nouveau terriblement confuse. En tous cas, c’est trop difficile pour moi et je voudrais être acteur de cinéma ou quelque chose du même genre et n’avoir jamais entendu parler de physique.
La citation vient au milieu d’un paragraphe consacré à la crise dans les disciplines scientifiques. J’y reviendrai certainement dans un prochain billet mais quand on voit la généralisation du number crunching en sciences (dont parlaient récemment, sur deux sujets complètement différents, Alexandre Delaigue à la suite du dernier numéro de Wired et Enro à propos de la médaille d’or du CNRS), je me dis qu’on est effectivement en train de vivre une vraie crise scientifique.
Glané en fouillant dans mes archives, dans un numéro spécial de Pour la Science consacré à la complexité, paru en Décembre 2003, sur les liens entre économie et physique
Pour revenir sur les débats agitant le blog de l’énervé, Jean-Philippe Bouchaud a écrit un article remarquable sur la comparaison entre marchés financiers et des systèmes physiques bien connus (type verres de spin). Comme ces derniers, les marchés financiers sont caractérisés par une complexité rendant caduque toute notion d’optimisation globale :
Le paradigme de l’Homo economicus, optimisant en permanence sa fortune morale, se heurte à un mur de complexité algorithmique, qui rend caduque [la] fonction d’utilité. Un exemple, classique dans les manuels d’économie, est celui de la ménagère qui ressort du supermarché avec un caddie censé contenir les produits qui maximisent sa fonction d’utilité. (…) La fonction d’utilité est une fonction de N variables (…). Dès que N est un peu grand (par exemple N=100 produits différents) et que la fonction d’utilité a une structure un peu compliquée, la recherche de la configuration optimale ne peut être menée à bien; aucun ordinateur ne peut énumérer les 2^100, soit envirion 10^30 combinaisons possibles ! Il est donc clair que la ménagère, même parfaitement rationnelle, ne remplit pas son caddie en utlisant ce procédé. Son optimisation est au mieux locale, et non globale.
Du coup, on peut étudier les marchés financiers comme des systèmes physiques bien connus, avec des “quasi-équilibres, interrompus par des crises brutales : on parle de dynamique intermittente”. Bouchaud en tire la conclusion suivante :
Du point de vue pratique, la regrettable complexité des systèmes économiques, (…) tels que la moindre perturbation (réforme, modification des taux…) peut avoir un effet opposé à celui opposé à celui anticipé, paraît pour le moins déprimante, car elle limite de facto la pertinence des politiques économiques.
Je ne sais pas si les idées des physiciens de la grande école franco-italienne “verre de spin” ont gagné l’économie, mais à la lumière de l’article je me suis dit que c’était vraiment le bon niveau de description. Et cela fait effectivement réfléchir sur la notion même de politique économique, qui paraît donc carrément naive (voir aussi cet article ).
En tous cas, Bouchaud a depuis monté sa propre start-up en finance, qui a recruté nombre de mes camarades de DEA/thèse et, murmure-t-on dans le milieu de la physique française non permanente, vogue de succès en succès…
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July 18th, 2008 at 8:24 pm
Moui, je reste toujours un peu sceptique devant les critiques à ce niveau de généralité. Que la ménagère ne soit pas rationnelle, la question se pose assez peu. La vraie interrogation vient de l’importance quantitative de la déviation due aux calculs impossibles.
Cette déviation peut effectivement être très importante sur les marchés financiers, mais pour d’autres raisons, celles du mimétisme qu’il désigne dans le papier en lien, néanmoins il fait une grosse erreur en confondant les comportements mimétiques (rationnels) et l’influence des émotions (irrationnelles). Mais que les marchés financiers fonctionnent effectivement ainsi ne permet pas de généraliser : ils ont une structure informationnelle très spécifique, publient un grand nombre de données (par définition les cours de bourses sont publics), tandis que l’économie “réelle” est beaucoup plus opaque et difficilement accessible au “data cruncher” qui cherchera des régularités inobservées. Se doter d’une structure théorique approximative, même fausse, est nécessaire tant qu’on a pas montré quelles conséquences majeures les déviations avaient.
July 18th, 2008 at 8:40 pm
Hello
l’exemple ici est vulgarisé, l’article est assez long et détaillé. Le probleme est justement dans le choix de la structure théorique pertinente. Ce que Bouchaud dit (si je comprends bien) est que les marchés financiers se caractérisent par un nombre quasi infini de minimas locaux avec un peu de corrélations locales. Du coup, on peut mener une approche physique statistique pour étudier la dynamique sur cette surface; c’est le comportement intermittent qu’il décrit. Cette approche suffit notamment pour décrire des phénomènes type invariance d’échelle temporelle : la statistique des fluctuations est indépendante de l’échelle de temps considérée et est plus conforme aux observations qu’un simple modèle “marche aléatoire”. Les détails du modèle importent peu car la nature de dynamique ici est due à un effet “qualitatif” (beaucoup de minima locaux).
July 19th, 2008 at 4:40 am
J’ai trouvé la dernière section de l’article passionnante ; m’autorisez-vous à la reproduire sur mon blog, avec double renvoi (à l’article et à votre blog) ? Vous lisant régulièrement, je vous en serais très reconnaissant.
July 19th, 2008 at 5:10 am
@ Marc : pas de problème
July 19th, 2008 at 1:50 pm
Le Théorie de la Complexité dit que si un modèle représente une somme de calcul inatteignable en pratique (non calculable dans un temps raisonnable), ce modèle théorique ne peut représenter un phénomène réel.
Les hypothèses tirées du collationnement de nombres issus de l’économie, et les théories qu’elles entraînent, ne sont pas vérifiables par le calcul. Donc très peu vraisemblables. C’est faire le travail à l’envers que de sortir un modèle des chiffres, alors que ce sont les chiffres qui doivent sortir du modèle pour vérifier sa réalité.
July 19th, 2008 at 3:20 pm
@ all :
Je ne comprends pas votre objection : Bouchaud propose par exemple des modeles pour expliquer les statistiques de fluctuations des cours boursiers. Ces modeles sont plus riches que certains modeles de base en finance (type Bachelier) car ils permettent de rendre compte des dynamiques plus riches type intermittence. Apres, je ne connais pas les détails des modeles de Bouchaud, mais je suis sur qu’il est possible de faire des fits de données expérimentales pour reproduire la statistique des fluctuations boursieres dans les modeles. Quelle que soit la théorie physique, il y a toujours des parametres libres a fitter, donc je ne suis pas sur de bien saisir ce que vous voulez dire quand vous dites que “les chiffres doivent sortir du modele”.
Je n’y connais pas grand chose, mais dans ce cas je dirais que par exemple qu’ on peut mesurer ce que les financiers appellent la “volatilité” (qui est une mesure des fluctuations boursieres) et construire des modeles plus ou moins complexes avec la volatilité mesurée qui n’est en gros qu’un parametre dans une équation type mouvement brownien. Bouchaud dit dans l’article que la volatilité elle-meme est une variable aléatoire ;et c’est pour cela qu’ on a une statistique plus riche que le mouvement brownien pur ainsi que des dynamiques intermittentes. A priori donc si je comprends bien, une simple équation de Langevin avec un bruit dont les parametres eux-memes sont randomisés est un bon modele de variation de cours boursiers. Ensuite, on peut utiliser ce modele pour fitter des données, et j’imagine concocter de bons petits produits financiers dans une application bien réelle …
July 21st, 2008 at 12:02 pm
Attention quand même : c’est largement inspiré des travaux de Benoît Mandelbrot sur le cours du coton etc.
July 21st, 2008 at 12:58 pm
@ vf : Et ce qu’a fait Mandelbrot sur le sujet, c’est bon ou mauvais ?
Ce qui me paraît aussi “intéressant” (enfin surtout pour lui) dans le cas de Bouchaud est qu’il en a fait une start-up.
July 21st, 2008 at 7:47 pm
Salut les amis,
Super Tom ton passage sur la complexité en économie. C’est vraiment interessant de voir que le problème est intrinsèquement trop complexe pour etre optimisé globalement.
Je suis par contre assez surprise par certains commentaires, qui me font me demander si j’ai vraiment compris.
Par exemple, @ Markss. Quand il discute les compétences de la ménagère (certaiment trop blonde de toutes façons…) ou le caractère rationel ou irrationel de tel ou tel choix, ça me semble non pertinent. Bouchaud, il me semble, que le problème est TROP COMPLEXE, i.e. quelle que soit la méthode pour les résoudre. C’est un peu comme si un matheux disait à un informaticien: “ce problème est insoluble” et que l’informaticien lui répondait, “ok, mais ça dépend de l’algorithme”. Ce que dit Bouchaud c’est que meme en étant parfaitement rationel, omniscient, non blonde et muni d’un ordi hyper puissant, ON NE PEUT PAS RESOUDRE LE PROBLEME.
Ensuite @ all: Il me semble que Bouchaud prends justement des modèles d’économistes, utilisés à l’envie par tout le monde, ex: la fameuse ménagère, pour donner ses vraies limites. Accessoirement ce n’est meme pas formellement un modèle, puisque c’est un problème exact d’économie. Qu’un problème soit trop complexe pour etre résolu, n’invalide pas le problème en soit. Enfin, sur la phrase: “C’est faire le travail à l’envers que de sortir un modèle des chiffres, alors que ce sont les chiffres qui doivent sortir du modèle pour vérifier sa réalité.” j’ai plusieurs commentaires: 1. D’abord parce que à mon sens la plupart des économistes (des biologistes ?) vont précisement ce que all déplore: prendre des données et tenter de leur donner du sens en proposant un modèle. La science moderne fonctionne essentiellement comme cela, il me semble que Tom s’est souvent fait l’echo de ce phénomène dans son blog. 2. Ensuite parce que Bouchaud tente justement de faire le contraire, de prendre des modèles, de leur faire cracher des donnèes et ensuite d’évaluer leur pertinence.
Enfin, je sais pas, des fois j’ai des grands moments de solitudes…
Merci Tom.
Nicole
July 22nd, 2008 at 3:19 pm
Benoît Mandelbrot est le premier à avoir noté que les cours boursiers suivaient des statistiques non gaussiennes, qu’on pouvait décrire avec des lois d’échelle, ou avec des lois de type vol de levy. Dans ce type de statistique, la moyenne n’est pas pertinente, toujours dominée par l’événement le plus important (”crach”). cependant, il a montré qu’on pouvait “penser” ces phénomènes avec des mathématiques du type “phénomène critique”.
