ScienceBlogs naît en Janvier 2006 (soit moins d’un an avant avant le c@fé des sciences), à l’initiative du Seed Media Group, dont la principale activité est à l’époque l’édition du magazine scientifique Seed. La devise de Seed magazine, “la science est une culture”, se marie parfaitement à l’esprit du blog scientifique : Seed héberge et agrége le contenu de blogs scientifiques, se finançant essentiellement par la publicité et reversant une modeste obole à ses blogueurs. ScienceBlogs, par sa stratégie délibérément élitiste dans la sélection des blogueurs, acquière rapidement audience et crédibilité, passant en 4 ans de 15 blogueurs à près d’une centaine, attirant en avril 2010 près de 4 millions de visiteurs uniques, et étant repris directement par de grands media US tels que le New York Times.

Cependant, en parallèle, le group Seed connaît des difficultés. Son magazine papier disparaît il y a environ un an, et Seed passe online si bien que de facto ScienceBlogs devient alors la principale activité de Seed (en tous cas par son audience). Probablement fragilisé financièrement et en quête de nouveaux revenus, Seed commet alors une erreur qui lui sera peut-être fatale.

Elle décide début juillet de littéralement “vendre” un blog sur ScienceBlogs à Pepsi. Moyennent finance, Pepsi est autorisé à créer un blog spécial sur ScienceBlogs sur lequel des employés de l’entreprise de Cola donneront leurs points de vue sur la science de la nutrition et les produits de la firme agro-alimentaire.

Branle bas de combat chez les blogueurs de la plate-forme (“Sciblings”), où l’on parle bien vite de “Pepsigate” -on pourra accéder à diverses réactions sur le site Blog Around the Clock. En bref et en résumé, les Sciblings sont outrés par au moins trois aspects de cette décision:

• d’abord l’absence totale de concertation (et donc de considération) envers les Sciblings par Seed Media qui a décidé du lancement de ce blog de sa propre initiative
• ensuite, la “mise aux enchères” d’un blog scientifique dans une communauté qui a construit sa crédibilité sur un élitisme et une rigueur toutes scientifiques
• enfin, la mise sur le même plan de blogs “scientifiques” et d’un blog qui a tout de “l’infomercial”.

En conséquence, d’éminents blogueurs décident de voter avec leurs pieds et d’aller se faire héberger ailleurs.

Seed Media sent alors le danger, et Adam Bly, président et fondateur de l’entreprise, réagit dans une lettre le 7 Juillet. Il défend sa décision en s’appuyant d’abord sur l’histoire de ScienceBlogs et l’excellence reconnue de la plate-forme. Il explique que la “conversation” (et la culture ?) scientifique ne peut se passer de l’industrie, allant jusqu’à l’idée que les Bell Labs [1] du futur devront tenir des blogs hébergés par ScienceBlogs. Il défend la présence du blog Pepsi pour, en somme ouvrir le débat, et invite tous à réagir (sur leurs blogs, bien sûr). Tout juste concède-t-il une maladresse de présentation quant à la nature exacte de ce blog “sponsorisé” pour l’internaute de passage. Au final, cependant, il revient au nerf de la guerre en expliquant que les ressources financières restent maigres, et, qu’en somme, un tel blog permet de sécuriser une source de financement nécessaire à la poursuite et à l’amélioration de la plate-forme.

La lettre ne semble pas avoir convaincu grand monde, si bien que Seed Media décide au final de retirer le Blog Pepsi. Mais l’exode continue, à ce jour, près d’une quinzaine de blogueurs ont quitté ScienceBlogs, dont l’une des figures de proue, Boraz Zivcovic. On lira avec intérêt son billet d’adieu dans lequel il dresse un historique de sa relation avec ScienceBlogs : outre le fait amusant de réaliser qu’on peut obtenir un job à PloS en bloguant, Boraz décrit très bien le hiatus de ScienceBlogs, entre des blogueurs à la voix indépendante et un groupe de media sans revue imprimée qui n’accepte pas (ou ne réalise pas) qu’il est devenu essentiellement un nouveau media à mi-chemin entre la plate-forme de blog et un journal de vulgarisation scientifique online. A ce jour, le dernier à avoir pris position sur le sujet est le blogueur emblématique de la plate-forme, PZ Myers, qui ne semble pas vouloir quitter ScienceBlogs mais s’est mis “en grève” pour protester essentiellement contre le manque de communication et de synergie entre les auteurs de blogs et Seed Media Group.

