Salut Tom,
J’espère que tu as fait bon voyage.

L’exemple que j’ai donné, “Ce qui explique, parfois, pourquoi dans des conditions parfaitement stables de culture, ces foutues cellules font n’importe quoi”, n’a rien d’étonnant, il venait juste appuyer le fait que dans “environnement” il ne faut surtout pas oublier le fond génétique qui conditionne les effets que les allèles peuvent avoir et que chaque mutation altère ce fond génétique et donc l’environnement et sa sélectivité.
Les changements environnementaux ne sont pas seulement ceux lents à l’échelle géologique, ils sont continus.

L’exemple de l’oeil que tu évoques est bien parlant pour moi. On peut retracer l’historique de l’évolution de l’oeil, on peut examiner une structure qui a évolué et tracer son évolution. Mais avant l’apparition de l’oeil rien n’indiquait qu’il allait apparaître; je ne vois pas quel modèle aurait pu prédire cette invention/innovation et le succès qu’elle a eu, au moins pour certains organismes, la majorité de la biomasse actuelle en étant toujours dépourvue.

Effectivement on peut faire des prédictions, mais j’aimerais qu’elles soient faites uniquement de façon raisonnée, sous forme d’hypothèses assorties de moyens de les tester et non pas sous forme de théories (partie du commentaire modérée) à la Pivar.

J’avais soigneusement évité de commenter l’analogie entre chasseurs et agriculteurs. Je me demandais dans quelle catégorie on rangerait Darwin qui est parti cueillir/chasser les données qui lui ont permit de formuler sa théorie, ou Mendel qui a cultivé son jardin , ou Marie Curie qui pour son époque elle a bien fait l’équivalent du “number crunching” actuel, pour purifier ce qui lui était nécessaire : diviser, puis purifier, puis précipiter.

Si l’idée est vraiment de A. James Hudspeth il est instructif de lire ce qu’il considère être les ingrédients pour faire un bon scientifique :

The features that, at least to my mind, help make a good or a great scientist really are not some of the ones that our society most often points to. It isn’t just enormous intelligence or enormously rapid thought but a couple of other properties are particularly important. One is innovative thought, ideas that run counter to some preconceived notions that, in fact, are based on weak data or poorly examined hypotheses. Another is simply perseverance. People, in order to work out the details of scientific inquiry, need a lot of time and a lot of patience. And it’s very rare that one has a sudden blinding or overwhelming insight that one can promptly follow through. More often one has a hunch or an intuition that one then tries to trace over many months or many years until one finally has the full picture. You have a sense that a particular biological process comes about in a particular way. And it’s only in an intuitive sense that you then try to get on paper, in terms of concrete experimentation. Making that transition can be extremely hard but when it’s successful it’s remarkably rewarding.

Même voir ce qu’il entend par “a lot of time and a lot of patience“.

ça montre simplement que le passage d’un ovipare à un vivipare est très facile, si on forçait un oeuf à rester sans coquille dans l’oviducte de la poule, y’a des chances qu’il se raccorde et se développe tout seul comme un vivipare

Ca pour le coup, ce serait intéressant à essayer et ce serait vraiment joli si ça marchait.

si je comprends bien, les marsupiaux seraient des placentaires comme els autres?

Les bandicoots au moins, oui, d’après ce que j’ai compris.

Si le trophoblaste n’est pas exploité pour faire un vrai placenta, comme chez les humains (gestation plus longue; corps cintré au niveau du nombril), les cellules présentes, devant le nombril, donc, peuvent servir à former… une poche, sur des animaux qui seront moins cintrés à ce niveau

je pense ça, comme ça à l’ordre zéro, idée en l’air. Il me semble bien que les poches sont situées assez bas, dans la région du ventre correspondant grossièrement à la position du trophoblaste embryonnaire. Par ailleurs, y’a pas d’animaux avec des poches dans le dos, ou sur le pied, il y en a peut-être, je ne sais pas.

Ca ce devrait être confirmable/infirmable facilement par quelqu’un qui connaîtrait bien le développement des marsupiaux. La réponse est sûrement dans la littérature, mais comme ça, j’ai la flemme.