Jean-Philippe Bouchaud est sans doute l’un des meilleurs chercheurs français médaille d’argent CNRS etc., (je l’avais d’ailleurs invité à l’X au séminaire des élèves, il y a sept ou huit ans, quand j’organisais ça avec Claudine), mais c’est l’idée même qu’on puisse penser ces phénomènes en loi d’échelle qui lui a permis d’appliquer des lois physiques au cours de la bourse (lui même venant des vers de spins). En gros : un géant sur l’épaule d’un géant. Mandelbrot travaillait dans une petite start up appelée IBM. Ses recherches, très générales au plan mathématique, portaient initialement sur les intervalles de temps dans les centraux téléphoniques. ça ressemblait aux fluctuations du cours du coton. Pour le détail voir son livre “hasard, fractales et finance”.
Grand bonhomme, Benoît Mandelbrot. C’est quand on ne les cite plus, qu’on se rend compte à quel point ils ont changé le monde.
July 22nd, 2008 at 3:34 pm
@ vf : merci pour l’info …
“je l’avais d’ailleurs invité à l’X au séminaire des élèves, il y a sept ou huit ans, quand j’organisais ça avec Claudine”
rhooo, j’ai loupé cela ! il faut dire que j’ignorais l’existence même d’un séminaire des élèves jusqu’à il y a 5 minutes (encore une illustration de la coupure entre étudiants et recherche à l’X, et pourtant j’étais en Majeure Physique)
“Mandelbrot travaillait dans une petite start up appelée IBM.”
Il va falloir que je potasse mes classiques, je n’ai jamais rien lu de Mandelbrot …
July 22nd, 2008 at 4:37 pm
“j’ignorais l’existence même d’un séminaire des élèves jusqu’à il y a 5 minutes”
pas possible?! y’avait des affiches partout, on faisait ça dans le bâtiment des labos, dans le labo de Grésillon (PMi, au bout du bâtiment au RDC). C’est vrai que y’avait pas des masses d’élèves, ça tombait souvent pendant l’OS ou le sport.
ah pardon : lire verres de spins, pas vers de spins…
July 23rd, 2008 at 1:04 am
La finance est un chaos qui s’ordonne par l’effet des décisions de chaque intervenant, quelle que soit leur importance. Aucun intervenant ne dispose de toutes les informations, et ne les aura jamais. Tout ce qui ce joue sur le marché se fait par pari, avec des statistiques qui affinent les probabilités de gain.
Sortir un modèle macro-économique de ces statistiques n’a pas plus de sens que de brasser les chiffres du résultat du loto depuis sa création. Pour savoir le résultat du loto à l’avance, il faudrait connaître la forme exacte des boules du loto, leurs aspérités de surface, la durée et la vitesse des tours de roue, les interactions physiques entre chaque élément etc.
D’où l’idée (et il me semble que c’est ce qu’à démontré Mendelbrot) que l’on peut décrire mais pas prédire dans le monde de la finance.
@ Nicole : donner du sens est le but de la science, et que l’Univers soit compréhensible relève pour moi de l’ordre du miracle (si, si). J’attends toujours le modèle financier “à tous les coups l’on gagne”
July 23rd, 2008 at 2:07 am
@ All : si jamais quelqu’un dispose du modèle financier “à tous les coups on gagne” il n’irait probablement pas le publier et/ou baser une start-up dessus, il prendrait simplement des vacances
July 23rd, 2008 at 2:18 am
all: oui et non
le but de la finance n’est pas de connaître le prochain résultat du loto (martingale sur un coup unique), mais d’optimiser ses chances de gain sur un grand nombre de coups (principe des propriétaires de casinos, gagnants à coup sûr, sur la masse, par l’effet de la loi des grands nombres -inégalité de Bienaymé Tchébycheff)
Lisez les travaux de Bouchaud et Sornette, et vous comprendrez ce qui est prévisible, et ce qui ne l’est pas (planchers de pertes, effets d’oscillations de relaxation de type “réplique” après des crachs etc.)
Il y a évidemment beaucoup de résultats confidentiels dans ce domaine.
July 23rd, 2008 at 7:49 am
@ oldocola et all : mais que croyez-vous que font les traders ? Vous croyez vraiment qu’ils parient aléatoirement sur le cours de la bourse, juste à l’intuition, en espérant qu’ils gagneront ?
En réalité, et comme le dit vf, les banques (et les traders) disposent de modèles d’évolution des cours de la bourse, et à partir de ces modèles, ils savent comment miser pour être gagnant sur le long terme, en ventilant correctement leurs investissements. C’est un peu la stratégie dont j’avais parlé pour les modifications phénotypiques des bactéries : si on connaît les bonnes quantités statistiques (qu’il suffit de mesurer), et si on dispose de ressources suffisantes, on est gagnant à tous les coups (en moyenne, i.e. sur le long terme), et on peut même savoir en gros combien on va gagner. Les risques en bourse sont surtout le fait des individus qui achètent des actions pour eux-mêmes car ils n’ont pas la masse critique financière nécessaire pour suivre la stratégie optimale.
July 23rd, 2008 at 9:00 am
@ Tom Roud :
Dans “The (Mis)Behavior of Markets” Mendelbrot passe en revue tous les modèles et montre leur inefficacité. J’ai trouvé un bon résumé ici http://www.next-finance.fr/Une-approche-fractale-des-marches.
Il me semble que des faits récents lui ont donné raison, non ?
July 23rd, 2008 at 9:07 am
Tom,
tu ne vois aucun problème avec : “on est gagnant à tous les coups (en moyenne, i.e. sur le long terme)” ?
July 23rd, 2008 at 9:18 am
@all: comprends pas. Les modèles remis en cause sont justement les anciens modèles basés sur une approche classique. L’approche par exposant de Hölder (selon Mandelbrot), ou par mécanique statistique hors d’équilibre (phynance) de Bouchaud, c’est ça dont on parle aujourd’hui. C’est mieux.
July 23rd, 2008 at 9:18 am
Oops! J’ai oublié une partie :
Quant aux bactéries je ne les qualifierait pas de parieuses, un parieur à un objectif, le gain, une bactérie n’a pas d’objectif. J’avais trouvé gênante la façon dont tu as essayé d’exprimer l’idée :
Je ne connais pas de bactéries qui choisissent d’exprimer un gène et encore moins qui le feraient en prévision d’événements futurs.
July 23rd, 2008 at 10:52 am
@ vf : j’aime bien le terme “phynance”.
@ oldcola : je me mets un mauvais point pour la tournure téléonomique. Pour le choix, c’est au sens “choix aléatoire”.
“Je ne connais pas de bactéries qui choisissent d’exprimer un gène et encore moins qui le feraient en prévision d’événements futurs.”
Le rythme circadien par exemple, n’est-ce pas un exemple de prédiction d’événement futur ?
Le truc, c’est que l’évolution a sélectionné des mécanismes de prédiction.
July 23rd, 2008 at 12:32 pm
Non, c’est une série de réactions bio-chimiques périodique, phasée sur un phénomène périodique externe; la bactérie ne prédit rien du tout, elle ne dit même rien du tout.
Tu la places dans un cycle de 36 h et elle reste collée à sa périodicité de 24 h pendant la longue période nécessaire pour sélectionner des mutants qui tendront à être synchrones, si il y a une pression de sélection. Il y aurait prédiction si la bactérie était capable après un cycle de 36 h d’anticiper que le suivant pourrait l’être aussi. Non ?
July 23rd, 2008 at 1:54 pm
@ oldcola : pas d’accord du tout. Tu anticipes sur le lever du soleil. Quand une concentration d’une protéine activée par la lumière monte très fortement avant le lever du soleil, n’est-ce pas une forme de prédiction ?
Ton exemple de cycle de 36 h est fallacieux car tu changes l’environnement. L’horloge circadienne permet d’anticiper le lever du soleil dans la mesure où le cycle jour-nuit a une période de 24 h. Si tu changes complètement l’environnement (i.e. les régularités permettant de faire ta prédiction), évidemment que tu as toutes les chances de faire une prédiction fausse. Pour faire une prédiction, il faut :
- une information fiable au temps t,
- un modèle interne permettant d’exploiter cette information.
Quand tu fais un cycle de 36h, le modèle interne d’une journée de 24 h n’est plus fiable. L’évolution n’a pas sélectionné pour les bactéries un modèle interne dans lequel un expérimentateur facétieux change la période du jour de temps en temps.
De plus, une prédiction peut-être fausse. Dans ce cas, on peut essayer de corriger le modèle. Parfois, cela n’est pas possible d’améliorer le modèle car on ne peut pas faire mieux avec ce qu’on a, ou parce qu’il y a trop de bruit pour continuer à optimiser. C’est le rôle de l’évolution (j’ai vu passer un papier montrant que des mouches sans horloges circadiennes avaient une fitness moins grande, cela doit se trouver sous pubmed mais là j’ai pas le temps).
July 23rd, 2008 at 4:26 pm
Tom et oldcola > Vos échanges ont inspiré un débat à la maison ce soir (avec Dr House en fond sonore), merci
D’où il ressort que les biologistes maison sont gênés par la notion de prédiction (c’est un jugement qui est non seulement extérieur mais aussi a posteriori donc sans valeur heuristique pour le scientifique), mais acceptent de dire que la bactérie anticipe. Vu que cette anticipation est basée sur un “apprentissage” (et qu’à un changement de rythme lumineux succède un changement du rythme interne), on peut certes assimiler cela à un pari, basé sur l’expérience. Si l’expression de la protéine activée par la lumière a augmenté pour rien, le pari est perdu et l’énergie gaspillée…
July 23rd, 2008 at 4:31 pm
@ Enro : heureux de susciter des débats scientifiques !
“Vu que cette anticipation est basée sur un “apprentissage” (et qu’à un changement de rythme lumineux succède un changement du rythme interne), on peut certes assimiler cela à un pari, basé sur l’expérience.”
Juste pour préciser que l’apprentissage ici est l’évolution même, il n’y a pas d’apprentissage à l’échelle d’une génération. L’expérience est l’expérience accumulée sur l’échelle de temps évolutive.