Toute cette polémique révèle à mon sens plusieurs problèmes intrinsèque au blogging scientifique. D’abord, première question d’importance, qu’est-ce qu’un blog de science ? Par exemple, un blog de scientifiques, publiant sans aucun doute des papiers dans des revues avec comité de lecture, parlant de science de la nutrition, doit-il être exclu de la catégorie des blogs de science à partir du moment où ce blog est financé par Pepsi Co ? Ou pour donner un point de comparaison, lorsque PZ Myers (et d’autres) assimilent allègrement athéisme et science de façon parfois insultante pour les croyants, est-ce plus scientifique qu’un billet sponsorisé par Pepsi Co sur les avantages nutritifs de tel ou tel produit alimentaire ?

Évidemment, il y a tout un continuum, mais mon point de vue là-dessus est qu’un blog de science se distingue des autres blogs essentiellement sur deux caractéristiques : les choix thématiques d’abord, et un regard personnel argumenté sur un mode “scientifique” ensuite. En ce sens, je ne vois pas vraiment de problèmes à ce que PepsiCo tienne un blog qu’on peut qualifier “de science”; j’avoue avoir été assez surpris de la réaction très violente de nombreux SciBlings dans un monde où, qu’on le veuille ou non, de nombreuses boîtes privées financent des travaux de recherche et où tous les blogueurs qualifiés de scientifique n’ont pas nécessairement non plus de pedigree très important en matière de recherche scientifique. Je suis également un peu surpris de voir que l’exode continue bien que ScienceBlogs ait finalement reconnu son erreur en retirant le blog de PepsiCo.

Cela dit, la raison profonde du divorce entre ScienceBlogs et ses blogueurs semble davantage venir de la structure même de l’organisation, dans laquelle un groupe de media essaie de tirer profit du travail souvent bénévole de blogueurs passionnés sans tenir nécessairement compte de leur avis. On devine en creux en lisant les différents billets outrés de Sciblings que les choses n’allaient pas pour le mieux depuis quelques temps, les ingénieurs de ScienceBlogs semblant plus préoccupés par le moteur d’affichage de la publicité que par l’amélioration  technique de la plate-forme pour les fournisseurs de contenus. Posons alors la question : n’est-ce pas tout simplement que la science en général et le blog de science en particulier n’est pas de façon encore plus évidente que la plupart des media online impossible à “rentabiliser” ? Si ScienceBlogs, avec ses 4 millions de visiteurs uniques par mois, sa langue universelle, ses 90 blogueurs dont la plupart sont bénévoles n’y est pas arrivé, qui d’autre le pourra ?

A ce stade, intéressons-nous à l’exemple de plate-forme de blogs de sciences francophones qu’est le c@fé des sciences. Le c@fé est une initiative grassroot, totalement bénévole voire coûteuse pour certains, comme Enro qui l’héberge(ait). Il n’a donc pas les travers de la déconnexion entre blogueurs et plate-forme qu’on peut observer chez ScienceBlogs; les blogueurs  sont/font la plate-forme. La publicité n’est présente que par l’intermédiaire des différents hébergeurs, les seuls qui ont pu toucher un peu d’argent sont à ma connaissance les journalistes scientifiques via leur employeur. Bref, un environnement idéal a priori, mais force est de constater aussi que :

• le c@fé des sciences n’a pas la force de frappe en terme de communication d’un groupe de media entier, et donc forcément moins d’impact pour la diffusion de la “science comme culture”
• il n’a pas non plus les ingénieurs pour développer/améliorer la plate-forme, à ma connaissance c’est toujours une petite poignée de c@fetiers dont Enro qui se chargent de l’intendance (et on ne pourra jamais assez les remercier …).