Pour les poches ailleurs sur le corps, oui, ça existe : vous avez des rongeurs qui ont des bajoues externes, ce sont des poches tapissées de fourrure comme celles des kangourous. Elles sont juste sur les joues. Mais bon, ça ne veut pas dire que le mécanisme de formation ait quelque chose à voir.

Quant à la quantité du lectorat captivé, après 65 commentaires, je crains effectivement que…

bref, tout ça pour dire que, lorsque la solution d ‘un problème n’est pas connue, les mots mêmes utilisés pour le décrire prêtent à confusion (placenta= chorio allantoïde, ou chorio vitellin, ou trophoblastique) si je comprends bien, les marsupiaux seraient des placentaires comme els autres? PAs tout à fait : ils ont des gestation courtes, l’embryon n’est aps fini à la naissance, mais comme apr hasard, y’a une poche juste au bon endroit pour finir le développement

je disais simplement ceci : le mécanisme d’extension convergente (mot des biologistes) qui est en fait un écoulement hyperbolique crée une contraction au niveau du nombril (point neutre). Cette contraction peut aboutir à un retournement des tissus dans la région médiane, qui crée les organes extra embryonnaires (sac vitellin allantoïde, ce que vous voulez). le trophoblaste des humains et consorts est particulier, étant le dernier bout de zone pellucide à se rapprocher de l’axe médian, (il me semble), donc ça me paraît tout à fait logique que les animaux aient des gestations plus ou moins longues en focntion de la masse de cellules formant “placenta”. ce qui ne sert pas à former “du placenta”, peut servir à former autre chose. Si le trophoblaste n’est pas exploité pour faire un vrai placenta, comme chez les humains (gestation plus longue; corps cintré au niveau du nombril), les cellules présentes, devant le nombril, donc, peuvent servir à former… une poche, sur des animaux qui seront moins cintrés à ce niveau

je pense ça, comme ça à l’ordre zéro, idée en l’air. Il me semble bien que les poches sont situées assez bas, dans la région du ventre correspondant grossièrement à la position du trophoblaste embryonnaire. Par ailleurs, y’a pas d’animaux avec des poches dans le dos, ou sur le pied, il y en a peut-être, je ne sais pas.

La distinction marsupiaux-mammifères, n’a peut-être aucune signification particulière, c’est peut-être juste un effet de curseur poussé plus ou moins loin dans la région du nombril.

mais bon, je préfère arrêter là ma contribution à ce fil, y’a pas grand monde qui doit suivre.

A ma connaissance, il n’y a pas de branches de la biologie contradictoire entre elles.

La théorie darwinienne de l’évolution et la théorie de l’hérédité (par mélange) ont longtemps été en contradiction frontale. Il a fallu travailler dur pour sortir de cette contradiction, résister à la tentation de la résolution par l’hérédité des caractères acquis, redécouvrir le mendélisme et synthétiser ça avec la théorie de l’évolution. Il a fallu aussi faire des études sur les loci de traits quantitatifs pour expliquer pourquoi l’hérédité avait l’air d’un “mélange”. Bon, on s’en est sortis, mais les modèles qui s’articulent mal aux entournures, ça existe partout.

En biologie, j’ai parfois le sentiment que les gens ne comprennent pas ça. A ma connaissance, il n’y a pas de branches de la biologie contradictoire entre elles. De plus, j’ai le sentiment que si un modèle était juste, disons, dans 95% des cas et faux dans 5% des cas, il y aurait toujours des gens pour refuser avec beaucoup d’énergie le modèle à cause de 5% des cas non expliqués.