July 23rd, 2008 at 5:03 pm
je crois que ce que veut dire Tom Roud est quelque chose comme ça :
un cycle, sur le plan mathématique, est obtenu à partir d’une bifurcation de type, par exemple, Hopf (ou van der Pol pour la composante temporelle). Dans l’espace de toutes les dimensions du problème, la réduction à la forme normale ramène le problème à un degré de liberté, qu’on appelle techniquement l’écart au seuil. Dans ce type de problème, les caractéristiques de l’oscillateur dépendent en racine carrée de l’écart au seuil. Par conséquent, lorsqu’une bactérie ou tout autre système vivant a trouvé l’espace de paramètres admettant une solution cyclique, l’intégralité des activités des gènes se projette, dans un ouvert des valeurs des quantités physiques codées par les gènes, sur une variable unique qui est l’écart au seuil, vue comme la bonne variable du problème. Par conséquent, toute évolution future des gènes (mutations) provoquera soit une disparition totale de l’oscillateur, soit une variation en racine carré des caractéristiques de l’oscillateur, en sorte que les autres rythmes sont déjà là, prêts à servir, à être sélectionnés, tant qu’on n’atteint pas les bords de la non-linéarité (point col d’une cuvette d’énergie à deux puits) où une cascade de bifurcations de type oscillateur de Duffing crée des rythmes de période double (il faut 2 tours pour revenir au poitn de départ, dit autrement les cycles de 24 heures glissent facilement vers 25 ou 26 heures, mais vont sauter ensuite directement vers 48heures) 25, 26 et 48 heures sont déjà prédits par le système lui-même, avant d’être apparus. Ils sont latents, prêts à servir si besoin est.
July 23rd, 2008 at 6:52 pm
@ vf : en fait, je voulais surtout souligner que pour moi, une bactérie utilise son horloge interne pour “prédire” le lever du soleil ( l’anticipation, c’est une prédiction).
Je n’avais pas réfléchi au détail mathématique de l’évolution d’une horloge (enfin pas sur ce blog en tous cas
), mais on pourrait dire que le “modèle” interne dont je parle plus haut est lié directement à l’écart au seuil, oui (mais aussi à la fréquence à la bifurcation). Et qu’une fois l’horloge apparue, l’évolution peut ajuster la valeur de cet écart au seuil et donc les autres paramètres du cycle; mais la bactérie qui ajuste sa période en fonction de la période précédente (suggérée par oldcola) ne peut pas exister car ce n’est pas possible de faire cela avec une horloge. En d’autres termes, les bactéries ont évolué une horloge parce qu’elles voulaient “sentir” un événement périodique (l’alternance jour/nuit); pour anticiper un événement périodique, le plus simple est d’avoir un modèle de cet événement en interne et donc une horloge. Si l’alternance des jours et des nuits n’étaient pas périodiques mais chaotiques, on n’aurait pas d’horloge circadienne (mais peut-être une variabilité phénotypique tenant compte de la statistique de la longueur des jours et des nuits). C’est évidemment un pur délire de théoricien…
Tiens, ce serait amusant de voir s’il y a des mutants qui doublent effectivement la période. A ma connaissance il n’y en a pas, mais bon je pense que le chaos doit être un peu contre-sélectionné quand même ;).
July 24th, 2008 at 1:48 am
Tom Roud écrit : En d’autres termes, les bactéries ont évolué une horloge parce qu’elles voulaient “sentir” un événement périodique
Ce qui revient à internaliser la notion l’évolution pour ces bactéries. Dire que ce n’est pas le changement de circonstances (ici l’alternance des jours et des nuits) qui a précédé l’adaptation biologique, mais que que l’organisme possédait déjà une fonction permettant de prédire, ou plutôt d’anticiper, ce changement et de s’adapter.
Comme l’écrivait Jean Baptiste Lamarck dans “Philosophie Zoologique” :
“La cause qui compose progressivement l’organisation a du éprouver diverses déviations dans ses produits, parce que ces produits sont souvent dans le cas d’être changés par une cause étrangère qui agit sur eux avec une puissante efficacité”
http://picasaweb.google.com/gilou83131800/JeanBaptisteDeMonetDeLamarckPhilosophieZoologiqueFacSimiliOuvrageBNF/photo?authkey=NfKKVY_jI7k#5200221601742106018
Et si on est en accord avec Lamarck, ce n’est pas darwinien. Et puis “sentir” c’est déjà donner un sens à l’évolution, ce n’est pas darwinien aussi.
July 24th, 2008 at 8:09 am
@ all : non, c’est encore un problème de formulation téléonomique de ma part . J’aurais dû écrire :
” une horloge circadienne a évolué chez les bactéries parce qu’il y avait un avantage évolutif a pouvoir anticiper/prédire l’alternance des jours et des nuits.”
A propos de :
il faut bien voir que c’est toujours comme ça. La sélection naturelle ne crée rien par elle-même; elle ne fait que le tri entre les différentes fonctions préexistantes. Ce sont les mutations, le brassage génétique qui créent la nouveauté. Simplement, à force de création aléatoire/sélection, on finit par avoir des choses de plus en plus complexes.
Pas vraiment là encore. Cf “le “Baldwin effect”
Rassurez-vous, Darwin est sauf …
July 24th, 2008 at 3:06 pm
Salut à la ronde,
Tom tu dis :
Non, c’est le résultat d’une sélection d’un phénomène périodique qui est en phase avec la rotation de la Terre, parce qu’il présentait (au moment de la sélection) un avantage pour l’organisme qui en était porteur. Il n’y a pas d’intentionnalité de la part de ce dernier, ni de l’évolution, ni de la sélection naturelle, ni de qui ou quoi que ce soit. Il y a corrélation sélectionnée parce qu’elle présente un avantage adaptatif.
Enro, je n’utiliserais le terme “anticiper” qu’avec des pincettes, puisqu’il implique l’intention de prendre les devant sur l’action de quelqu’un, et donc une vue d’ensemble à travers le temps et la capacité de raisonnement. D’ailleurs, Tom semble d’accord pour traiter sur le même plan les termes “prédiction” et “anticipation” :
Tom, je ne vois rien de fallacieux à mon exemple. Il peut en avoir l’apparence si tu tiens à faire une prédiction, toi, pas la bactérie bien sûr. Par ailleurs, les deux prémices que tu poses, présentent des problèmes :
Tu dis qu’il faut : “une information fiable au temps t”, ce qui implique la participation d’un capteur (outil sensitif),”un modèle interne permettant d’exploiter cette information”, ce qui implique un investissement pour le maintient de ce modèle, qui doit être capable de traiter les informations récoltées par le capteur.
Ca sort du cadre de ce que je pensais être à la base des parieurs que tu présentais sur la base des travaux de Kussel & Leibler et on se retrouve dans le cadre des non-parieurs, aptes à s’adapter aux variations environnementales, provisoirement, sans altérations génétiques. C’est le cas du rythme circadien qui a une fâcheuse tendance à se dérégler, chez les gens qui font les 3/8 ou qui souffrent de jet-lag. Ou impliquant des variations génétiques sélectionnées à travers les générations si la durée du “dérèglement” (le changement des critères de sélection en fait) est durable.
Tu emplois encore une approche téléonomique, dotée d’un objectif et d’une règle pour y accéder. C’est probablement la façon dont tu travailles tes mèmes/modèles, fixer un objectif et essayer des modèles jusqu’à en trouver un qui s’approche suffisamment, mais IMO absolument pas la façon dont la bactérie envisage le monde.
De même, tu prêtes à l’évolution un rôle qui ressemble beaucoup à une intention d’atteindre un objectif :
Que la sélection naturelle favorise les réactions périodiques en phase avec un autre phénomène naturel n’est pas intentionnel, n’est pas dû à une volonté d’optimiser, et les variations des critères de sélection sont aussi facétieuses que n’importe quel expérimentateur, une catastrophe est vite arrivée sans qu’un expérimentateur facétieux soit impliqué, compte le nombre d’espèces qui en ont fait les frais.
July 24th, 2008 at 4:03 pm
@Tom
Pourquoi qui “doublent” exactement ? Ca a des propriétés intéressantes liées à votre histoire d’écart au seuil pour des raisons mathématiques cryptiques que les modestes biologistes™ que nous sommes ne perçoivent pas ? A ma connaissance, les mutants à longue période ne dépassent pas 28 h, mais personne n’a jamais fait de sélection en ce sens pour voir jusqu’où on pouvait aller. Et les per(-/-) sont circadiennement chaotiques, mais tu connais ça bien mieux que moi
Sinon, le langage téléonomique comme façon métaphorique de parler de la sélection naturelle, personnellement ça ne me choque pas tant qu’on sait qu’on est entre gens bien, que les brins d’ADN ne sont pas des brins d’herbe, que les gènes ne sont pas vraiment égoïstes et que les bactéries n’anticipent pas pour de vrai.
July 24th, 2008 at 4:06 pm
Aha, il suffisait de lire le message de vf plus attentivement… on ne m’y reprendra plus.
July 24th, 2008 at 4:16 pm
@ oldocola : Pour revenir à ce que tu demandais plus haut :
pour moi, il est clair que dans le rythme circadien, la bactérie exprime des gènes par anticipation du lever du soleil. Ou pour être précis sur les termes : dans le génome de la bactérie, un mécanisme est encodé qui, entraîné périodiquement pas le cycle jour-nuit, déclenche une expression génétique particulière (habituellement déclenchée par un signal lumineux) avant l’aube du fait d’un mécanisme de synchronisation/entrainement avec les cycles précédents (ou quelque chose du genre).
Après, est-ce une prédiction, une anticipation, … c’est de la rhétorique.
Primo, tu n’as aucune idée de la façon dont je travaille, de ce que je fais, etc …. donc je ne te permets pas d’émettre le moindre commentaire sur ce sujet. Qu’est-ce que c’est que cette insinuation comme quoi j’utilise une “approche téléonomique” dans mes modèles, dont tu ne sais absolument rien ?
