Abattre l’Empire State Building avec une chaîne de dominos

Stephen Morris est une espèce d’Yves Couder torontien. Avec une chaîne Youtube en plus. L’idée ici est qu’un domino qui tombe peut entraîner dans sa chute un domino 50% plus grand. D’où une jolie chaîne de culbute !

La Gastrulation d’une grenouille

Où comment passer d’un embryon tout rond à un pré-tétard. The BIG moment dans la vie de chacun, où votre futur cerveau (qui est au départ à la surface de l’embryon) se sépare pour de bon de votre derrière en rentrant dans l’embryon par votre futur anus (oui, c’est le cercle qui se forme) …

Une autre vidéo sur un temps plus long qui vous permettra de vous rendre compte à quel point cette étape est cruciale pour la formation du plan d’organisation …

Des zolies levures qui poussent

Il y a énormément de travaux de visualisation d’expression génétique dans la levure, mais très peu de films sur youtube. En voilà un des plus jolis que j’ai trouvés, la protéine jaune a été introduite par biologie synthétique. C’est la chaîne youtube du labo de Nicolas Buchler .

Synchroniser des métronomes, les mains dans les poches

Un effet découvert par Huygens, il y a plus de 350 ans…

La chasse aux bactéries

Amies des bactéries, ces images sont cruelles pour vous. Un lymphocyte part en chasse, écarte les globules rouges et fond sur sa proie …

Un classique : la réaction B-Z

ou Belousov-Zhabotinsky pour les intimes. Un oscillateur purement chimique, un peu de diffusion, et on voit des jolies ondes sur une boîte de Pétri. Un peu similaire au système MinCDE utilisé par les bactéries pour trouver leur centre dont j’avais parlé ici (et dont je ne trouve pas non plus de vidéo sur youtube).

Les 24 premières heures d’un poisson zèbre :

Publiées dans un récent papier de Science, grâce à une nouvelle technique de microscopie (“light sheet”, i.e. feuille de lumière). Des chercheurs de l’EMBL à Heidelberg ont pu visualiser les premières divisions cellulaires et les mouvements de tous les noyaux d’un embryon de poisson-zèbre. Un tour de force prometteur. Voir le site de “l’embryon digital“.

Les premières divisions cellulaires dans un oeuf de drosophile

Admirez la synchronisation au début, et la façon dont les ondes mitotiques se propagent dans l’embryon sur la fin. C’est la chaîne youtube de Thomas Gregor.

Il était une fois l’homme
Pas vraiment une vidéo de sciences, mais une bonne façon de tourner la page sur l’année Darwin.
Je crois que c’est le début de ce générique qui a vraiment suscité mon intérêt pour l’évolution étant enfant; la musique mélancolique de Bach m’a toujours intimidé, la fin réaliste et effrayante reflète tellement bien notre impuissance…

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I would agree with [Shermer] in betting against aliens being bipedal primates, and I think the point is worth making, but I think he greatly overestimates the odds against. [University of Cambridge paleontologist] Simon Conway Morris, whose authority is not to be dismissed, thinks it positively likely that aliens would be, in effect, bipedal primates. [Harvard University biologist] Ed Wilson gave at least some time to the speculation that, if it had not been for the end-Cretaceous catastrophe, dinosaurs might have produced something like the attached [referring to paleontologist Dale A. Russell’s illustrated evolutionary projection of how a bipedal dinosaur might have evolved into a reptilian humanoid].

C’est tellement inattendu dans un univers où Conway Morris s’est fait traiter de créationniste par Coyne et Myers pour avoir essentiellement soutenu cet exact argument que je me demande si ce n’est pas un hoax.

Mon autre surprise est l’acceptation relative de l’idée que les convergences évolutives sont si fréquentes qu’il n’est pas du tout improbable que la biosphère sur une autre planète ressemble à la notre, même si l’auteur de ce billet n’est pas d’accord avec l’interprétation “bipède intelligent”, sans donner d’ailleurs tellement d’argument contre. L’argument pour, lui, est explicité justement dans le livre de Conway Morris que j’avais chroniqué ici, et repose justement sur la fréquence des convergences évolutives, y compris dans l’émergence de l’intelligence.

Pour être clair, je ne suis pas tellement sûr que Conway Morris a vraiment raison sur ce point particulier du plan d’organisation des animaux intelligents, mais tout comme Dawkins semble-t-il (?), je trouve l’idée intéressante, pas nécessairement “crazy” et les probabilités contre cette idée ne sont pas nulles (nous en sommes la preuve vivante). Après tout, si on accepte que l’évolution n’est pas un bordel aléatoire mais que des organisations communes à notre biosphère et à une biosphère extraterrestre pourraient apparaître, il est tout à fait légitime de s’interroger sur les limites de ces points communs. Par exemple, la plupart des “exobiologistes” semble d’accord pour dire que la photosynthèse devrait apparaître de façon convergente, mais pour le reste ? La planète alien aura-t-elle des animaux ? Des hexapodes ? Des tétrapodes ?

On pourra d’ailleurs constater finalement que c’est l’assertion de Conway Morris qui est le plus facilement réfutable : si un jour l’on rencontre effectivement des aliens bipèdes humanoides, il sera difficile de contester qu’il avait raison. L’idée de Conway Morris amène donc une prédiction très forte, et en définitive, le contre-argument comme quoi l’homme est le seul bipède intelligent qui soit apparu a en réalité ses limites dans la mesure où l’on ne peut pas vraiment savoir ce qui se passera dans 100 millions d’années, ou ce qui se serait passé si les dinosaures n’avaient pas disparu.

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Je me suis lancé et ait transformé ce billet parodique que j’avais écrit le 1er avril dernier en “vraie” histoire, dont les principaux protagonistes sont Charles Darwin et Robert FitzRoy (avec une pincée de Mesmer et d’Edgard Allan Poe pour coller avec l’époque). Je reconnais aussi que j’ai tordu un petit peu le bras à la science, mais c’est pour la bonne cause, et j’en appelle à votre “suspension of disbelief” comme on dit…

L’expérience a été amusante et instructive pour moi : je me suis rendu compte qu’écrire de la fiction, c’est vraiment difficile et mon travail me laisse au final assez insatisfait, je n’ai pas vraiment réussi à suggérer les choses aussi bien que je l’aurais voulu côté poltergeist, d’autant plus que j’ai dû me restreindre pour coller au “format” exigé..
Depuis, il semble que le concours soit mort de sa belle mort faute de participants, et la Cité des Sciences souhaite simplement éditer un recueil “souvenir”. Je publie donc ma nouvelle ici, n’hésitez pas à commenter, même si c’est pour dire que c’est trop nul ! J’en profite aussi pour remercier mon épouse et mon amie Françoise pour leurs soutiens et leurs conseils dans l’écriture de cette nouvelle !