Aurais-tu des exemples de cette attitude (mis à part l’objet de la présente discussion) ? Personnellement, je connais plein de modèles en biologie largement acceptés malgré 5 % d’exception. En vrac :
- la reproduction sexuée, c’est bien, et d’ailleurs les animaux à reproduction strictement asexuée ne font pas de vieux os : toutes les espèces se reproduisant ainsi sont très récentes. Il y a une superbe et énorme exception, les rotifères bdelloïdes, tous femelles, qui se clonent joyeusement depuis 50 millions d’années. Cette exception n’a que récemment trouvé une explication potentielle avec la découverte de vastes transferts de gènes chez ces animaux. Mais jusqu’à présent, tout le monde acceptait l’idée, précisément à cause du caractère limité et circonscrit de cette exception.
- l’explosion du Cambrien a vu l’apparition de tous les grands embranchements de Bilatériens bien fossilisables, sauf un : les Bryozoaires, c’est à dire un sur douze. Ca fait 8 % d’exceptions (statistique un peu ridicule, je l’avoue). Personne n’y voit une raison de dire qu’il ne s’est pas passé quelque chose de particulier au Cambrien.
- il y a beaucoup de gens qui considèrent que l’axe dorso-ventral des Vertébrés et celui des bilatériens invertébrés sont homologues (la fameuse histoire de l’”inversion”), parce que la plupart des gènes qui s’expriment différemment le long de cet axe, dans la zone où se met en place telle ou telle structure, sont conservés entre vertébrés et invertébrés. Il y a bien sûr plein d’exceptions à cette règle, mais comme le motif général est valable, l’idée est au moins considérée comme pertinente.

Mais ce qui compte, c’est :
- est-ce que la théorie est capable d’expliquer/ de prédire des trucs nouveaux ?
- est-ce que la théorie est “juste” à l’ordre zéro

Ben oui, c’est justement ça que je reprochais à la proposition sur les Marsupiaux : de prédire des trucs qui en fait n’existent (apparemment) pas, de même que sur la gastrulation je trouvais qu’il y avait contradiction avec vraiment beaucoup de choses déjà connues, pas simplement avec quelques points problématiques. “Être juste à l’ordre zéro” ce n’est pas synonyme de “être mieux que rien”. Quand j’avais treize ans, j’ai écrit une démonstration de la conjecture de Goldbach, complètement fausse, mais qui était mieux que rien. Doit-on m’attribuer la médaille Fields ?

Et bon voyage !

“Our real teacher has been and still is the embryo, who is, incidentally, the only teacher who is always right.”

Maintenant, je ne crois pas que VF me contredira si je dis qu’il y a un vrai problème de culture scientifique entre biologistes et physiciens sur ce qu’on appelle un modèle. Un modèle en physique est toujours faux. Il y a toujours des tas de trucs qui “invalident” le modèle. Par exemple la méca Q et la relativité générale sont incompatibles entre elles. Il y a des trucs beaucoup plus graves, à l’intérieur d’une même théorie (on est parfois obligé de supposer des trucs fous ad hoc; voir par exemple l’explication actuelle de la matière noire). Mais ce qui compte, c’est :
- est-ce que la théorie est capable d’expliquer/ de prédire des trucs nouveaux ?
- est-ce que la théorie est “juste” à l’ordre zéro
En biologie, j’ai parfois le sentiment que les gens ne comprennent pas ça. A ma connaissance, il n’y a pas de branches de la biologie contradictoire entre elles. De plus, j’ai le sentiment que si un modèle était juste, disons, dans 95% des cas et faux dans 5% des cas, il y aurait toujours des gens pour refuser avec beaucoup d’énergie le modèle à cause de 5% des cas non expliqués. Voire, en biologie, pour dire qu’il n’est pas possible de faire un modèle car on a toujours des exceptions. En physique, ce peut être aussi le cas, mais moins : on sait que nos modèles mathématiques ne sont que des approximations de la réalité. On travaille toujours sur une théorie mathématique plus complète pour expliquer les 5% des cas contradictoires, mais “à l’ordre 0 “, c’est la théorie juste à 95% qui nous semble la bonne. C’est pour cela que les gens font toujours des calculs de mécanique newtonienne… (sur ce je vous laisse, j’ai un train à prendre)

Donc, vf a un peu raison dans le sens où la science, ça consiste aussi à changer de point de vue pour essayer de résoudre un problème