Dans les commentaires de mes billets, j’essaie de discuter, ce qui implique certainement un relâchement de contraintes (par rapport à ce que j’écrirais dans un papier par exemple); le cas échéant quand mes propos peuvent être ambigus comme avec all plus haut, je bats ma coulpe et me corrige. Mais je te trouve assez gonflé d’aller sous-entendre que je vois un but à l’évolution, que les bactéries ont une volonté ou n’importe quel délire d’un autre genre, comme si ce blog était un repère de créationnistes déguisés. Je te mets au défi de trouver n’importe quelle réserve de ma part contre la vision la plus orthodoxe de l’évolution darwinienne : je suis un fervent croyant, et même un pratiquant dans mes recherches quotidiennes. Je peux comprendre que tu tiques sur des questions de vocabulaire, mais accorde-moi au moins le bénéfice de la bonne foi (à défaut de celui de l’intelligence, après tout je ne suis qu’un physicien qui n’y connait forcément rien aux aspects quantitatifs en biologie). C’est d’ailleurs dommage qu’on en soit encore là; je pourrais te raconter tout un tas de trucs sur la façon dont les organismes traitent l’information, etc … mais rien ne vaut une bonne petite querelle sémantique, n’est-ce pas ?
Secundo et sur le fond : l’évolution n’est pas aléatoire dans le sens où il y a une fitness. Donc supposons que tu connaisses la fitness, théoriquement, tu peux prédire le point final de l’évolution. Ce que j’appelle le “modèle interne” ici est l’optimum pour la fitness; c’est lui qui doit être trouvé par l’évolution (dans un espace très complexe, je te l’accorde). Au moment de m’accuser de teilhardisme honteux, tu as oublié la phrase qui suivait “on peut corriger le modèle”, où je disais que c’était l’évolution qui faisait cette correction (en trouvant le minimum de fitness). Au passage, c’est toi qui parles tout le temps “d’objectif”, pas moi. Une pierre qui roule sur une versant d’une montagne n’a pas pour “objectif” de descendre tout en bas de la vallée, pourtant elle y va quand même car c’est un minimum d’énergie potentielle. A chaque instant, il y a un mouvement dirigé qui l’amène vers ce point, et la somme des trajectoires individuelles l’amène au repos tout en bas, d’où le sentiment des Anciens qu’un mouvement avait forcément un but (je crois que c’est ça la physique d’Aristote). Mais bien évidemment, la pierre n’a ni volonté, ni but; pourtant on pourrait dire “la pierre roule le long de la pente”, “la pierre roule vers la vallée”, alors qu’on devrait dire quelque chose du genre “la gravité fait rouler la pierre le long de la pente”. L’évolution, c’est pareil : il n’y a pas d’objectif “en soi” de l’évolution, mais elle peut pourtant induire une direction si tu as un maximum de fitness local trouvable. Et si tu connais la fitness, tu peux en théorie prédire où est le maximum. J’en profite pour ajouter que ce que dit vf sur les plans d’organisation des vertébrés par exemple n’est pas en desaccord vec cette vision; simplement, vf dit que l’espace de fitness n’est pas compliqué mais essentiellement plat et surtout unidimensionnel, et que toutes ses propriétés intéressantes sont dues à l’unidimensionalité. Moi je dirais qu’il est multidimensionnel et avec un ou plusieurs minima locaux, donc que le problème est plus complexe et qu’il faut forcément tenir compte en général de ces plusieurs dimensions. Dans un cas comme dans l’autre, il n’y a, à mon sens, aucune incompatibilité avec la théorie de l’évolution la plus orthodoxe.
Pour le modèle de Kussel Leibler, la seule différence qualitative est qu’il n’y a pas de mécanisme pour sentir l’environnement, alors qu’il y en a dans le rythme circadien. Mais tout comme les paramètres de l’horloge circadienne sont ajustés pour anticiper le lever du soleil, les paramètres de transition entre les différents phénotypes dans ce modèle ont été ajustés par l’évolution pour assurer une croissance maximale sur le long terme. Donc dans ce cas là aussi, il y a un modèle implicite : un modèle interne de variation de l’environnement. Là encore, je ne te dis pas que la bactérie calcule sciemment à chaque instant son prochain stade phénotypique, mais qu’il y a encodé dans le génome un certains nombres de paramètres qui, de fait, optimisent la croissance de la population bactérienne par rapport à la variation de l’environnement, même si chaque changement phénotypique est aléatoire dans ce modèle.
Je parle beaucoup trop.
July 24th, 2008 at 5:02 pm
D’ailleurs, pour ceux qui comme moi aiment les raccourcis de langage et la science un peu de salon, il y a un dialogue intéressant entre Dawkins et Myers ici, où ils évoquent cette notion de marge de manoeuvre laissée à l’évolution par les contraintes du développement :
http://media.richarddawkins.net/video/2008/RDPZ-web.mov
C’est assez rigolo à entendre (bon rien de révolutionnaire hein), en particulier le passage où Dawkins situe l’organisme dans un espace multidimensionnel et où il parle des contraintes du développement en disant que certains directions sont bouchées et que d’autres sont si faciles à emprunter que l’organisme “a comme une envie irrésistible” d’évoluer dans ces directions-là. Je ne sais pas vous, mais ça me fait toujours sourire d’entendre Dawkins parler positivement de contraintes du développement et de sélection de clades. C’est amusant, le point auquel ce type a les idées beaucoup plus larges que sa caricature, et même qu’une bonne partie de ses zélateurs.
July 25th, 2008 at 5:16 am
Personellement, ca me choque de dire qu’on est gagnant a tous les coups en moyenne
C’est le probleme fondamental des “jeux d’argents” (enfin certains d’entre eux, ceux qui sont denommes comme martingales): avec une reserve infinie, on gagne toujours, mais personne n’a de reserve infinie. Le probleme de la probabilite sure est le temps (le nombre de tirages pour etre plus precis) que l’on met en pratique pour arriver a un gain probable; en fait, plus generalement, l’application pratique d’une propriete presque sure n’est pas si evidente que ca, car le concept ne rejoint pas forcement notre intuition du tres probable (cf exemple des nombres dits normaux. qui occupent le continu avec une probabilite de 1, alors qu’est pourtant tres complique d’en construire un).
Personellement, c’est un concept qui me fascine beaucoup: les statistiques sont utilisees dans de nombreuses branches scientifiques, et pourtant, je trouve que c’est de loin la discipline mathematique dont quasiment tous les concepts fondamentaux sont tres complexes a comprendre, meme pour les scientifiques.
July 25th, 2008 at 12:05 pm
@ coincoin : je n’ai pas pu la regarder encore, mais ce que tu en dis est effectivement assez amusant !
@ david : merci de ton commentaire, je suis évidemment complètement d’accord avec toi ! Pour la réserve infinie, je raisonne un peu en physicien : comparée à un particulier ou au prix d’une action, la banque a effectivement une réserve infinie. C’est pour cela qu’il n’y a en fait pas trop de risques pour elle…
July 25th, 2008 at 9:19 pm
Les crises recentes tendent a montrer que justement, les banques non plus n’ont pas reserve infinie (en comparant non pas aux particuliers, evidemment, mais par rapport a une duree finalement assez courte a l’echelle humaine), non ?
J’ai l’impression que c’est un parametre assez important du systeme financier actuel, cette ‘constante de temps’ resultant des contraintes fonds propres/fonds que l’on peut “jouer” (il me semble qu’il y a des regles internationales imposees a ce niveau dans le systeme bancaire, mais je ne suis pas sur ?).
July 25th, 2008 at 10:34 pm
@ david : je ne sais pas, je dirais que les crises actuelles sont plus dues à un changement des paramètres extérieur au modèle (prix du pétrole, subprimes …). Mais bon, théoriquement, j’imagine que les modèles un peu fractaux devraient pouvoir prendre cela en compte aussi; encore une fois, on est peut-être juste dans une fluctuation statistique …
July 26th, 2008 at 1:00 am
@David : la règle est “Bâle2″ http://fr.wikipedia.org/wiki/B%C3%A2le_II que les banques se sont sont ingéniées à détourner par la titrisation en transformant des dettes en fonds propres, avec le succès que l’on sait.
July 27th, 2008 at 9:34 am
Je reviens un peu tard sur le débat.
@Nicole : Ce que je veux dire, c’est que si on veut proposer un modèle de décision de la ménagère adapté aux questions que l’on se pose. Si l’on veut déterminer les règles de choix, à partir de données microéconomiques, il est nécessaire de rentrer dans la fonction d’utilité et de la mettre en cause. En revanche, pour des questions macro, il est tout simplement impossible de modéliser l’ampleur de ses choix. On s’intéressera alors à des choix plus simples (consommer ou épargner) qui autorisent l’hypothèse de rationalité comme approximation. Après la question est de savoir quelles déviation on peut générer en autorisant des comportements différents. La bourse est un endroit où ces déviations sont larges, du fait des comportements mimétiques. La décision de consommation l’est beaucoup moins.
Ainsi, pour me rattacher au second débat dans les commentaires, Andrei Shleifer, de Harvard, qui a beaucoup travaillé sur les phénomènes irrationnels en finance, a montré qu’effectivement il était souvent impossible de parier à long terme sur des déviations statistiques, pour des questions de masse critique : au bout d’un certain temps, défendre sa position est impossible, même si dans “l’absolu” elle est “vraie”, parce que l’on ne peut plus obtenir de liquidités. Je crois être incapable de comprendre les travaux de Bouchaud, mais je pense pouvoir dire que l’arbitrage statistique reste un jeu risqué aussi puissant soit le modèle statistique de départ.
July 29th, 2008 at 6:24 am
Salut Tom,
je ne comprenais pas quelle mouche t’a piqué, avant que je ne relise une demi-douzaine de fois ton commentaire.
J’aurais dû écrire plutôt :
“C’est probablement la façon dont on travaille les mèmes/modèles, fixer un objectif et essayer des modèles jusqu’à en trouver un qui s’approche suffisamment, mais IMO absolument pas la façon dont la bactérie envisage le monde.”
Il ne s’agissait pas de ta façon personnelle de travailler, je fais largement partie de ce on; pas les bactéries :-).
Je ne pense pas que ce soit une question rhétorique ou une querelle sémantique que d’éviter un mode d’expression qui risque d’être pris pour téléologique. Que certains prennent pour téléologique. Et je n’y vois aucune contrainte particulière à s’exprimer clairement sans instiller des ambiguïtés.