Mortelle Epistole

Down House, Résidence des Darwin, 25 mars 1865

FitzRoy,
Merci pour votre invitation à débattre. A mon grand regret, je dois décliner, ma santé est trop faible. Si vous le souhaitez, je solliciterai de nouveau Huxley pour me remplacer comme il y a 5 ans à Oxford.

Ces jours-ci, je songe  avec mélancolie à nos années sur le Beagle …
***
HMS Beagle, Janvier 1832, Isles du Cap Vert
Une colonne de verre se dressait au centre du bureau du capitaine Robert FitzRoy. Un liquide transparent l’emplissait entièrement, troublé par des volutes laiteuses à l’aspect cristallin. Charles Darwin les examinait avec attention

- Dites-moi capitaine, cela fait plusieurs jours que j’observe ce dispositif dans votre cabine, et je constate des changements dans ces spirales liquides. Vous être un homme  trop pragmatique pour vous encombrer d’un objet décoratif en mer,  quel usage faites-vous donc de cet objet ?
FitzRoy s’avança et se plaça aux côtés de la cartouche en verre, sourire aux lèvres
- Mon bon Darwin, il s’agit de ma boule de cristal, un livre ouvert sur les esprits de l’atmosphère et l’éther !
Le capitaine marqua une pause, leva la tête, comme si quelqu’un l’avait soudainement interrompu. Darwin haussa un sourcil perplexe
- Vous avez devant vous un prototype de baromètre à tempête de ma création, continua FitzRoy du même ton. Celui-ci équipera bientôt, je l’espère, …
Le capitaine laissa sa phrase suspendue, fixant la colonne de verre. Darwin, lui aussi, restait interloqué
- Capitaine ?
- … tous les navires de l’Amirauté, reprit soudainement FitzRoy. Voyez-vous, le liquide est trouble aujourd’hui, et nous pouvons distinguer de petites étoiles. Monsieur Darwin, la science de l’avenir est formelle : un orage arrive sur nous
- Hum …  fascinant, continua un Darwin sceptique mais poli. La météorologie est un domaine du savoir qui m’est étranger; je suis heureux d’être entre de si bonnes mains…
Darwin se baissa pour mieux examiner l’objet
- Quelles mixtures composent donc ce baromètre ? Ces cristaux évoquent de la glace … et que  c’est étrange,  je ne vois nulle trace d’argent liquide !
Le capitaine porta sa main à l’épaule de Darwin
- Ah, cher Darwin, j’ai mis au point un dispositif des plus simples à fabriquer et moins capricieux qu’un baromètre ordinaire. Le liquide est un composé de sels métalliques simples, et d’autres essences comme le camphre.
FitzRoy se redressa fièrement
- C’est la première fois que j’utilise ce baromètre en mer, et  je dois dire en toute modestie que le baromètre à tempête “FitzRoy”  est l’outil le plus fiable …
Un tremblement secoua alors le capitaine, qui porta sa main droite à sa tempe. Darwin, mal à l’aise, fit un pas en avant
- Capitaine, tout va bien ?
FitzRoy posa sa colonne liquide, s’éloigna lentement de son bureau,  et s’effondra dans une chaise à proximité de sa couche.
- Ah Darwin, certaines obligations urgentes viennent de se rappeler à mon esprit, auriez-vous l’obligeance de disposer maintenant afin que je puisse m’y consacrer ?
- Oh … certainement
Le naturaliste salua et s’éclipsa rapidement, un peu inquiet. Le capitaine resta assis, fixant du regard son baromètre à tempête
-  Tonnerre de Dieu, ne pouvez-vous donc la fermer ! tonna-t-il en direction de la colonne de verre

***
Vous avez mon éternelle gratitude pour votre aide sur le Beagle, pour votre acuité et votre précision de scientifique, qui m’ont permis de progresser dans mes travaux. A ce propos, mon ami, je dois aujourd’hui vous confier un secret…

***
HMS Beagle, Mars 1832, Bahia
- Et Robert n’oubliez pas vos Grâces !
FitzRoy, seul dans sa cabine jeta un regard noir à son baromètre
- Que j’aimerais parfois fermer la porte sur l’éther… maugréa-t-il

On frappa à la porte
- Entrez donc !
Darwin entra dans la petite cabine, le regard sombre. Sans un mot, les deux hommes s’assirent pour le repas. Le naturaliste se lança soudainement dans une tirade rapide.
-  Vous l’avez vu comme moi, la façon dont les esclaves ont été traités  devant nous à terre n’est pas acceptable. J’ai pu m’entretenir avec certains de nos hommes au port, et ils m’ont garanti que les maîtres avaient pourtant retenu leurs fouets devant notre équipage. Ils m’ont conté les multiples mauvais traitements que  les Noirs subissent. Ces esclaves ne sont-ils  pourtant pas des créatures de Dieu, des hommes, et nos frères ?