Cependant, le c@fé a tout de même tenté de se développer par d’autres moyens, en gardant néanmoins son aspect grassroot et collaboratif. C’est une des raisons pour laquelle a été fondée l’association c@fé des sciences, association loi de 1901 tout ce qu’il y a de plus français au niveau structure, dont l’un des buts est de développer le blogging scientifique en général (n’hésitez pas à adhérer !). Une direction quasi-orthogonale donc à celle de ScienceBlogs; si les choses sont forcément plus lentes et moins spectaculaires que ScienceBlogs, on peut penser que cette structure met à l’abri les c@fetiers d’un éventuel Pepsigate!

Pour finir, je ne peux m’empêcher de m’interroger sur l’écosystème des blogs de science, particulièrement dans la sphère francophone. Si un ScienceBlogs anglophone peut draîner intérêt et lecteurs au niveau international et donc se suffire à lui-même, mon sentiment profond est que la simple association de blogueurs éparpillés hébergés par eux-mêmes n’est peut-être plus le meilleur moyen de participer à la diffusion de la science comme culture. Ma petite expérience, notamment via le blog Darwin 2009 et quelques links dans la sélection web du monde, est qu’un blog scientifique peut parvenir à draîner une audience considérable en étant adossé à un media plus généraliste ouvrant ses pages à toutes les thématiques (y compris donc la science). Autrement dit, l’internaute en goguette susceptible d’être intéressé par le blog de science ne va pas nécessairement en chercher spécifiquement; plus probablement il préfère butiner sur un media généraliste qui abordera la science via le blogging. Le portail de blogs scientifiques est bien sûr utile et intéressant pour approfondir, mais n’est pas forcément la porte d’entrée idéale pour continuer à développer la culture de la science via le blog.

Ajout 21 juillet : on pourra suivre les derniers développements de l’affaire du Pepsigate sur Twitter via le hashtag #Sbfail .

[1] Ces laboratoires mythiques fondés par Bell ayant donné tant d’innovations technologiques et de prix Nobel, dont le Physique 2009 !

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• Enro rebondissait sur mes critiques le 12 Octobre, sur les rapports entre charité et co-production des savoirs. La même année, souvenez-vous, l’Eglise catholique s’était fendue d’un communiqué pour “orienter” les recherches du Téléthon, confirmant ainsi mes craintes (et hop, j’en avais fait un petit billet).
• L’année suivante m’a offert une belle illustration des dangers des dons “orientés” avec la construction de la tour  du Sloane-Kettering dans laquelle il est interdit de faire de la recherche sur les cellules souches par contrat avec l’Eglise qui avait donné le terrain.
• 2007 toujours, souvenez-vous de l’appel sur la fuite des cerveaux lancé par la fondation pour la recherche médicale. Le débat le plus intéressant est en commentaires : Erathrya soulignait les problèmes de statut social des chercheurs travaillant pour ces fondations privées. Les fondations de recherche versent en effet la plupart du temps des libéralités aux chercheurs qu’elles emploient, et souhaitaient s’abstenir de verser les charges sociales. Le chercheur pouvait  donc ainsi lui-même faire don de sa protection sociale pour la bonne cause (la fondation pour la recherche médicale essayait de faire pression sur l’Etat pour passer à la caisse…)
• Un an plus tard, en 2008, je ne savais pas sur quel pied danser avec le Pasteurdon, les termes du débat restant les mêmes. J’étais par ailleurs gêné par la communication des gens de Pasteur, tournée vers la mise en valeur des brevets …
• Cela m’a peut-être motivé pour écrire ce billet de synthèse sur le financement de la recherche et son historique aux USA, montrant que nous n’allons probablement pas dans la bonne direction…