C’est peut-être parce que je ne suis ni croyant du darwinisme, ni pratiquant; je n’y vois pas une idéologie/religion, mais un outil de travail, performant certes, mais rien de plus qu’un outil.
Sur le fond :
L’adaptation à un milieu est aussi aléatoire que le milieu et change de direction en fonction des variations du milieu. Et les adaptations ne sont pas les solutions d’une équation, il y en a au moins autant que les espèces différentes qui le peuplent. Et en général il ne s’agit pas de l’optimum, mais juste du mieux adapté parmi le disponible. Et chaque sélection modifie l’environnement sélectif.Essayer de trouver “la” solution ou penser qu’il y a “sens”, et que l’on puisse prédire le point final me semble utopique.
L’exemple des rolling stones est mignon tout plein, mais le modèle est biaisé par une vision étroite qui n’explique pas la présence de roches sédimentaires des fonds marins à flan de montagne, le même flan sur lequel la pierre roule. Que Staune l’utilise dans The Book me semble presque normal, que toi tu te concentres sur la pierre et ne considères pas d’où est sorti le sol criblé d’ammonites sur lequel elle roule me gêne, non pas parce que je suis enclin à t’accorder le bénéfice de la bonne foi, mais parce que j’ai constaté que tu es de bonne foi.
Sur ce que Fleury dit je ne discuterai pas avant qu’il ne publie quelque chose traitant directement de l’évolution. Mais je sais qu’il lui faut du travail pour consulter la littérature sur le sujet, ce qui explique peut-être qu’on ne voit pas le papier qu’il annonçait déjà en février/mars 2007.
July 29th, 2008 at 6:37 am
Sorry si je t’ai mal compris, j’étais un peu chaud la dernière fois…
Mais tu vois, ça, pour moi, c’est prédictible. Dire ‘c’est le mieux adapté parmi le disponible’, cela signifie que tu prends un optimum local dans un espace à définir. Et c’est faux que l’environnement ‘change’ toujours beaucoup. L’exemple du rythme circadien est là encore parlant : le soleil se lève tous les matins depuis l’origine du monde. Ce qui a peut-être changé est la période du cycle ou son intensité, mais ce n’est qu’un (petit) paramètre dans l’équation.
Sinon, je ne suis pas du tout d’accord pour dire qu’il faut renoncer à essayer de trouver “la” solution. Cela me donne le sentiment que l’évolution et le milieu sont trop aléatoires pour qu’on en prédise quoi que ce soit - or l’essence de la théorie, c’est d’être prédictif in fine; d’une part je pense que c’est faux (sinon il n’y aurait jamais de convergence évolutive), d’autre part, je trouve que c’est donner le bâton pour se faire battre aux Intelligent Designer (qui pourront te faire remarquer que si l’évolution est aléatoire, la complexité n’émergerait jamais). Je vois bien que les biologistes sont extrêmement mal à l’aise avec ce genre d’approche ‘forward’ (je ne sais pas comment on dirait en français), et j’entends souvent ce genre de discours du genre ‘ la surface de fitness change trop souvent pour qu’on en dise quoi que ce soit’; je ne crois pas que cela soit vrai - encore une fois, dès qu’il y a convergence évolutive, cela signifie que la forme grossière de la fitness est conservée.
July 29th, 2008 at 7:04 am
C’était un des gros enjeux de la dispute Dawkins/Gould : dans l’environnement d’une espèce, il y a les paramètres physiques du milieu qui varient de façon capricieuse (il fait plus chaud, il fait plus froid, la mer monte, paf une météorite, etc.)… mais il y a aussi les autres espèces. La course aux armements proies/prédateurs, ou hôtes/parasites, est beaucoup plus directionnelle et prévisible que les variations du milieu (on pense que c’est la cause principale de l’augmentation très nette de la taille moyenne du cerveau qu’on voit chez beaucoup de mammifères au Tertiaire, par exemple). Et comme le dit Tom, il y a aussi des paramètres du milieu qui ne changent pas (le Soleil se lève, il y a de la lumière, il faut trouver à manger…) Il y a donc des paramètres dont les changements sont prévisibles, soit parce qu’ils se font toujours dans la même direction, soit parce qu’ils… ne changent pas. Il faut prendre ça en compte. Maintenant, il faut prendre en compte le fait que l’organisme est un tout, et que la façon dont il pourra/devra s’adapter aux changements prévisibles dépend d’une architecture d’ensemble qui est aussi contrainte par les changements aléatoires. Il y a toujours eu de la lumière dans les eaux peu profondes, mais l’intérêt d’investir dans un oeil complexe pour former des images dépendra, pour un Mollusque, de la niche dans laquelle les hasards de l’histoire l’auront jetée (plutôt fixé sur les cailloux comme une patelle ou en train de nager en pleine eau comme un calmar). Donc il y a une tambouille compliquée à démêler dans tout ça, et je crois que personne ne l’a jamais démêlée.
Oui, encore qu’il faut être prudent sur ce qu’on peut effectivement prédire et sur ce qu’est réellement la convergence. Je pense qu’il faut la convergence (deux espèces foncièrement différentes s’adaptent au même milieu et tombent sur des solutions similaires) du parallélisme (deux espèces identiques ou proches s’adaptent au même milieu et… ô surprise ! Ca donne à peu près la même chose). Il est évident que l’interprétation en termes de “prévisibilité” de l’évolution n’est pas du tout la même dans les deux cas (que des gens comme Conway Morris, qui a écrit le douloureux Life’s Solution sur la question, confondent allègrement). Par exemple, la “convergence” marsupiaux/placentaires, ce n’est pas de la convergence du tout, c’est du parallélisme. Si vous remontez la généalogie du thylacine et la généalogie du loup, vous allez avoir des formes intermédiaires à peu près identiques à partir d’un ancêtre commun qui était un petit mammifère musaraignoïde. Par contre, l’aile des oiseaux et l’aile des insectes, c’est vraiment de la convergence avec des points de départ très différents… mais les structures finales n’ont pas grand-chose à voir non plus. Donc tout dépend ce à quoi on s’intéresse : soit on s’attarde sur les principes d’ingénierie, de mécanique des fluides et sur la fonction qui en résulte, on trouve ça merveilleusement similaire et on dit que l’évolution est prévisible parce qu’on pouvait effectivement prévoir qu’un jour, des animaux voleraient (sinon les Arthropodes et les Vertébrés n’y seraient pas arrivés avec des points de départ aussi différents). Soit on s’attarde sur la tout aussi spectaculaire différence anatomique, embryologique, architecturale… de ces structures et on dit qu’au moins du point de vue de la morphologie, l’évolution est très, très capricieuse. Je pense que les deux sont vrais (prévisibilité dans les grandes fonctions et la conquête des milieux, contingence dans la forme) ; après, c’est une question de préférence esthétique et personnelle.
July 29th, 2008 at 7:06 am
J’ai écrit trop vite, il manque des mots partout. Par exemple, il faut distinguer la convergence du parallélisme. Bon, j’espère que c’est quand même compréhensible :p
July 29th, 2008 at 7:39 am
Oui oui, c’est compréhensible. Mais, d’après ce que j’ai compris, si le parallélisme est l’évolution des mêmes traits sous l’influence d’environnements similaires (et cette dernière notion est assez intéressante, car les environnements ne sont en fait jamais similaires comme tu dis, cela signifie donc que la part ‘aléatoire’ de l’évolution n’est pas si décisive), cela signifie bien qu’il n’y a qu’une seule solution aux mêmes problèmes. S’il y en avait plusieurs en général, l’évolution parallèle aurait divergé à un moment ou à un autre. Du coup :
- cela veut dire qu’une solution (locale) trouvée par l’évolution est reproductible, donc prédictible
- et je ne vois donc qu’une différence de ‘degré’ entre convergence et parallélisme, pas de nature.
July 29th, 2008 at 8:21 am
Non, ça ne devait pas être si compréhensible que ça
Le parallélisme est l’évolution de mêmes traits dans des environnements similaires à partir du même point de départ. Donc ça veut dire qu’il n’y avait qu’une solution, ou qu’une solution particulièrement “facile à évoluer”, au même problème mais surtout avec les mêmes contraintes architecturales de départ. Dire “l’évolution est prévisible” n’a de sens que si l’on précise à partir de quand. Par exemple, quand quelqu’un dit “il était prévisible que l’être humain (ou une forme très très proche) apparaisse”, il faut lui demander à partir de quand : l’apparition de la vie ? Les premiers animaux ? Les premiers vertébrés ? Les mammifères, les primates, les hominoïdes, Homo erectus ? Si on ne le précise pas, la phrase n’a pratiquement aucun sens. Il y a bien eu un stade où c’était très probable qu’Homo sapiens apparaisse. Plus on remonte en arrière, plus ça devient improbable, mais le tout est de savoir à quelle vitesse la probabilité diminue (évidemment, quand je parle de l’humanité, c’est parce que les débats se focalisent souvent là-dessus pour des raisons bassement narcissiques, mais ça vaut aussi pour l’aile des oiseaux ou la pince droite du crabe violoniste). A mon avis, les exemples de parallélisme prouvent que l’évolution est (parfois) prévisible à plus ou moins brève échéance, par exemple au sein d’une même classe comme celle des Mammifères avec des contraintes structurales bien précises (viviparité, exactement sept vertèbres cervicales - ce que les reptiles n’ont pas, etc.) Mais à plus longue échéance, comme au sein des animaux dans leur ensemble, ça diverge déjà nettement plus, et la différence entre les exemples de convergence et de parallélisme (les premiers étant toujours beaucoup moins frappants que les seconds) le montre assez bien.
July 29th, 2008 at 8:35 am
OK, je suis d’accord que le point de départ compte beaucoup, mais tu pourrais imaginer des embranchements et divergences, même avec des pressions évolutives similaires.
July 29th, 2008 at 8:42 am
En effet, ça prouve que la prédictibilité reste non-négligeable pendant un certain délai. Disons que le “tout aléatoire, même pour des populations de départ identiques” n’est pas tenable, on est d’accord là-dessus.