FitzRoy, qui venait de se verser un brandy, manqua de s’étrangler
- Oh Robert, quel toupet ! L’ordre naturel doit ….
Le capitaine jeta un regard angoissé à sa colonne FitzRoy, puis se retourna vers le naturaliste
- Ecoutez Darwin, croyez-moi bien que je le déplore moi aussi, mais ces hommes noirs connaissent eux-mêmes  l’ordre …
- … être respecté, la race supérieure …
- … des choses, j’ai entendu dire que certains maîtres  offrent parfois à leur esclaves leur liberté …
- est faite pour dominer …
- … et que ceux-ci la rejettent toujours. La liberté pour l’homme inférieur peut-être un …
- … les races inférieures …
- fardeau. Mais bon Dieu, taisez-vous !
Darwin resta bouche bée devant l’accès de rage soudain du capitaine, apparemment dirigé vers … son bureau . Il  repartit néanmoins de plus belle, très échauffé lui aussi :
- Mais enfin capitaine, comment pouvez-vous dire cela ? Pensez-vous honnêtement qu’un esclave peut répondre en toute tranquilité à une telle question de son maître ? Capitaine !
FitzRoy se leva alors, les yeux injectés de sang, et renversa sa chaise.
- Par pitié, taisez-vous,  et laissez-moi !
Darwin, contenant sa colère, se leva à son tour.
- Capitaine, je prends congé, mais je pense qu’il nous sera difficile de cohabiter en bonne intelligence si vous réagissez ainsi lors de nos conversations. J’éviterai d’aborder ce sujet dorénavant.
Le naturaliste plia sa serviette, la déposa sur la table , et sortit.
- Robert, de tels propos sont inacceptables, cet homme ne comprend pas l’ordre naturel des hommes et des espèces.
- Mais, mais … que voulez-vous donc que j’y fasse ?
- Je ne vois qu’une seule solution. Il faut que je lui parle !
***
Comme je vous le disais plus haut, ma santé est fragile. Ces faiblesses m’ont  maintenu toute ma vie à Down House, me permettant  toutefois de me consacrer pleinement à mes travaux de scientifique. Mais j’ai toujours regretté de ne pouvoir repartir en voyage. La science m’a beaucoup apporté, mais j’aurais échangé cette somme de connaissances  pour une vie  d’exploration.  Que j’ai maudit ma constitution fragile !
***
Océan Pacifique, 1835
Comme chaque soir, le Capitaine se préparait à dîner en cabine quelques minutes avant l’arrivée de Charles Darwin. Ce soir, il hésitait
-  il le faut.
- Mais enfin… ne lui avez-vous  donc pas parlé  depuis le temps ?
- Robert, vous l’avez entendu. Ce misérable remet en cause l’ordre divin. “La Terre ne serait pas éternelle,  la création n’aurait pas été unique,  des nouvelles races d’animaux pourraient apparaître et disparaître “… Assez !
- Mais vous voyez bien qu’il ne vous entend pas ! Il  n’arrive manifestement pas à s’ouvrir à l’éther. Et pire, il le cache, mais je sais que sa santé se dégrade. Je crains de ne le mener à sa perte !
- Serait-ce si grave de  tuer un hérétique  ? Robert !
- Oh, seigneur… oh seigneur… pardonnez-moi.

Comme chaque soir, FitzRoy ouvrit son baromètre à tempête. Comme chaque soir, il en préleva quelques gouttes de la mixture FitzRoy. Comme chaque soir, ils les versa dans une petite poire dissimulée dans sa manche. Comme chaque soir, ils les verserait dans le brandy de Charles Darwin.
***
C’est sur le Beagle que ma santé  a commencé à décliner de façon inexplicable. Et j’avais remarqué à l’époque que mes crises de fièvre étaient toujours plus intenses lors des nuits suivant les repas dans votre cabine. Etait-ce la passion virulente de nos débats ?  Nul ne le saura jamais; toujours est-il que c’est lors de l’un de mes délires nocturnes que l’image de mon grand-père Erasmus m’est venue; et cette nuit là, par une mystérieuse alchimie, le mécanisme de transmutation des espèces m’est apparue pour la première fois. Ainsi donc, nos dîners communs, à l’atmosphère parfois empoisonnée, ont semble-t-il directement suscité cet épisode de fièvre qui m’a inspiré la théorie de l’origine des espèces. Ironiquement, il me faut donc reconnaître votre paternité indirecte dans la théorie de l’évolution.
Avec mes voeux les plus chaleureux
votre dévoué Darwin.
***
Londres, 30 avril 1865
- Il a compris !
Robert FitzRoy se leva, et entra calmement dans sa salle de bain
- Vous l’avez lu, Robert…  “à l’atmosphère parfois empoisonnée”…Robert, il sait !
- Non,  c’est impossible, il ne peut pas savoir, cette essence est indécelable, je le sais, j’en ai tant absorbé moi-même !
FitzRoy fixa du regard l’un des nombreux baromètres  entreposés, qui portaient son nom et avaient fait sa gloire dans la météorologie
- Comment a-t-il pu échapper aux pouvoirs de cette essence ? Pourquoi n’avez-vous pu lui parler ?
- le démon était probablement déjà trop fort en lui. Regardez Robert, comme il revient nous persécuter; nous narguer …

- Oh seigneur … oh mon Dieu…
FitzRoy, le visage baigné de larmes, saisit calmement son rasoir
- Relisez cette lettre Robert. Regardez comme il souhaite maintenant vous attribuer la paternité de cette hérésie, comme conséquence de notre complot. Qu’adviendra-t-il du salut de nos âmes s’il rend toutes ces informations publiques ?
- Oh, oh, pauvre de moi
- Robert, vous avez failli  … je vous l’avais dit, je vous avais prévenu !
- Non, non, pour la dernière fois, taisez-vous, taisez-vous, TAISEZ-VOUS !

D’un geste leste du rasoir, FitzRoy se trancha la gorge.
***

Down House, 4 Mai 1865

Le docteur Jenner finissait l’examen de Charles Darwin, qui se remettait tout juste d’une nouvelle crise de fièvre

- Charles, vous semblez aller mieux.

- Quel soulagement…

- Aussi… j’ai récemment consulté la littérature, et une nouvelle hypothèse m’est venue. Vos crises chroniques pourraient correspondre à des symptômes d’imprégnation saturnine. Pourriez-vous avoir été exposé, sur le long terme, à quelque sel métallique ?

Darwin tourna le dos à Jenner, et fixa d’un air songeur sa bibliothèque

- Hmmm. Je ne sais, Jenner… Avez-vous entendu pour  FitzRoy ?

- Charles,

- Oui, une grande perte pour l’amirauté, répondit Jenner. Aviez-vous eu des contacts récents avec lui ?

- Il comptait organiser un nouveau débat sur l’évolution, et m’avait invité. Probablement pour m’humilier encore, Bible brandie …

- Charles,

- Jamais de ma vie n’ai-je rencontré quelqu’un de si troublé, continua Darwin. Je l’aimais sincèrement autrefois; mais son caractère était si ombrageux que mon amitié s’est évanouie … J’ai été surpris de la nouvelle de son suicide. Peut-être n’aurais-je pas dû l’être tant, je me souviens m’être dit qu’il finirait comme cela; le pauvre perdait déjà l’esprit lors de notre voyage…. Jenner merci encore pour votre aide, vous êtes sans aucun doute l’un des plus compétents.