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import copy
def partition(n):
    list=[]
    if (n==1):
        list.append([1])
        return list
    list.append([n])
    list_previous=partition(n-1)
    for l in list_previous:
        list_increment=copy.deepcopy(l)
        list_increment.append(1)
        list_increment.sort()
        if not list_increment in list:
            list.append(list_increment)
        for i in xrange(len(l)):
            list_addition=copy.deepcopy(l)
            list_addition[i]=list_addition[i]+1
            list_addition.sort()
            if not list_addition in list:
                list.append(list_addition)

    return list

l=partition(9)
print l
print len(l)

Qui renvoie ici :

[[9], [1, 8], [1, 1, 7], [2, 7], [1, 1, 1, 6], [1, 2, 6], [3, 6], [1, 1, 1, 1, 5], [1, 1, 2, 5], [2, 2, 5], [1, 3, 5], [4, 5], [1, 1, 1, 1, 1, 4], [1, 1, 1, 2, 4], [1, 2, 2, 4], [1, 1, 3, 4], [2, 3, 4], [1, 4, 4], [1, 1, 1, 1, 1, 1, 3], [1, 1, 1, 1, 2, 3], [1, 1, 2, 2, 3], [1, 1, 1, 3, 3], [2, 2, 2, 3], [1, 2, 3, 3], [3, 3, 3], [1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 2], [1, 1, 1, 1, 1, 2, 2], [1, 1, 1, 2, 2, 2], [1, 2, 2, 2, 2], [1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1]]
30

ce qui a l’air assez raisonnable. Cela me permet de découvrir l’existence de la balise html <pre> , et de la tester. Je suis maintenant fin prêt pour écrire plein de choses sur python et son utilisation … en biologie

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Les gènes ne déterminent ces formes que très indirectement, en contrôlant la méthode de croissance de l’apex et en assurant que les graines se repoussent (chimiquement?) les unes par rapport aux autres. Un bel exemple d’auto-organisation, je trouve, où “la structure des objets mathématiques détermine celle des objets naturels” comme le dit je-ne-sais-plus-qui.

On retrouve bien sûr un comportement émergent, indépendant de la nature des objets dirigeant ces phénomènes, comme l’a bien expliqué Kaufman. L’intérêt des travaux de Douady et Couder, c’est de montrer qu’il y a une loi simple, un “algorithme” permettant de fabriquer facilement ses spirales, et ils suggèrent que c’est cet algorithme qui est à l’oeuvre dans le tournesol. Il n’y a évidemment pas de gène fixant l’angle de la spirale d’or; la “flèche de l’explication” de la forme des tournesols est “vers le haut”.

C’est exactement pour ce genre de systèmes que les physiciens peuvent aider les biologistes, en faisant de la phénoménologie pour retrouver des comportements observables et faire des prédictions. Et c’est précisément cette idée que nous avons beaucoup de mal à faire passer en tant que physiciens; c’est sûrement un peu de notre faute mais c’est aussi une question de culture je pense. Phénoménologie est un gros mot pour les biologistes alors que c’est quasiment la règle d’or pour les physiciens.

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1	Technologies du Langage		+1
2	Affordance		-1
3	Actualité de la Recherche en Histoire Visuelle		=
4	La feuille		=
5	Bibliobsession 2.0		+1
6	Urfirstinfo		+7
7	Vagabondages		-2
8	Tom Roud		+3
9	Marlene’s corner		+3
10	Klog		-1
11	Fred O Fenua		+22
12	Baptiste Coulmont		+4
13	Tour de toile du BBF		-3
14	Langue sauce piquante		-6
15	Enro, scientifique et citoyen		+14
16	Aïe ! tech		-9
17	Blog à Maths		-2
18	Le blog du Doc’		+31
19	XG_BlogNotes		+6
20	Bibliothèque = Public		+2