Après, c’est comme pour l’aile des oiseaux et des insectes, ça dépend aussi de la qualité de la prédiction qu’on veut faire : il n’y a pas de kangourou placentaire, pas d’éléphants, de chauves-souris ou de cétacés marsupiaux. Et la prédiction ne sera évidemment valable qu’avec une certaine probabilité : il y aura toujours des voies de traverse empruntées à une faible fréquence. Lenski l’a joliment démontré avec son expérience récente sur la contingence chez E. coli en laboratoire, même à environnement constant.
July 29th, 2008 at 11:01 am
“il n’y a pas de kangourou placentaire” ben évidemment.
remarquez la position de la poche par rapport au placenta.
on ne peut pas être à la fois placentaire et marsupial (brisure de symétrie)
July 29th, 2008 at 2:56 pm
Salut du soir,
j’ai répondu de façon laconique ce matin, de retour d’un long WE et interloqué par la façon dont mon propos était lu par Tom. En plus je me rends compte que mon formatage à simplement sauté
Entre temps coincoin a en partie explicité ce que j’entendais par
Je pense que dans la notion d’environnement la biosphère joue un rôle particulièrement important, et comme je suis très centré sur les gènes je tiens compte de leurs interactions même au sein d’une cellule. De ce point de vue, que je ne pense pas avoir besoin de défendre, les changements environnementaux sont continus et ils définissent des critères de sélection en évolution permanente. Les fluctuations des fréquences des allèles correspondant à des fluctuations des critères de sélection et les deux paramètres principaux, direction et pression, de sélection fluctuent. Ceci reste vrai même si les conditions externes ne varient pas d’un iota.
Ce qui explique, parfois, pourquoi dans des conditions parfaitement stables de culture, ces foutues cellules font n’importe quoi (cf Murphy); pour l’une des lignées qui m’ont donné le plus de mal à construire, et surtout à entretenir, les nombres de chromosomes, et du transgène, variaient d’un facteur 2,3 et de 0 à 18 (!) respectivement.
L’exemple récent de Lenski, que coincoin mentionne, montre combien cette notion d’environnement au niveau génique peut être déterminante. Je suppose que beaucoup de gens attendent qu’ils publient les séquences des génomes des souches de E. coli qu’ils ont sélectionnées.
On pouvait prédire qu’il y avait une chance non négligeable que ces mutants apparaissent et il a fini par les obtenir. On ne pouvait pas prédire ni quand, ni comment, comme on ne peut prédire quand et comment le même phénotype apparaîtra à nouveau. (cf JeanWalker 2.4, pour ceux qui sont au parfum; pour ceux qui ne le sont pas et qui souhaiteraient l’être une copie de la discussion au sujet de JeanWalker disponible sur demande)
Je ne doute pas que l’on puisse de mieux en mieux prédire pour des relativement courts termes le sens de l’évolution d’une espèce confinée dans des systèmes fermés, contrôlés; et la finesse de prédiction s’améliorera avec une meilleure connaissance de l’épigénétique.
On the wild par contre, on ne semble pas prêts à faire mieux que tenter d’expliquer l’historique évolutionnaire.
Ou alors on doit se contenter d’une faible résolution (soit descriptive, soit en termes de probabilité, soit les deux) sur le plan biologique, qui ne tient certes pas compte des accidents de parcours, qui peuvent être non pas le météore qui balaie les primates de Gaïa, mais le virus qui ferait d’homo sapiens de l’histoire de l’évolution.
Bah, après tout, c’est vrai que l’on peut prédire que des espèces seront éteintes et des nouvelles apparaîtront
July 29th, 2008 at 2:57 pm
Je ne parle pas de la poche (tous les marsupiaux en ont une, à quelques exceptions près (oppossums), ce n’est pas du tout exclusif des kangourous) mais de la morphologie et de la niche écologique occupée (bipède sauteur avec une queue faisant office de troisième point d’appui et ayant grosso modo les habitudes alimentaires d’une gazelle).
Quand vous parlez de placenta, vous parlez du placenta placentaire (pardon pour la paronomase moche) ? Je vous demande ça parce que vous appelez aussi “placenta” le sac vitellin des poulets, et que les marsupiaux ont bien un sac vitellin.
July 29th, 2008 at 3:21 pm
oh, je veux juste dire que le placenta (le vrai) est formé par la convergence du trophoblaste vers le point hyperbolique formant nombril; la plupart des animaux ont un sac vitellin (oiseaux reptiles), il me semble, puis, dans le sens de l’évolution, viennent les placentaires (qui ont aussi un SV), puis les marsupiaux (qui ont aussi un SV). on ne peut pas être à la fois placentaire et marsupial, me semble-t-il, puisqu’il faut sacrifier le placenta pour former la poche (c’est la même chose sur le plan des tissus, c’est juste une question d ‘inversion de pôle nombril, la différence est purement topologique). C’est un peu la même chose que la transition anamniotes amniotes : quand le mouvement s”‘accentue, la zone pellucide située en avant de la crête neurale, plie et englobe l’embryon comme un iris.
conclusion : la transition anamniote =>amniote c’est dans le sens de l’évolution de même la transition mammifères=> placentaires. c’est ce que vous dit la physique. La génétique ne joue aucun rôle là-dedans, ce sont les mêmes gènes qui vous feront un placentaire ou un marsupial, un amniote ou un anamniote (enfin si, c’est les paramètres d’un problème de biomécanique etc.; mais bon, ce que je veux dire c’est que vous pouvez faire un marsupial ou un mammifère, un amniote ou un anamiote avec les mêmes protéines, la différence est topologique : hypogénétique, elle s’applique à toute la génétique dedans, comme pour la différence entre le bras gauche et le bras droit, la génétique n’y joue aucun rôle)
Mais si vous ne parliez pas de la poche, ok. FAudrait voir, je me demande s’l n’y a pas des rongeurs qui sautent, avec une queue qui leur sert de balancier, rien que de très banal, me semble-t-il. La tête d’un kangourou, ça ressemble pas mal à un pincher (je plaisante)
July 29th, 2008 at 4:04 pm
Vous devez penser au href=”http://www.biotopics.co.uk/a2/Dipodomys.jpg”>rat-kangourou Dipodomys qui se déplace par sauts avec une queue-balancier, mais qui n’est que très occasionnellement bipède et fréquemment quadrupède (et qui n’a rien d’une gazelle écologique).
Qu’est-ce qui vous fait penser que les marsupiaux sont passés par un stade placentaire plutôt que l’inverse (ou qu’aucun des deux) ? Par ailleurs, avez-vous des références sur l’identité embryologique poche/placenta ? (je ne connais pas grand-chose à l’embryologie des marsupiaux) Il me semble que le bandicoot a un placenta assez comparable à celui des placentaires (cas exceptionnel) mais possède quand même une poche.
July 29th, 2008 at 4:05 pm
La balise HTML ratée de la semaine était censée renvoyer à cette image.
July 29th, 2008 at 4:44 pm
Désolé, j’avais compris que tu remettais en cause mon travail et je trouvais ta façon de présenter ce que je disais un peu fallacieuse. J’ai manifestement mal compris certains trucs. Je m’en excuse.
Mais je ne comprends pas en quoi :
- c’est étonnant
- cela va à l’encontre du fait qu’on puisse prédire l’évolution
Tout est une question de statistiques encore une fois. Pour le fait que c’est étonnant, et bien, il y a plein de décisions qui sont prises de façon stochastiques dans la cellule. Chez les bactéries, un exemple fameux est la compétence chez B. Subtilis. Mais encore une fois, cela n’empêche pas de faire des statistiques, et de penser que le comportement moyenné (i.e. le nombre moyen de cellules qui changent de phénotype) a été optimisé par l’évolution. Cela rejoint d’ailleurs exactement les travaux de Kussel/Leibler.
Ensuite en ce qui concerne les prédictions de l’évolution, je ne prétends pas qu’il soit possible de prédire quand une mutation va se produire. En revanche, là encore, tu peux peut-être faire une prédiction statistique, du genre “telle mutation a 10% de chances de se produire en un nombre de génération t”. L’autre aspect est que dans un cas type parallélisme cité par coincoin, tu peux prédire potentiellement que tu vas aller dans une direction. Pour reprendre l’image de la pierre, tu sais que la pierre va finir par rouler en bas de la vallée. En revanche, tu ne sais pas combien de temps cela va lui prendre pour descendre tout en bas. Le seul moment où tu ne peux pas faire de prédiction sur le point final de l’évolution est si tu as un changement géologique entre temps qui change ton paysage (analogue d’un changement d’environnement) plus rapide que le temps typique d’adaptation (i.e. le temps typique que met la pierre à dévaler dans la vallée). Là encore, cela dépend de ce qu’on considère, mais pour certains phénomènes, l’environnement est constant sur des périodes bien plus longues que les échelles de temps d’évolution (d’ailleurs, il vaut mieux, sinon le animaux ne s’adapteraient jamais à leur environnement).
Ensuite, tu as raison qu’on peut s’interroger sur ce qu’on va vraiment apprendre; ce peut être quelque chose de très général ou global. A nous de déterminer ce qui est prédictible. Là encore, un travail pionnier est le modèle d’évolution de l’oeil dont j’ai déjà parlé.
Et puis de toutes façons, tant qu’on n’a pas essayé de faire des prédictions, c’est largement un acte de foi que d’affirmer que c’est possible ou non. Voilà typiquement un truc où on besoin de théorie et qu’on ne peut pas faire avec du number crunching et de gros ordis … Tes doutes rejoignent je pense ce que je disais sur la métaphore entre théoriciens et chasseurs/cueilleur d’une part, et agriculteurs et expérimentateurs d’autre part … J’imagine bien un agriculteur de moquer d’un chasseur/cueilleur voulant partir à la chasse au mammouth
.
July 29th, 2008 at 4:51 pm
aucune référence : conclusions personnelles, désolé.
Les gens ne perçoivent pas, sur l’animal fini, que la poche et le placenta embryonnaire c’est exactement au même endroit, à cause de la contraction autour du cordon ombilical. La relation placenta-poche C’est très logique, disons “platonicien”. A l’occasion je vais jeter un oeil sur l’animal que vous me signalez, connais pas.
July 29th, 2008 at 4:59 pm
Oui, enfin je marche sur des oeufs (c’est pas vraiment le cas de le dire, hé hé), je n’ai jamais spécialement étudié cet exemple. Mais si mes souvenirs sont exacts, on peut avoir une coexistence poche/placenta.