- Merci Charles, je dois partir maintenant.

Jenner salua et prit congé. Darwin s’avança vers sa bibliothèque, et en tira un volume relié.

- une lettre étrange, écrite lors d’une crise, aurait-elle pu lui faire perdre l’esprit et déclencher son geste ?

“Zoonomia” pouvait-on lire sur la couverture. L’auteur en était le grand-père de Charles, Erasmus. Darwin l’ouvrit, et lut à voix haute un passage maintes fois souligné

- “lorsque nous regardons les métamorphoses des animaux, lorsque nous regardons les changements induits par l’élevage chez les animaux domestiques, lorsque nous examinons l’incroyable unité du plan d’organisation des corps des animaux; alors, il nous faut conclure que toute la création a été tissée d’un seul et unique fil vivant”

- Charles, souhaitiez-vous lui faire perdre définitivement l’esprit ? Vous doutiez-vous qu’il serait ébranlé par votre lettre, et en arriverait à de telles extrémités  ?

- Ah, grand-père, j’apprécie certainement votre inspiration scientifique… Mais pourquoi ma conscience a-t-elle pris votre voix ?

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Il y a de nombreux travaux soulignant à mon sens les problèmes fondamentaux du darwinisme social et de l’eugénisme. Ces travaux tournent autour de ce qu’on appelle la sélection de groupe.

En très bref : la sélection naturelle n’agit pas seulement au niveau de l’individu, elle agit aussi au niveau de la population. En sélectionnant simplement au niveau de l’individu dans une population, on peut dégrader la performance collective de celle-ci par rapport aux autres populations et donc au bout du compte lui faire perdre le jeu de l’évolution.

Réexaminons l’exemple d’Enron lié dans le billet précédent : les dirigeants d’Enron, inspirés semble-t-il par Dawkins, avaient mis en place un système pour virer les employés les “moins performants”. Le but était donc de sélectionner les individus les plus performants individuellement pour augmenter globalement les performances de l’entreprise. Du pur darwinisme social en somme.

Le problème ici est qu’en sélectionnant au niveau de l’individu (et non au niveau du groupe), la sélection individuelle devient en fait contre-productive au niveau de la collectivité. Pour une raison simple : pour être plus performant que son voisin, il est (en gros) plus facile de lui tirer dans les pattes, ce qui amène in fine à une dégradation de la performance collective. Enron, collectivement, n’est pas devenu plus performante; elle s’est spécialisée dans la performance de court terme et la triche, et a fini par s’écrouler.

On voit clairement donc ce qui ne marche pas dans cette approche eugéniste ou darwinienne sociale : une vision trop centrée sur l’individu, trop réductionniste en fait. Si on raisonne au niveau du groupe, on peut au contraire voir comment l’évolution peut éjecter les tricheurs et les égoistes et sélectionner des comportements collaboratifs bénéfiques à tous. L’idée est assez simple : si Enron a disparu corps et bien parce que ses employés se tiraient dans les pattes, cela signifie que sur le long terme, les compagnies où les employés collaboraient davantage ont été plus performantes qu’elle (forcément). Et c’est la survie sur le long terme qui compte, pas la performance immédiate : de la même façon, les populations où les individus sont trop “égoistes” peuvent sombrer face à des populations plus collaboratives. Tout cela a été mathématisé et même démontré expérimentalement dans des populations de bactéries (voir mon billet inaugural de l’année Darwin )[1].

J’ai du mal à considérer la sélection de groupe comme purement anecdotique. Elle me paraît nécessaire pour expliquer l’évolution de nombreux aspects sociaux, depuis l’altruisme jusqu’à la morale. Bref, tout ce qui nous rend “humain”. En somme, si le darwinisme social et l’eugénisme ne marchent pas, c’est parce que l’union fait la force, que les hommes ont intérêt à collaborer pour avancer collectivement, et donc qu’on n’a aucun intérêt à “jouer” un homme contre un autre. C’est d’ailleurs intéressant de penser à l’avenir de la recherche scientifique sous cet angle…

Post Scriptum :

Certes la sélection artificielle a “marché” pour l’élevage jusqu’ici. Mais il n’est pas dit non plus que l’on n’ait pas des ennuis à un moment ou un autre : une grande diversité génétique peut-être cruciale pour la survie de la population lorsque l’environnement change, et c’est encore un effet du groupe (de la même façon que les bactéries misent sur la variabilité phénotypique). Encore une fois, il y a des questions d’échelles de temps sur la sélection, on regrettera peut-être sur le long terme l’appauvrissement génétique des variétés agricoles via la sélection artificielle sur le court terme.

[1] Entre parenthèses, cela rejoint aussi d’une certaine manière le débat sur la métaphore “bactérie=ordinateur”, montrant comment des propriétés émergentes peuvent apparaître, comment la flèche de l’explication pointe vers le haut. La sélection de la collaboration est une propriété émergente des interactions entre des populations de bactéries, qu’on ne peut pas comprendre en ne considérant que le niveau de la bactérie.

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Mais vous l’aurez compris, c’était il y a 15 ans, et beaucoup d’eau a coulé sous les ponts sans que toutes ces recherches ne tiennent leurs promesses. Ambergene met la clé sous la porte en 1997 sans grand succès. Après tout, les microbes d’aujourd’hui sont les enfants de ceux d’hier, et 95% des bactéries actuelles restent inconnues : pourquoi s’embêter à extraire de l’ambre pour en trouver de nouvelles ? Du coup Cano retourne à ses recherches, tranquille dans son labo.

En 2006, en vacances au ski, Chip Lambert, un microbiologiste ami de Cano et employé par Ambergene, rencontre par hasard Peter Hackett. Le dada de Hackett, c’est la bière : il possède un pub en Caroline du Nord, et y fabrique sa propre bière. La conversation suit son cours, et Lambert en arrive à raconter les découvertes de Cano, et notamment la réanimation de la levure trouvée dans l’ambre vieille de 45 millions d’années. Lambert a son idée en tête : depuis 10 ans, Cano et lui jouent avec l’idée de commercialiser une bière à base de cette levure préhistorique. Des pintes “prototypes” ont été même servies au mariage de la fille de Cano et à la première de Jurassic Park 2.

