On peut constater la présence de deux “vortex” (ou tourbillons) de cheveux, se rencontrant au sommet de son crâne pour former une petite crête de cheveux très mimi.

Ma fille est une exception : comme je le disais dans ce billet déjà ancien , la plupart des gens n’ont qu’une seule spirale de cheveux au sommet du crâne, et environ 90% des gens ont une implantation dans le sens des aiguilles d’une montre. Cependant, il se trouve aussi qu’il y a corrélation entre l’orientation de la spirale et la latéralité : chez les gauchers, la proportion de spirales dans le sens des aiguilles d’une montre tombe à 56%. Cela signifie-t-il que ma fille sera ambidextre ? En tous cas, elle se sert beaucoup de sa main gauche.

Tout cela pose la question de la symétrie et de l’asymétrie entre les parties gauches et droites du corps. Problème biologique fascinant : membres et aspects extérieurs sont à peu près symétriques, alors que les organes internes sont asymétriques. Comment tout cela se met-il en place au cours du développement ?

Si la question la plus mystérieuse à mon sens reste celle de la symétrie du corps (notamment comment elle est maintenue au cours du développement), beaucoup de travaux se sont penchés sur les mécanismes derrière l’asymétrie interne. La brisure de symétrie gauche-droite est très précoce au cours du développement. L’une des premières manifesations claires est l’expression de gènes spécifiques au côté gauche, tels que le bien nommé gène Lefty, ou encore Nodal dont on voit l’expression ci-dessous sur plusieurs embryons de différents animaux (image tirée de pharyngula)

Si les choses ne sont pas encore très claires, il semble néanmoins que les mécanismes de mise en place de cette asymétrie gauche-droite soient essentiellement physiques. Une première hypothèse pour la stabilisation du système Lefty Nodal, serait un mécanisme de réaction-diffusion, type mécanisme de Turing [Solnica-Krezel, 2003]. Mécanisme simple en théorie probablement utilisé par l’évolution plusieurs fois dans des formations de motifs biologiques tout à fait différents [1].

Cependant, si un tel mécanisme explique l’émergence et le maintien durable de cette asymétrie (au niveau des expressions génétiques), il n’explique pas comment l’orientation interne est toujours plus ou moins la même d’un individu à l’autre – ainsi avons-nous quasiment tous notre coeur à gauche.
Cette brisure de symétrie primordiale est elle aussi définie lors du développement, et deux mécanismes physiques possibles ont été décrits :
- la mise en place précoce d’une circulation asymétrique de fluide dans l’embryon. Par exemple, chez le poisson-zèbre, on a pu observer et étudier un tourbillon de fluide dans une petite vésicule appelée vésicule de Kupffer. C’est le sens de ce tourbillon (vers la gauche ou vers la droite) qui déterminerait la future symétrie interne, en concentrant certaines protéines d’un côté de l’embryon. Ce tourbillon de fluide est contrôlé par des rotations de petits cils à l’intérieur de cette vésicule (on peut voir une vidéo des cellules ciliées chez la souris )
- de façon encore plus précoce, une série d’expériences fascinantes a montré comment l’asymétrie gauche droite était influencée par un flux d’ions hydrogènes et potassium à l’intérieur de l’embryon, créant ainsi une différence de potentiel entre la gauche et la droite [Levin et al.,2002]. Ce flux d’ions (et donc le champ électrique associé) se mettrait en place dès les premières divisions cellulaires dans l’embryon !

Plus tard au cours du développement, des mécanismes se mettent en place pour renforcer ou au contraire annihiler cette asymétrie gauche-droite définie précocement. Par exemple, on pense que l’asymétrie droite-gauche est compensée par certains mécanismes moléculaires pour assurer un développement bien symétrique : on a pu montrer qu’ en supprimant dans l’embryon l’action d’une molécule appelée acide rétinoique, les vertèbres poussent plus vite d’un côté que de l’autre, aboutissant à des embryons tordus [Vermot et Pourquié, 2005]! J’avais également parlé il y a deux ans de ces asymétries étranges dans les organes vestigiels des mammifères marins : les “jambes” vestigielles de gauche sont bien plus grandes que celles de droite.