Je ne pense pas que le modèle de Nilsson & Pelger dise grand-chose en lui-même sur la prédictibilité de l’évolution. Il se contente de prendre la séquence de l’évolution d’un oeil-caméra, telle qu’on la connaît déjà, et de la décomposer en étapes élémentaires avec une finesse qui n’avait pas été faite avant. Mais ce qui est compréhensible en rétrospective n’était pas forcément inévitable sur le moment. Par contre, un argument frappant en ce sens est qu’on a quand même la même chose chez les vertébrés et les céphalopodes (et même des yeux caméras chez les cubozoaires, des méduses qui n’ont pas de cerveau et dont on n’a aucune idée de ce qu’elles en font). Ca, ca indique clairement qu’au moins à partir du moment où il y a eu des animaux, c’était prévisible.
July 29th, 2008 at 5:09 pm
en faisant google, je trouve que les marsupiaux placentaires sont chorio-vitellins et pas chorio-allantoidiens, donc ce ne sont pas de “vrais” placentaires, du point de vue de la physique, ils ne sont pas comme les mammifères : leur placenta est formé seulement de la partie initialement la plus proche de l’axe médian de la blastula. la partie allantoidienne, qui se forme plus tardivement n’a pas le temps de se former chez les marsupiaux, je pense simplement que ce qui n’a pas eu le temps de devenir une allantoide va former la poche, ça paraît topologiquement logique; faudrait faire un modèle hydrodynamique de ça, ça doit pas être difficile de montrer qu’il reste une poche.
July 29th, 2008 at 6:01 pm
Attention, il y a toutes sortes de marsupiaux “placentaires”. En ce qui concerne le bandicoot (j’étais sûr que cette bestiole avait un nom francophone, mais apparemment non), tous les auteurs sont d’accord pour voir un placenta chorio-allantoidien :
La découverte date en fait du XIXe, voir Marsupial with an allantoic placenta (Nature, 1896). Et pourtant les bandicoots ont une poche qui marche bien.
July 30th, 2008 at 1:54 am
je ne pensais pas taper aussi juste, avec une idée toute bête de physicien.
faut voir l’anatomie du bandicot en détail, j’ai pas accès aux articles complets de chez moi (vacances), mais probablement qu’ils ne traitent pas le sujet du mouvement morphogénétique; la formation du SV, de l’allantoide et du placenta des mammifères est éminemment une question de mouvement des tissus se contractant dans la région du nombril, ça peut partager la pellucide en plusieurs parties inside/out; Je pensais pas que ça pouvait faire un sujet aussi chaud, et rigolo.
Hum. Bon, je vais faire un modèle d’évolution mammifèremarsupial, et je vous en reparle
July 30th, 2008 at 1:58 am
“ce qui est compréhensible en rétrospective n’était pas forcément inévitable sur le moment”
la question est plutôt celle de l’”inévitabilité” à la longue : l’évolution c’est une sorte de flux massif de morphogenèse sur des millions d’années qui pousse les curseurs. ça ne sert à rien de se forcer à imaginer des mondes où des mutations n’auraient pas eu lieu
July 30th, 2008 at 3:23 am
Disons que pour l’instant votre idée toute bête a émis une unique prédiction et qu’elle semble réfutée. Après, si vous pouvez expliquer le bandicoot, je veux bien vous écouter, mais comprenez bien que je ne peux pas adhérer tel quel. Des rapprochements fulgurants qui se peau-de-bananent sur la réalité, j’en fais aussi tous les jours, ça fait partie du processus normal de la science.
Les cubozoaires, les céphalopodes, ce ne sont pas des animaux qu’on imagine : ce sont des expériences d’évolution parallèle qui ont eu lieu, dans la réalité, et qui ont donné des animaux n’ayant pas grand-chose de commun avec les vertébrés, ni avec les arthropodes, ni avec les échinodermes. Le “non-recouvrement des niches écologiques” n’explique pas tout (les cubozoaires se nourrissent et se comportent à peu près comme des poissons). La contingence évolutive, ce n’est pas une vue de l’esprit, c’est un constat difficilement évitable à partir du moment où l’on a une petite idée de la diversité du monde vivant. “L’évolution est plus intelligente que vous”, disait Orgel : elle est aussi plus imaginative.
July 30th, 2008 at 3:36 am
Drôle de mentalité. Vous savez, s’il existe une explication à l’évolution des mammifères vs marsupiaux, je la prends. Il me semble qu’on ne peux pas expliquer l’évolution relative des deux sans traiter le mouvement de la région du ventre. Qu’est-ce qu’on découvre : que la nomenclature des organes extra embryonnaires est mal faite, vous même ne distinguez pas très bien l’origine du SV, de l’allantoïde ou du trophoblaste (ce qui vous fait dire, à tort, que ma prédiction est réfutée), et que dès qu’on propose ne serait-ce que pour voir une idée qui traite le mouvement, et qui permet de relier la diminution du placenta (et donc de la gestation) à l’apparition d’une poche, les gens ne font la biblio que pour essayer de vous démolir. la science ça ne consiste pas à avancer des articles qui n’ont pas la solution d’un problème, pour écarter d’emblée des idées qui essaient de traiter le problème-même (la formation d’une poche, c’est quand même un problème de géométrie, à la base). C’est pas grave, j’ai déjà vu ça.
Plus généralement, quand on ne comprend pas l’évolution des formes, on place sur des plans diffférents, des choses qui, au fond, peuvent être très proches.
July 30th, 2008 at 3:50 am
Non non, j’ai pas de meilleure explication. Ca ne veut pas dire qu’il n’en existe pas (je vous ai dit moi-même que je ne connaissais pas spécialement ce sujet). Mais calmez-vous, on discute tranquillement, je n’ai rien ni contre vos idées ni contre vous personnellement. Par contre que je cherche à vérifier vos assertions quand je les trouve frappantes, c’est tout à fait normal, me semble-t-il.
Ben, d’une certaine manière, si. Quand Newton a publié ses Principia, je comprends tout à fait que des gens aient continué à observer le mouvement des étoiles et la chute des corps, pour vérifier que son modèle collait aux faits. S’il s’était avéré que son modèle ne marchait pas du tout, j’imagine qu’ils l’auraient dit même s’ils n’avaient pas de meilleure explication à proposer. Un peu plus haut, vous avez dit qu’aucun marsupial ne pouvait avoir de placenta allantochoroïdien ; or ce n’est pas le cas. Vous répondez que la nomenclature a été mal faite, OK (donc que le placenta n’est pas vraiment allantochoroïdien j’imagine), mais expliquez-moi pourquoi ; montrez-moi où et pourquoi il y a eu une erreur. Si vous ne faites pas ça, vous tombez dans un biais de validation systématique qui rend simplement impossible de tester vos idées.
July 30th, 2008 at 5:41 am
Tien, à ce propos, j’ai lu récemment “la structure des révolutions scientifiques” de Kuhn, et c’est assez passionnant à ce sujet. On s’aperçoit que l’une des motivations principales de changement de paradigmes est la résolution de problèmes insolubles. Mais, bien souvent, une nouvelle théorie n’est pas vraiment meilleure que les anciennes théories, sauf qu’elle offre un cadre plus général et apparemment plus riche. Par exemple, les modèles astronomiques héliocentriques n’étaient pas quantitativement meilleurs que les modèles géocentriques; mais ils évitaient de faire tout un tas d’hypothèses un peu ad-hoc et donc les gens préféraient ce modèle bien qu’il ne soit pas plus puissant au début.
Donc, vf a un peu raison dans le sens où la science, ça consiste aussi à changer de point de vue pour essayer de résoudre un problème; et que ce n’est pas parce qu’une théorie n’est pas meilleure pour résoudre un problème qu’une autre qu’il faut en rester à l’ancienne théorie. Encore faut-il qu’il y ait un problème : dire que l’évolution est contingente et qu’on ne peut rien prédire, c’est un peu dire qu’il n’y a pas de problème en somme.
July 30th, 2008 at 6:08 am
En effet, un paradigme peut être aussi bon, mais plus simple, que son prédécesseur et n’être favorisé que pour des raisons d’esthétique ou de parcimonie (je ne connais pas grand-chose à l’astronomie ptoléméenne mais il me semble que les épicycles, c’était assez fouillis). Par contre, si quelqu’un propose un nouveau point de vue qui s’avère significativement moins bon que l’ancien (par exemple qu’il fait beaucoup de prédictions réfutées), alors il est rare que la communauté scientifique l’adopte.
A mon avis, Kuhn a donné une vision un peu “extrême” de l’histoire des sciences dans son premier bouquin, parce qu’il voulait s’opposer à l’idée d’une progression linéaire, cumulative et impeccablement rationnelle des idées. Il faut lire The road since structure où il se désole des récupérations qui ont été faites par des gens qui pensaient que la science n’était pas du tout cumulative et pas du tout rationnelle, ce qui n’a jamais été son propos. C’est aussi le sens de son mot bien connu : “Je ne suis pas kuhnien !”
Certes. Mais tu auras remarqué que ce n’est pas ma position : je pense qu’il y a une certaine marge de prédictibilité de l’évolution, plus étroite que ne le pense vf mais plus large que ne l’a dit OldCola quelques messages plus haut. Je ne cherche pas à m’inscrire dans une vision prédéterminée de l’histoire des sciences (ce genre de démarche mène rarement très loin), je cherche simplement à être juste.
July 30th, 2008 at 6:20 am
Ah, encore autre chose :
Oui, il faut essayer. L’approche mécanique du développement de vf, j’approuve totalement dans le principe, j’ai lu son papier sur l’induction biomécanique du FGF et le non-spécialiste que je suis n’y trouve rien à redire, c’est très bien. Par contre, quand je trouve qu’il y a des points qui ne collent pas… ben je le dis, c’est tout. L’incommensurabilité des paradigmes, ça peut être une jolie formule pour résumer en rétrospective le passage de Newton à Einstein, mais il ne faut pas plaquer ça de force sur des situations ultérieures et foncièrement différentes : je ne vois pas d’incompatibilité entre le fait qu’un embryon soit un système mécanique, avec des forces qui s’exercent, qui créent des formes et qui exercent certaines contraintes sur les possibilités d’évolution du système, et le fait qu’il y ait aussi des cascades d’induction chimique qui fassent des bricolages ad hoc par-ci par-là. Je pense que les deux sont vrais et parfaitement commensurables.