Hackett relève le défi. Il sait que le goût de la bière dépend crucialement de la levure. Il essaie différentes recettes, s’amuse des propriétés peu orthodoxes de cette levure ancienne par rapport aux levures “sélectionnées” par les hommes au cours des derniers millénaires. Il finit par créer une nouvelle bière, qu’il baptise “Fossil Fuels“.

Une critique de cette bière est disponible en ligne :

Une saveur de fruit douce avec une touche de citron, un goût complexe et bien développé. Le fait que cette bière soit issue d’une levure si ancienne est fascinant, et, compte-tenu de la qualité de celle-ci, est loin d’en être le seul intérêt.

Cano reste impliqué dans le projet : il essaie au maximum de “préserver” sa souche de levure, afin qu’elle reste aussi proche que possible de l’originale (la levure est en effet en train d’évoluer au cours de la fabrication de la bière par dérive génétique). Il touchera également quelques royalties sur la vente de cette bière, qui commencera en septembre dans les pubs et restaurants californiens. Détail amusant : les tireuses à bières auront des poignées serties d’ambre fossilisée, qui rappelleront l’origine lointaine du breuvage. Oh bien sûr, on est loin de l’ambition pharmaceutique initiale, mais l’histoire reste fascinante, non ?

Références :

Billet totalement inspiré de cet article de Wired.

Amplification and sequencing of DNA from a 120–135-million-year-old weevil, Raúl J. Cano et al., Nature 363, 536 – 538 (10 June 1993); doi:10.1038/363536a0

Revival and identification of bacterial spores in 25- to 40-million-year-old Dominican amber
RJ Cano and MK Borucki, Science 19 May 1995: Vol. 268. no. 5213, pp. 1060 – 1064, DOI: 10.1126/science.7538699

Un article de Time Magazine

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Le danger est le suivant : comme la grippe A (qu’ils appellent nao-H1N1) se répand comme une traînée de poudre, la contamination mondiale augmente les risques de rencontre avec des souches plus méchantes. Le problème étant, qu’en en ce moment même, il y a deux souches de grippes H5N1 et H9N2 qui sont très présentes dans les élevages des pays en voie de développement :

In countries where animal husbandry practices fall short of accepted biosecurity standards and where immunologically naive animal caretakers infected with nao-H1N1 would shed large amounts of infectious virus, there is a significant risk of emergence of a reassortant virus. A reassortant virus containing a combination of genes, including a novel-human adapted influenza virus and H5N1 or H9N2, could result in chimeric viruses with unknown characteristics.

Dans les pays où les élevages animaux ne respectent pas les standards de biosécurité et où des éleveurs naifs immunologiquement infectés avec la grippe nao-H1N1 seraient porteurs d’une grande quantité de virus, il y a un risque significatif d’émergence de virus recombinant. Une recombinaison virale nouvelle, incluant des gènes des grippes H5N1 ou H9N2, adaptée à l’homme, pourrait déboucher sur des virus chimères aux caractéristiques inconnues

Moralité : la vaccination massive n’est pas inutile, peut-être pas chez nous, mais ailleurs, surtout dans les pays où il y a des épizooties massives.

La deuxième lettre s’intéresse aux relations experts- grand public, et est signée Erwin van Rijswoud. van Rijswoud raconte le débat qui anime les Pays-Bas. Dans cette douce province, les media locaux ont interviewé deux vrais experts (eux), qui donnent deux messages apparemment contradictoires. D’un côté, Albert Osterhaus du Centre National sur la Grippe de Rotterdam, de l’autre, Roel Coutinho de l’Institut nationale pour la santé publique et l’environnement à Bilthoven. Osterhaus, comme les auteurs de la première lettre, est sur la ligne “attention danger”, avertissant semble-t-il depuis de nombreuses années ses concitoyens sur l’imminence de grandes et dangereuses pandémies mondiales, dont le virus de la grippe A ne pourrait être qu’un prélude. Coutinho, lui, s’en tient à la situation d’aujourd’hui, et affirme qu’il n’y a pas lieu de paniquer pour l’instant. van Rijswoud souligne bien que les deux experts ont des perspectives différentes : l’un plus sur le long terme, l’autre pragmatique et plus immédiate, sur le mode “pas de panique si vous êtes contaminés”.

Public understanding, therefore, cannot hinge only on experts telling the truth as they see it: also important is how the public interprets mixed messages. It is the public’s ability to assess the relative value of expert information that helps to stimulate the trust and compliance needed to follow recommended public-health measures.

La compréhension du public ne peut reposer uniquement sur l’intervention d’experts disant la vérité telle qu’ils la perçoivent : l’interprétation de messages contradictoires par le grand public est importante. C’est la faculté du public à estimer la valeur relative des informations données par les experts qui permettra d’efficacement mettre en place les mesures de santé publique recommandées.

De la pertinence des experts interrogés, et de l’importance de la culture scientifique en somme. Deux choses qui font trop souvent défaut en France.

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Même s’ils ne sont pas créationnistes, ils sont perméables à ces idées, et souvent, lorsque je parle de Darwin ou de l’évolution, la première question qu’on me pose, c’est “Are You Christian ?”, êtes-vous chrétien ? (…) Pour eux, le fait de parler de Darwin, de parler de cette évolution relève de quelque chose de paien.

L’auditeur explique alors qu’il évite de plus en plus le sujet, car il se retrouve souvent déconsidéré par ses clients, et ne préfère pas provoquer d’esclandre. Lorsqu’il raconte qu’on lui a enseigné à l’école l’origine de l’univers, l’évolution, il dit passer pour un infâme scientiste. Et il déplore notamment cette perméabilité face aux idées créationnistes; comment lutter contre elle ?