Oui, il faut essayer. L’approche mécanique du développement de vf, j’approuve totalement dans le principe, j’ai lu son papier sur l’induction biomécanique du FGF et le non-spécialiste que je suis n’y trouve rien à redire, c’est très bien. Par contre, quand je trouve qu’il y a des points qui ne collent pas… ben je le dis, c’est tout. L’incommensurabilité des paradigmes, ça peut être une jolie formule pour résumer en rétrospective le passage de Newton à Einstein, mais il ne faut pas plaquer ça de force sur des situations ultérieures et foncièrement différentes : je ne vois pas d’incompatibilité entre le fait qu’un embryon soit un système mécanique, avec des forces qui s’exercent, qui créent des formes et qui exercent certaines contraintes sur les possibilités d’évolution du système, et le fait qu’il y ait aussi des cascades d’induction chimique qui fassent des bricolages ad hoc par-ci par-là. Je pense que les deux sont vrais et parfaitement commensurables.

Donc, vf a un peu raison dans le sens où la science, ça consiste aussi à changer de point de vue pour essayer de résoudre un problème; et que ce n’est pas parce qu’une théorie n’est pas meilleure pour résoudre un problème qu’une autre qu’il faut en rester à l’ancienne théorie.

En effet, un paradigme peut être aussi bon, mais plus simple, que son prédécesseur et n’être favorisé que pour des raisons d’esthétique ou de parcimonie (je ne connais pas grand-chose à l’astronomie ptoléméenne mais il me semble que les épicycles, c’était assez fouillis). Par contre, si quelqu’un propose un nouveau point de vue qui s’avère significativement moins bon que l’ancien (par exemple qu’il fait beaucoup de prédictions réfutées), alors il est rare que la communauté scientifique l’adopte.

A mon avis, Kuhn a donné une vision un peu “extrême” de l’histoire des sciences dans son premier bouquin, parce qu’il voulait s’opposer à l’idée d’une progression linéaire, cumulative et impeccablement rationnelle des idées. Il faut lire The road since structure où il se désole des récupérations qui ont été faites par des gens qui pensaient que la science n’était pas du tout cumulative et pas du tout rationnelle, ce qui n’a jamais été son propos. C’est aussi le sens de son mot bien connu : “Je ne suis pas kuhnien !”

Encore faut-il qu’il y ait un problème : dire que l’évolution est contingente et qu’on ne peut rien prédire, c’est un peu dire qu’il n’y a pas de problème en somme.

Certes. Mais tu auras remarqué que ce n’est pas ma position : je pense qu’il y a une certaine marge de prédictibilité de l’évolution, plus étroite que ne le pense vf mais plus large que ne l’a dit OldCola quelques messages plus haut. Je ne cherche pas à m’inscrire dans une vision prédéterminée de l’histoire des sciences (ce genre de démarche mène rarement très loin), je cherche simplement à être juste.

la science ça ne consiste pas à avancer des articles qui n’ont pas la solution d’un problème, pour écarter d’emblée des idées qui essaient de traiter le problème-même

Tien, à ce propos, j’ai lu récemment “la structure des révolutions scientifiques” de Kuhn, et c’est assez passionnant à ce sujet. On s’aperçoit que l’une des motivations principales de changement de paradigmes est la résolution de problèmes insolubles. Mais, bien souvent, une nouvelle théorie n’est pas vraiment meilleure que les anciennes théories, sauf qu’elle offre un cadre plus général et apparemment plus riche. Par exemple, les modèles astronomiques héliocentriques n’étaient pas quantitativement meilleurs que les modèles géocentriques; mais ils évitaient de faire tout un tas d’hypothèses un peu ad-hoc et donc les gens préféraient ce modèle bien qu’il ne soit pas plus puissant au début.
Donc, vf a un peu raison dans le sens où la science, ça consiste aussi à changer de point de vue pour essayer de résoudre un problème; et que ce n’est pas parce qu’une théorie n’est pas meilleure pour résoudre un problème qu’une autre qu’il faut en rester à l’ancienne théorie. Encore faut-il qu’il y ait un problème : dire que l’évolution est contingente et qu’on ne peut rien prédire, c’est un peu dire qu’il n’y a pas de problème en somme.