July 30th, 2008 at 6:42 am
@ coincoin : ah mais certainement, comme le disait V. Hamburger :
Maintenant, je ne crois pas que VF me contredira si je dis qu’il y a un vrai problème de culture scientifique entre biologistes et physiciens sur ce qu’on appelle un modèle. Un modèle en physique est toujours faux. Il y a toujours des tas de trucs qui “invalident” le modèle. Par exemple la méca Q et la relativité générale sont incompatibles entre elles. Il y a des trucs beaucoup plus graves, à l’intérieur d’une même théorie (on est parfois obligé de supposer des trucs fous ad hoc; voir par exemple l’explication actuelle de la matière noire). Mais ce qui compte, c’est :
- est-ce que la théorie est capable d’expliquer/ de prédire des trucs nouveaux ?
- est-ce que la théorie est “juste” à l’ordre zéro
En biologie, j’ai parfois le sentiment que les gens ne comprennent pas ça. A ma connaissance, il n’y a pas de branches de la biologie contradictoire entre elles. De plus, j’ai le sentiment que si un modèle était juste, disons, dans 95% des cas et faux dans 5% des cas, il y aurait toujours des gens pour refuser avec beaucoup d’énergie le modèle à cause de 5% des cas non expliqués. Voire, en biologie, pour dire qu’il n’est pas possible de faire un modèle car on a toujours des exceptions. En physique, ce peut être aussi le cas, mais moins : on sait que nos modèles mathématiques ne sont que des approximations de la réalité. On travaille toujours sur une théorie mathématique plus complète pour expliquer les 5% des cas contradictoires, mais “à l’ordre 0 “, c’est la théorie juste à 95% qui nous semble la bonne. C’est pour cela que les gens font toujours des calculs de mécanique newtonienne… (sur ce je vous laisse, j’ai un train à prendre)
July 30th, 2008 at 7:00 am
@Tom :
La théorie darwinienne de l’évolution et la théorie de l’hérédité (par mélange) ont longtemps été en contradiction frontale. Il a fallu travailler dur pour sortir de cette contradiction, résister à la tentation de la résolution par l’hérédité des caractères acquis, redécouvrir le mendélisme et synthétiser ça avec la théorie de l’évolution. Il a fallu aussi faire des études sur les loci de traits quantitatifs pour expliquer pourquoi l’hérédité avait l’air d’un “mélange”. Bon, on s’en est sortis, mais les modèles qui s’articulent mal aux entournures, ça existe partout.
Aurais-tu des exemples de cette attitude (mis à part l’objet de la présente discussion) ? Personnellement, je connais plein de modèles en biologie largement acceptés malgré 5 % d’exception. En vrac :
- la reproduction sexuée, c’est bien, et d’ailleurs les animaux à reproduction strictement asexuée ne font pas de vieux os : toutes les espèces se reproduisant ainsi sont très récentes. Il y a une superbe et énorme exception, les rotifères bdelloïdes, tous femelles, qui se clonent joyeusement depuis 50 millions d’années. Cette exception n’a que récemment trouvé une explication potentielle avec la découverte de vastes transferts de gènes chez ces animaux. Mais jusqu’à présent, tout le monde acceptait l’idée, précisément à cause du caractère limité et circonscrit de cette exception.
- l’explosion du Cambrien a vu l’apparition de tous les grands embranchements de Bilatériens bien fossilisables, sauf un : les Bryozoaires, c’est à dire un sur douze. Ca fait 8 % d’exceptions (statistique un peu ridicule, je l’avoue). Personne n’y voit une raison de dire qu’il ne s’est pas passé quelque chose de particulier au Cambrien.
- il y a beaucoup de gens qui considèrent que l’axe dorso-ventral des Vertébrés et celui des bilatériens invertébrés sont homologues (la fameuse histoire de l’”inversion”), parce que la plupart des gènes qui s’expriment différemment le long de cet axe, dans la zone où se met en place telle ou telle structure, sont conservés entre vertébrés et invertébrés. Il y a bien sûr plein d’exceptions à cette règle, mais comme le motif général est valable, l’idée est au moins considérée comme pertinente.
Ben oui, c’est justement ça que je reprochais à la proposition sur les Marsupiaux : de prédire des trucs qui en fait n’existent (apparemment) pas, de même que sur la gastrulation je trouvais qu’il y avait contradiction avec vraiment beaucoup de choses déjà connues, pas simplement avec quelques points problématiques. “Être juste à l’ordre zéro” ce n’est pas synonyme de “être mieux que rien”. Quand j’avais treize ans, j’ai écrit une démonstration de la conjecture de Goldbach, complètement fausse, mais qui était mieux que rien. Doit-on m’attribuer la médaille Fields ?
Et bon voyage !
July 30th, 2008 at 9:31 am
je découvre que les anatomistes appellent placenta des choses très différentes
cette réalité recouvre un fait biologique assez intéressant : n’importe quelle partie de la zone pellucide se connecte automatiquement à un utérus, et raccorde ses vaisseaux. ça montre simplement que le passage d’un ovipare à un vivipare est très facile, si on forçait un oeuf à rester sans coquille dans l’oviducte de la poule, y’a des chances qu’il se raccorde et se développe tout seul comme un vivipare, réciproquement, pour résonner avec un autre post de Tom, l’utérus artificiel existe : c’est l’oeuf, si on mettait une blastula de vivipare dans un oeuf d’autruche intelligemment, il se devélopperait probablement assez loin (jusqu’à éclosion?)
bref, tout ça pour dire que, lorsque la solution d ‘un problème n’est pas connue, les mots mêmes utilisés pour le décrire prêtent à confusion (placenta= chorio allantoïde, ou chorio vitellin, ou trophoblastique) si je comprends bien, les marsupiaux seraient des placentaires comme els autres? PAs tout à fait : ils ont des gestation courtes, l’embryon n’est aps fini à la naissance, mais comme apr hasard, y’a une poche juste au bon endroit pour finir le développement
je disais simplement ceci : le mécanisme d’extension convergente (mot des biologistes) qui est en fait un écoulement hyperbolique crée une contraction au niveau du nombril (point neutre). Cette contraction peut aboutir à un retournement des tissus dans la région médiane, qui crée les organes extra embryonnaires (sac vitellin allantoïde, ce que vous voulez). le trophoblaste des humains et consorts est particulier, étant le dernier bout de zone pellucide à se rapprocher de l’axe médian, (il me semble), donc ça me paraît tout à fait logique que les animaux aient des gestations plus ou moins longues en focntion de la masse de cellules formant “placenta”. ce qui ne sert pas à former “du placenta”, peut servir à former autre chose. Si le trophoblaste n’est pas exploité pour faire un vrai placenta, comme chez les humains (gestation plus longue; corps cintré au niveau du nombril), les cellules présentes, devant le nombril, donc, peuvent servir à former… une poche, sur des animaux qui seront moins cintrés à ce niveau
je pense ça, comme ça à l’ordre zéro, idée en l’air. Il me semble bien que les poches sont situées assez bas, dans la région du ventre correspondant grossièrement à la position du trophoblaste embryonnaire. Par ailleurs, y’a pas d’animaux avec des poches dans le dos, ou sur le pied, il y en a peut-être, je ne sais pas.
La distinction marsupiaux-mammifères, n’a peut-être aucune signification particulière, c’est peut-être juste un effet de curseur poussé plus ou moins loin dans la région du nombril.
mais bon, je préfère arrêter là ma contribution à ce fil, y’a pas grand monde qui doit suivre.
July 30th, 2008 at 10:29 am
Ca pour le coup, ce serait intéressant à essayer et ce serait vraiment joli si ça marchait.
Les bandicoots au moins, oui, d’après ce que j’ai compris.
Ca ce devrait être confirmable/infirmable facilement par quelqu’un qui connaîtrait bien le développement des marsupiaux. La réponse est sûrement dans la littérature, mais comme ça, j’ai la flemme.
Pour les poches ailleurs sur le corps, oui, ça existe : vous avez des rongeurs qui ont des bajoues externes, ce sont des poches tapissées de fourrure comme celles des kangourous. Elles sont juste sur les joues. Mais bon, ça ne veut pas dire que le mécanisme de formation ait quelque chose à voir.
Quant à la quantité du lectorat captivé, après 65 commentaires, je crains effectivement que…
July 30th, 2008 at 1:38 pm
début du commentaire modéré
Salut Tom,
J’espère que tu as fait bon voyage.
L’exemple que j’ai donné, “Ce qui explique, parfois, pourquoi dans des conditions parfaitement stables de culture, ces foutues cellules font n’importe quoi”, n’a rien d’étonnant, il venait juste appuyer le fait que dans “environnement” il ne faut surtout pas oublier le fond génétique qui conditionne les effets que les allèles peuvent avoir et que chaque mutation altère ce fond génétique et donc l’environnement et sa sélectivité.
Les changements environnementaux ne sont pas seulement ceux lents à l’échelle géologique, ils sont continus.
L’exemple de l’oeil que tu évoques est bien parlant pour moi. On peut retracer l’historique de l’évolution de l’oeil, on peut examiner une structure qui a évolué et tracer son évolution. Mais avant l’apparition de l’oeil rien n’indiquait qu’il allait apparaître; je ne vois pas quel modèle aurait pu prédire cette invention/innovation et le succès qu’elle a eu, au moins pour certains organismes, la majorité de la biomasse actuelle en étant toujours dépourvue.
Effectivement on peut faire des prédictions, mais j’aimerais qu’elles soient faites uniquement de façon raisonnée, sous forme d’hypothèses assorties de moyens de les tester et non pas sous forme de théories (partie du commentaire modérée) à la Pivar.
J’avais soigneusement évité de commenter l’analogie entre chasseurs et agriculteurs. Je me demandais dans quelle catégorie on rangerait Darwin qui est parti cueillir/chasser les données qui lui ont permit de formuler sa théorie, ou Mendel qui a cultivé son jardin , ou Marie Curie qui pour son époque elle a bien fait l’équivalent du “number crunching” actuel, pour purifier ce qui lui était nécessaire : diviser, puis purifier, puis précipiter.