La symétrie gauche-droite est donc un problème tout à fait fascinant, et plein de jolies questions à l’interface physique biologie. Je trouve tout à fait amusant par exemple de penser que c’est un tourbillon de fluide à l’interieur de l’embryon qui détermine l’asymétrie gauche-droite, qui se traduit in fine par une implantation en tourbillon des cheveux au sommet du crâne ! Il faut dire que par “essence”, une chiralité, c’est physiquement une orientation de tourbillon. Mais par quel mécanisme peut bien se former ce tourbillon de pilosité crânienne ? Pourquoi ma fille en a-t-elle deux ? Mystère total …

Références :

Solnica-Krezel L. (2003) Vertebrate development: taming the nodal waves. Curr Biol. 13(1):R7-9.

Nonaka S, Yoshiba S, Watanabe D, Ikeuchi S, Goto T, et al. (2005) De novo formation of left–right asymmetry by posterior tilt of nodal cilia. PLoS Biol 3(8): e268.

Levin M, Thorlin T, Robinson KR, Nogi T, Mercola M. (2002) Asymmetries in H+/K+-ATPase and cell membrane potentials comprise a very early step in left-right patterning. Cell. 111(1):77-89.

Vermot J, Pourquié O. (2005) Retinoic acid coordinates somitogenesis and left-right patterning in vertebrate embryos.Nature.435(7039):215-20.

[1] c’est probablement ce qui se passe dans les formations des plumes décrites par Taupo dans ce billet, avec le système Shh/Bmp en lieu et place de Lefty/Nodal . Il est intéressant de noter d’ailleurs que c’est un exemple potentiel de convergence évolutive pour des mécanismes de stabilisation de “patterns”. Les contraintes physiques sur l’évolution, ce n’est pas que la gravité et l’utilisation des atomes, c’est aussi que des programmes de développement peuvent avoir des similarités parce qu’il n’y a pas 36 000 manières physiques de faire des structures auto-organisées.

Aucun billet similaire

On rejoint alors la vision d’un Stephen Jay Gould et de son expérience de pensée proposée dans “Wonderful Life” : si l’on remontait le temps, rembobinait l’évolution et redéroulait le processus de sélection naturelle, la vie, selon Gould, serait totalement différente de celle qu’on observe actuellement. Les biologistes appellent cela la contingence, les économistes la dépendance au sentier, le darwinisme est assimilé au gouldisme par Heams.

Heams poursuit : si on observait de la reproductibilité dans l’évolution, il faudrait trouver d’autres explications rationnelles que la seule théorie telle qu’elle existe. Or, selon Heams, une boîte de Pandore serait ouverte : repenser l’évolution serait un retour en arrière, qui favoriserait nécessairement les mouvements spiritualistes et religieux, voire créationnistes. Donc interdisons-nous cette perspective !

A ma droite, la tribune de Jean Staune en réponse qui prend Heams à contrepied. Staune commence par effectivement rappeler les théories de Simon Conway-Morris, autre paléontologue respecté (dont j’avais chroniqué le livre sur les convergences évolutives) . En résumé, Conway-Morris est en desaccord profond avec la vision de l’évolution explicitée Gould (et implicitement citée par Heams) pour une raison simple : en réalité, l’évolution a trouvé plusieurs fois les mêmes solutions, de façon reproductible. C’est ce qu’on appelle les convergences évolutives. Staune cite les exemples qui l’arrangent (pas forcément les plus clairs, et il extrapole beaucoup ), recrute lui aussi en passant Stephen Jay Gould (?) et affirme en somme que la vision qui en découle est en contradiction avec la théorie de l’évolution de Darwin, d’où le titre provocant de sa tribune. On peut regretter qu’un énoncé aussi fort ait été publié tel quel; encore une illustration que les pages des journaux ne sont peut-être pas le meilleur lieu pour parler de science.