Une auditrice (Danielle, de Nios ?) rebondit alors autour de la minute 35, dans une intervention qui m’a , je dois le dire, coupé le souffle. Je restranscris , l’intervention parle d’elle-même :

- Je suis enseignante, et lorsque nous avons reçu les nouvelles instructions en 2008, j’ai pu constater quelques coupes dans le programme scientifique des plus grands, c’est-à-dire CE2, CM1, CM2, notamment il y a des choses qui ont disparu et cela me gène énormément, comme par exemple des “traces de l’évolution des êtres vivants”, “grandes étapes de l’histoire de la vie de la terre”, “notion d’évolution des êtres vivants”, et “le système solaire et l’univers”.
- Ça a disparu, ça ?
- Ça a disparu, il ne reste plus que “présentation de la classification des êtres vivants”, et puis “Terre, Lune Soleil”, “Volcans et séisme”
- Et vous sentez derrière l’ombre du créationnisme ?
- Ecoutez ça me gène. Ça me gène que les enfants arrivent au collège, à l’âge où ils peuvent quand même raisonner et se poser des questions existentielles, et qu’en arrivant au collège, ils n’ont pu rencontrer d’explication – à part évidemment leurs propres lectures et ce qu’ils ont pu voir à la télévision- d’explications sur l’origine de l’univers et des êtres vivants que éventuellement ce qu’on aura pu leur enseigner au plan religieux.
- C’est très étonnant
- Cela me gène énormément. C’est très insidieux. Ça n’a pas l’air d’affoler grand monde, j’en ai parlé à mes collègues, moi je trouve que c’est vraiment ce genre de choses auquel il faut être attentif. C’est pas les choses les plus voyantes qui sont les plus dangereuses. (…) C’est sous prétexte d’élaguer des programmes soi-disant trop lourds. Je ne crois pas que cela soit lourd de savoir d’où on vient. (…) Je crois qu’on n’a voulu fâcher personne, (…) et donc on a discrètement enlevé cela du programme.

J’ai alors voulu en avoir le coeur net, et je suis tombé sur ce PDF qui compare les programmes avant et après 2008, en rouge, tout ce qui a été nettoyé. En résumé, tout ce que dit l’auditrice est vrai. On a effectivement l’impression que tout ce qui relève du passé lointain, des échelles de temps géologiques, depuis l’évolution des êtres vivants jusqu’à l’histoire de l’univers, a été proprement expurgé. Quel beau symbole, à la veille de l’année Darwin ! Ironiquement, le terme même d’évolution semble tabou, quand dans un autre contexte, on remplace “évolution [de la durée du jour] au cours des saisons” par “changement au cours des saisons” !

Quand on regarde le programme final, on a une impression étrange, une sorte de leçon de choses dénuée d’histoire, avec une insistance sur la classification et l’unité du vivant, une description du système solaire un peu isolée. La notion de mouvements apparents du soleil disparaît, ce qui permet de ne pas expliquer la différence entre héliocentrisme et géocentrisme, et du coup donne une description de l’univers presque pré-copernicienne (rappelons d’ailleurs à ce stade que le nouveau dada des créationnistes est justement d’attaquer la physique) . En somme, un programme qui n’aurait pas déparé au milieu du XVième siècle (modulo les progrès technologiques et dans la connaissance du fonctionnement des organismes). Je ne sais pas si c’est voulu et concerté, mais comme Danielle, je suis assez troublé par la cohérence idéologique de la purge entre biologie et physique.

Le premier auditeur déplorait la perméabilité au créationnisme : l’éducation des enfants me semble le meilleur rempart contre celui-ci. En éliminant toute science des origines au primaire, âge où effectivement se fait l’éducation religieuse, on n’améliorera certainement pas la situation. Danielle a raison, ce genre de choses est in fine plus dangereux que les déblatérations des créationnistes fanatiques. On dit souvent que le primaire doit consister en l’acquis des “enseignements fondamentaux” : l’histoire de nos origines est par définition fondamentale, en science, et devrait être enseignée. A quand une pétition sur le sujet ? En attendant, n’hésitez pas à réagir ici.

Ajout 30 juillet : article republié sur Agoravox

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Riché propose le jeu suivant : de ces deux visages, lequel est le masculin, lequel est le féminin :

Une personne normalement constituée devrait voir une fille à gauche et un garçon à droite. Or, il s’agit en réalité de la même photo, la seule différence est que celle de gauche est plus contrastée que celle de droite.

Voici l’explication donnée par Riché :

Sur le visage de gauche de notre androgyne, les lèvres et les yeux se détachent ainsi plus nettement du visage. Selon Russell :

« Les gens se basent sur cette différence sexuelle, dans le contraste facial, pour décider du genre d’un visage et son degré de féminité ou masculinité. Manipuler le contraste facial a des effets opposés sur l’attractivité masculine et féminine. De façon intéressante, l’industrie cosmétique exagère cette différence sexuelle. »

Et Riché de se demander :

Je me pose toutefois une question façon poule/oeuf :

* Est-ce pour accroître le contraste de leur visage, et donc être perçues comme plus « féminines », que les femmes se maquillent ?
* Ou est-ce parce qu’elles se maquillent que notre cerveau, par apprentissage, a décidé d’attribuer de la « féminité » au contraste ?

Dans les commentaires sélectionnés, les gens penchent pour le culturel. J’objecte ! Je pense que c’est beaucoup plus instinctif que cela, et, en cette année Darwin (ping blog darwin2009), j’ai même une explication évolutive à proposer. Il me semble bien que nous avons ici un résultat de la sélection sexuelle. Comme le dit si bien Benjamin :

Les trois grandes envies, qui ont changé les formes de bien des animaux par les efforts qu’ils ont faits pour les satisfaire, sont la luxure, la faim et la sécurité

Oui, la luxure, et une bonne façon pour les femelles d’attirer les mâles (afin de maximiser le succès reproductif) est de se parer de beaux atours pour susciter leur désir lubrique [1]. Ainsi, ce qu’on appelle les caractères sexuels secondaires ont-ils probablement été sélectionnés au cours de l’évolution. Pourquoi les femmes (au contraire des hommes) ont-elles de beaux seins proéminents, par opposition aux petits tétons des femelles primates et des hommes ? Pour “offrir à la vue du mâle un second et excitant derrière” (je cite l’excellent article de Frédéric Joignot p42 numéro spécial Darwin du Monde2). Et ces caractères sexuels secondaires se voient aussi sur le visage, et en particulier sur les lèvres des femmes, plus épaisses et plus colorées que celles des hommes, ressemblant ainsi aux lèvres sexuelles. D’où peut-être le contraste plus grand que l’on observe dans les visages féminins, et qui est révélé par cette photo : il s’agit ni plus, ni moins que d’attirer les mâles, instinctivement attirés par ce type de visage, et sans négliger la part de culture, il y a donc, je pense, une vraie raison évolutive derrière cette “illusion d’optique”. Darwin est partout !

Ajout 25 Mai : A lire aussi sur le sujet, ce super billet de Xochipilli !

[1] La réciproque étant évidemment vraie : songez par exemple à la pilosité faciale virile de certains..