Plus généralement, le classement wikio va devenir plus scientifique, grâce aux consultations éclairées du professeur Veronis qui prend d’ailleurs à cette occasion la tête du classement scientifique (et oui, travailler pour wikio crée du buzz !). Les premiers changements dans la méthode de classement sont assez évidents (à dire vrai je ne comprends pas qu’ils n’aient pas été implémentés par défaut) à savoir :
- élimination des blogs silencieux depuis x mois (sans blague !)
- linéarisation de l’impact des liens en fonction de l’âge : plus un lien est vieux, moins il compte

Jean Véronis devrait donner plus de détails dans les jours qui viennent, affaire à suivre donc… Le classement wikio devrait à mon avis devenir à la fois plus et moins intéressant en fonction de votre point de vue :
- plus intéressant car plus transparent et plus scientifique. Il y a certainement matière à études là-dedans (message personnel : la base de données de liens est-elle disponible ? Je suis sûr que ce serait super intéressant à analyser)
- moins intéressant car en toute logique le classement devrait être beaucoup plus stable; si je comprends bien cette étude récente dans PNAS

We use sequential large-scale crawl data to empirically investigate and validate the dynamics that underlie the evolution of the structure of the web. We find that the overall structure of the web is defined by an intricate interplay between experience or entitlement of the pages (as measured by the number of inbound hyperlinks a page already has), inherent talent or fitness of the pages (as measured by the likelihood that someone visiting the page would give a hyperlink to it), and the continual high rates of birth and death of pages on the web. We find that the web is conservative in judging talent and the overall fitness distribution is exponential, showing low variability. The small variance in talent, however, is enough to lead to experience distributions with high variance: The preferential attachment mechanism amplifies these small biases and leads to heavy-tailed power-law (PL) inbound degree distributions over all pages, as well as over pages that are of the same age. The balancing act between experience and talent on the web allows newly introduced pages with novel and interesting content to grow quickly and surpass older pages. In this regard, it is much like what we observe in high-mobility and meritocratic societies: People with entitlement continue to have access to the best resources, but there is just enough screening for fitness that allows for talented winners to emerge and join the ranks of the leaders. Finally, we show that the fitness estimates have potential practical applications in ranking query results.

la structure du web change peu, à l’exception de quelques étoiles filantes, il faudrait que je lise la publi et que j’en fasse un billet tiens.

Quoi qu’il en soit, ce grand nettoyage profite au moins à 3 membres du c@fé avec les progressions fulgurantes du doc’, d’Enro et de votre serviteur !

Ajout 4 Octobre : Quelques points intéressants relevés sur le blog de Jean Véronis et en commentaires ici :
- il y a trop peu de liens entre les blogs français. J’avoue que c’était un truc qui me chiffonnait depuis un bout de temps : je vois bien qu’il y a assez peu de liens vers mon blog, et je ne comprenais pas comment on pouvait faire une évaluation statistiquement significative de son “influence” là-dessus.
- du coup, l’autre avantage de regarder sur une période plus longue est d’avoir beaucoup plus de liens, et donc de faire une meilleure évaluation de “l’influence”.
- le score d’un lien est logarithmique par rapport au classement du blog. C’était aussi une question que je m’étais toujours posée, mais quand on y réfléchit, là encore c’est le plus logique. Néanmoins, je ne suis pas sûr compte-tenu du nombre de blogs que pondérer tous les liens de la même façon ne donnerait pas la même chose !
- wikio ne prend en compte qu’un nombre limité de liens entre deux blogs pour une période donnée. Là encore c’est logique.
- ah sinon, wikio prend en compte les liens vers des billets, et non vers les blogs. L’un des buts est de lutter contre les perturbations type “chaînes de blogs”. Parfaitement logique encore, surtout vu le faible nombre de liens dans la blogosphère.