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• le thème de la convergence évolutive, qui est un petit peu mon dada  (actuel) de théoricien
• la revue de Richard Lenski dans Nature
• les articles récents assassins sur le bonhomme de Coyne et de PZ Myers  (I, II, III). Je voulais juger sur pièces dans la longueur comment on pouvait accuser un paléontologue respecté de créationnisme, et dire d’un bouquin plutôt sérieux ayant eu une revue plutôt correcte dans Nature :”it’s dreck”

Je dois dire que ce ne fut pas chose aisée. Je rejoins Coyne et Myers sur un point : il faut vraiment s’accrocher pour lire ce livre, au style très dur à digérer, et qui n’est pas exempt de moments où l’on se dit effectivement “what the hell…”.

Pour le reste…

Après un premier chapitre d’introduction générale, le début du livre est une longue promenade pas inintéressante sur plusieurs sujets préliminaires ayant pour thème l’improbabilité de la vie. Cela inclut des considérations cosmologiques comme le rôle potentiel de Jupiter ou de la Lune dans notre système solaire pour faire de notre petite planète une pépinière idéal : mon premier ayant eu le bon goût d’user de son influence gravitationnelle pour “nettoyer” l’espace de météorites dangereux pour la vie fragile, ma seconde ayant eu un rôle de stabilisation générale sur la Terre.

Puis vient le coeur du livre : une longue suite d’exemples de convergence évolutive. Le projet de Conway Morris est de nous montrer, en nous bombardant d’exemples, que l’évolution n’est que rarement contingente. Sa vision est directement opposée à celle d’un Gould par exemple [1]  . Gould a popularisé l’expérience de pensée suivante : si l’on rembobinait le film de l’évolution, et recommençait la projection, l’histoire de la vie serait alors radicalement différente. C’est une vision “historique” et contingente de l’évolution, dans le sens où comme dans l’histoire humaine, de petits événements ont de très grandes conséquences sur le long terme. Conway Morris pense le contraire : selon lui, l’évolution n’est pas si contingente, et si on rembobinait le film et recommençait la projection, on obtiendrait à peu près la même histoire. En particulier, les mêmes contraintes adaptatives aboutissent essentiellement aux mêmes solutions, et donc de proche en proche, Conway Morris pense qu’à chaque étape de l’évolution, la nature aurait trouvé à peu près les mêmes solutions, pour finir avec l’émergence d’une espèce de mammifères bipèdes et intelligente…

Je ne vais pas citer les exemples très nombreux de convergences évolutives donnés par Morris, mais me contenterait de trois exemples qui m’ont frappé. Le premier est la convergence évolutive de la photosynthèse. En fait, il existe deux types de photosynthèses : un premier type ancestral appelé C3 car il utilise trois atomes de carbone initialement, un second, appelé C4, différents car il utilise un composé initial différent composé de 4 atomes de carbone. Le second mode de photosynthèse serait apparu en réponse à la chute de concentrations de CO2 au cours de l’histoire évolutive. Il est utilisé par toutes les herbes, et a donc eu un impact certain sur le développement des herbivores. Conway Morris prétend que ce second mode de photosynthèse est apparu indépendamment … 31 fois. La même pression évolutive aboutit donc  à la même solution, rembobinez le film et vous obtenez la même solution, ici, au niveau d’un procédé biochimique.

Le second exemple qui a frappé le néophyte que je suis est l’évolution de la viviparité. Je croyais naivement que c’était une spécificité des mammifères de garder l’oeuf dans leur corps, jusqu’à la naissance du bébé. Conway Morris affirme que la viviparité a au contraire évolué de façon convergente au moins … 132 fois, avec des exemples même chez les poissons et les amphibiens. Certains reptiles ont même évolué l’équivalent d’un placenta ! Encore une fois, un exemple de solution identique trouvée dans des lignées indépendantes.

Le dernier exemple que j’aime bien est sans doute le plus connu mais aussi le plus frappant quand on y pense. Il s’agit de l’organisation sociale de certains animaux formant des colonies, telles que les abeilles, les termites, les fourmis … mais aussi les rat-taupes ! Le plus amusant dans ce cas est que dans les années 70, avant la découverte de ces derniers, R.D. Alexander avait prédit que s’il existait des mammifères sociaux, il s’agirait nécessairement de mammifères vivant sous terre, dans des terriers inaccessibles à certains prédateurs, dans une région sèche et tropicale. Prédiction réalisée depuis, donc.
Quand on y songe, c’est assez spectaculaire que des animaux aussi différents que des insectes et des mammifères aient la même organisation sociale, basée sur des mécanismes physiologiques par ailleurs assez drastiques (stérilité des ouvriers, etc…). Là encore, de façon indépendante, les mêmes types d’organisation sont apparus plusieurs fois dans l’évolution, comme s’il y avait une espèce d’optimum vers lequel l’évolution était attirée étant donnée une pression sélective. Et l’idée d’Alexander montre bien comment on peut en quelque sorte “prédire” l’évolution dans certains cas.

Une critique que je partage avec Lenski : Conway Morris insiste sur le numérateur (les exemples de convergence) sans parler du dénominateur (les exemples de convergence et de divergence). La discussion aurait été intéressante et pas forcément à son desavantage. Par exemple, Myers critique Conway Morris en disant que la forme hydrodynamique des poissons n’est pas universelle puisque les pieuvres ont une autre forme. Donc la convergence n’est pas générale, donc Conway Morris a tort, QED. Mais c’est une critique qui manque sa cible : la question n’est pas de savoir s’il y a plus d’une solutions possibles, la question est de savoir s’il y en a un nombre fini ou infini (c’est comme le problème des états stables en économie posé par Bouchaud et les éconophysiciens ). Si l’évolution a un panel infini de possibilités, la diversité de forme des animaux aquatiques nageant dans les océans devrait être aussi infinie, et surtout, juste sur la base d’arguments statistiques, on ne devrait jamais retomber deux fois sur la même forme au cours de l’évolution.  Donc il me semble qu’un seul exemple de convergence évolutive suffit en théorie pour valider l’hypothèse de Conway Morris. Dit autrement : si nous allons sur une autre planète (comme l’a fait Adam Roudski III), et si nous voyons des animaux partageant la forme des poissons ou des pieuvres, cela validera l’idée de Conway Morris, car si les formes possibles sont infinies, la probabilité de tomber deux fois sur la même est nulle. C’est pour cela que je trouve que l’exemple de la société des rat-taupes et des insectes le plus spectaculaire, car c’est vraiment la même chose dans deux lignées complètement différentes [2].

Un aspect sur lequel Conway Morris est beaucoup attaqué est  le fait qu’il affirme qu’il y a  des convergences évolutives sur l’intelligence. En l’espèce, je serais plutôt du côté de Conway Morris. Ses détracteurs partent du principe que seul l’homme manifeste de l’intelligence, Conway Morris s’efforce de prouver le contraire en consacrant plusieurs pages aux dauphins. Le point important est que les dauphins ont divergé de la lignée humaine il y a très très longtemps. Pourtant, Conway Morris explique comment les dauphins ont une organisation sociale proche des chimpanzés, comment les vocalisations des dauphins sont très proches d’un véritable langage. Il semble aussi que des études aient montré que les dauphins et les humains ont des processus de mémorisation et de décision similaires. Le point important sur lequel Conway Morris insiste est que toutes ses facultés cognitives ont évolué en réponse à une pression sélective, identique selon lui dans la lignée humaine et dans la lignée des dauphins.  Du coup, l’évolution a convergé vers des solutions équivalentes, de l’organisation sociale jusqu’à l’emploi d’un langage. Evidemment, les dauphins sont moins intelligents que les hommes, mais je pense que cela ne retire rien à ces considérations sur la convergence évolutive de procédé cognitifs complexes.

Conway Morris aligne donc les exemples de convergence évolutive sur tout ce qui caractérise l’homme, et en conclut que l’homme -en gros un bipède mammifère intelligent- était “inévitable”. Encore une fois, l’idée est toujours que les mêmes pression évolutives aboutissent souvent aux mêmes solutions. Au passage, Conway Morris égratigne ses confrères. Il se moque plusieurs fois gentiment des biologistes qualifiant les convergences évolutives de “fascinantes” ou d’”extraordinaires”. En fait, il explique bien que les biologistes se méfient comme de la peste des tendances à la “téléonomie”, mais du coup, Conway Morris pense qu’ils refusent de voir le phénomène simple à l’origine des convergences évolutives, le fait que la palette des solutions trouvées par l’évolution n’est pas si grande, et qu’à la même pression sélective, les organismes répondent de façon similaire. Sur ce plan-là, à la lumière des exemples qu’il donne (et de mon préjugé personnel aussi), j’ai été plutôt convaincu. J’ai aussi apprécié dans ce livre les 100 pages de référence à la fin, un travail bibliographique impressionnant…

Alors, évidemment, il y a ce fameux chapitre 11, que tout le monde a relevé, et qui fait polémique.  J’ai eu la même réaction que Myers (épisode II) en lisant la parabole d’introduction, incompréhensible, qui tombait comme un cheveu sur la soupe. Conway Morris attaque ensuite violemment ceux qu’il appelle les “ultra-darwiniens “; ces critiques vieilles de 6 ans me paraissent toujours d’actualité. J’ai bien rigolé en lisant que Dawkins était l’athée le plus pieux d’Angleterre, et je suis un peu d’accord pour déplorer l’absence totale de doute de certains dans leurs analyses de la religion (voir ici sur l’exemple de Coyne). Conway Morris finit en disant simplement que la science n’a pour l’instant pas réponse à tout, et qu’en gros, il y a des questions pour l’instant hors de la science (comme la création de l’univers) et donc qu’il y a de la place pour la théologie (pour l’instant en tous cas).  Ce n’est pas trop ma tasse de thé, mais j’avoue honnêtement trouver qu’il n’y a pas de quoi crier au scandale, Conway Morris est certainement un bon chrétien, mais je n’ai pas l’impression qu’il pratique un mélange des genres scandaleux dans ce livre en tous cas (ou alors je ne sais pas lire entre les lignes la prose de Conway Morris, c’est possible, encore une fois, le style est un peu particulier).

Pour finir cette critique déjà longue,  je vais citer deux passages de l’autobiographie de Darwin, que j’ai trouvés dans le numéro spécial du Monde2 consacré à l’évolution. Ces deux passages me paraissent intéressants par rapport au livre de Conway Morris.

Sur les directions dans l’évolution et la téléonomie :

Le vieil argument d’une finalité dans la nature, qui me semblait autrefois si concluant, est tombé depuis la découverte de la loi de la sélection naturelle. Désormais, nous ne pouvons plus prétendre, par exemple, que la belle charnière d’une coquille bivalve doive avoir été faite par un être intelligent, comme la charnière d’une porte par l’homme. Il ne semble pas qu’il y ait une plus grande finalité dans la variabilité des êtres organiques et dans la sélection naturelle que dans la direction d’où souffle le vent.

On imagine bien les positions de Gould sur le sujet : rembobinez l’évolution, et vous ne verrez jamais plus la “belle charnière”, le “vent” vous portera dans une direction différente, il y a trop de directions possibles. Conway Morris au contraire dirait que les pressions évolutives sont les mêmes, que la direction du vent étant la même, la sélection naturelle trouvera la même solution, et la belle charnière devait apparaître. Ce qui est amusant avec la métaphore du vent est qu’elle laisse les deux interprétations possibles : le vent lui-même peut avoir une direction imposée par des contraintes physiques extérieures…

Le deuxième passage est la vision de Dieu par Darwin, à propos de l’”origine” de l’univers :

Je ne peux prétendre jeter la moindre lumière sur des problèmes aussi obscurs. Le mystère du commencement de toutes choses est insondable; c’est pourquoi je dois me contenter de rester agnostique.

Une position qualifiée de “gloomy” par Conway Morris. Les ultra-darwiniens, eux, vont plus loin et préconisent l’athéisme. Je trouve quant à moi la position de Darwin assez sage, au fond, et sur ce plan-là, je crois que je suis plutôt Gould que Conway Morris.

[1] j’apprends d’ailleurs via Myers que Conway-Morris détestait Gould, d’autant plus que le second avait popularisé les travaux du premier dans Wonderful Life malgré leur différence de vue fondamentale sur l’évolution
[2] Pour l’hydrodynamisme des poissions, on pourrait par exemple arguer du fait que les mammifères marins descendent de poissons, donc des contraintes extérieures plus récentes imposaient de “retrouver” une forme ancestrale. C’est un peu l’argument derrière ces histoires de “deep homology” il me semble.

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