Je me demande si le faible nombre de liens n’a pas une origine culturelle. Il me semble qu’en France, on a la fâcheuse tendance à s’approprier les idées des autres sans les citer; cela provient probablement en partie de notre éducation où on ne nous apprend pas à bien citer. Dans tous les cas, j’essaie ici de citer et “backlinker” au maximum…

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Comme nous l’annonçait Enro, nous avons la joie d’accueillir deux nouveaux c@fetiers :

• tout d’abord, Benjamin Bradu, doctorant au CERN, qui tient un excellent blog de vulgarisation, la science pour tous (ou science for everyone in English). Par exemple, vous saurez tout sur la mesure de température des étoiles (sur lesquelles il est difficile d’envoyer un thermomètre)…
• ensuite, le prolifique Dr Goulu , qui aborde beaucoup de sujets, des trous noirs aux matches de foot. J’ai adoré son billet sur Nostradamus et le LHC …

Bienvenue à eux ! Le c@fé poursuit donc sa croissance, même si sa proportion de Benjamin augmente et celle de femmes diminue …

Enfin, à la suite de la participation officielle du c@fé au premier forum des blogueurs scientifiques, France Inter a parlé de nous dans la fameuse rubrique “reporter” du 7-10. Cela m’a fait tout drôle d’entendre la douce voix  d’Enro entre Nicolas Demorand et Sophie Bécherel !

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A ma gauche, indispensables.net, qui vient renforcer la branche mathématique du c@fé qui n’était occupée jusque maintenant que par eljj. Son auteur est Alexandre Moatti, auteur récent d’un livre sur Einstein. Un excellent blog pour ceux qui aiment les maths et la physique. J’aime neaucoup par exemple ce genre de billets mathématico-philosophique, mais on y trouve aussi beaucoup de billets axés sur l’application de la physique dans la vie pratique (comme la fluorescence dans les billets de banque) .

A ma droite, dans un style complètement différent, autour des sciences, écrit par Benjamin Godard, étudiant en sciences, et Jonathan Parienté, journaliste. Un blog qui à mon avis trouve le bon équilibre entre pertinence scientifique et ouverture au grand public, avec beaucoup de thématiques très variées abordées. Ne manquez pas notamment le billet sur la perception du temps pendant le téléchargement.

Bienvenue aux deux nouveaux !

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• Après l’arbre de la vie, l’encyclopédie de la vie.
• Evolution et Sélection naturelle en quelques mots.
• En Anglais et ça date un peu, mais cette histoire de papier sur l’”âme” et les mitochondries (sic) est assez hallucinante.
• Depuis quelques jours, cela discute ferme chez Timothée, sur le créationnisme et autres formes de “non matérialisme”
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  • baisse dans le classement de ce blog, pour cause notamment de meilleure prise en compte de certains blogs, comme par exemple celui de Benjamin, qui devrait faire une entrée tonitruante devant moi théoriquement!
  • sur le long terme, je pense que le classement “blogs scientifiques” devrait rester plus stable que le classement général car les écarts au classement général entre tous ces blogs sont assez grands
  • un truc qui m’a frappé : le blog d’Enro, celui de Benjamin et le mien sont à peu près positionnés ensemble dans ce classement. Or, le classement wikio repose notamment sur une pondération des liens en fonction des classements. De façon assez naturelle, je pense qu’il y a pas mal de liens entre blogs du c@fé des sciences, qui par conséquent renforcent leurs positions mutuelles dans ce même classement. Je me demande si le classement wikio ne favorise pas naturellement les communautés de blogueurs.

Bon Week-end !

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3. 2009, année Darwin : le blog du c@fé Mon silence (relatif) de ces derniers jours est dû au développement d’un petit projet destiné à célébrer l’année Darwin. En collaboration avec les autres c@fetiers des sciences, nous avons décidé de monter un blog spécialement consacré à l’évolution. Ce blog est hébergé pour l’instant sur le site du monde, à l’adresse suivante : http://darwin2009.blog.lemonde.fr/. Nous [...]...