Deux tribunes, un préjugé commun

A mon sens, malgré leurs affirmations radicalement opposées, ces deux tribunes révèlent un problème récurrent dans la vision courante de l’évolution : il y a une confusion permanente entre le fait que le hasard soit le moteur de l’évolution et le fait que les solutions trouvées par l’évolution soient elles aussi aléatoires. C’est une confusion entre le moteur et le résultat du processus.

Plus exactement, pour parler en informaticien, on peut voir le processus de sélection naturelle comme un algorithme d’optimisation (locale ou globale). Son moteur est le hasard, comme les fameux algorithmes Monte Carlo utilisés en physique. Mais cela ne veut absolument pas dire que les solutions trouvées par cet algorithme sont elles-mêmes aléatoires. Les solutions trouvées par un algorithme aléatoire (quel qu’il soit) dépendent certainement de l’algorithme, mais dépendent probablement au moins autant de l’espace des solutions possibles et de ses contraintes (physiques ou autre).

Et en réalité, les problèmes informatiques où des méthodes basées sur le hasard donnent des résultats parfaitement déterministes sont courants. L’exemple le plus classique, pour citer un biologiste fameux, est le procédé de l’aiguille de Buffon : méthode parfaitement aléatoire permettant de calculer la valeur d’un nombre parfaitement déterminé, pi. Il ne viendrait à l’idée de personne de dire que comme Buffon utilise une méthode dont le moteur est l’aléatoire, son résultat est lui-même aléatoire [1]. Pourquoi est-ce exactement ce qu’on fait à chaque fois qu’il s’agit de parler d’évolution, au point donc que dire le contraire serait être anti-darwinien ?

Evidemment, Heams a d’une certaine façon raison sur un point : si le résultat d’un processus aléatoire n’est pas lui-même aléatoire, c’est qu’on n’a pas complètement compris la nature du problème. Et alors ? En quoi cela remet-il en question la théorie de l’évolution ? L’idée de Conway-Morris est simplement que les contraintes évolutives sont parfois tellement fortes que le nombre de solutions trouvées est effectivement limité. L’aléatoire, moteur de l’évolution, est simplement canalisé par la grande force des pressions évolutives qui orientent vers un résultat. C’est certes une nouvelle affirmation scientifique, testable et falsifiable, un ajout au corpus existant, mais en quoi est-ce contradictoire avec Darwin ? Même Richard Dawkins, tête de pont publique de l’évolutionnisme athée, ne semble pas avoir de problème avec cette idée, lorsqu’il a cité récemment Conway-Morris pour précisément affirmer qu’il ne fallait pas sous-estimer les probabilités des convergences évolutives, dans une discussion sur la (possible) bipédie des aliens dont j’avais parlé ici !

Tester sereinement

Trois derniers commentaires pour finir ce billet déjà trop long :

- l’un des points importants si l’évolution est contrainte est que l’on puisse faire des prédictions sur l’évolution. Conway-Morris s’y livre dans son bouquin (de façon constestable à mon avis). Mais l’une des prédictions spectaculairement vérifiée a déjà été réalisée en 1945 par Schrodinger : dans son livre “qu’est-ce que la vie“, sur la base de considérations purement thermodynamiques (i.e. des contraintes physiques), il a prédit que l’hérédité devait se transmettre par l’intermédiaire d’un “cristal apériodique”. Prédiction largement vérifiée depuis par la découverte du code génétique encodé via l’ADN. On peut donc penser qu’une vie extraterrestre se baserait elle aussi sur un cristal apériodique (qui pourrait être tout aussi bien l’ARN ou un autre polymère apériodique), on peut aussi penser qu’un processus autocatalytique conservant l’information (i.e. la vie) nécessite l’existence de cellules pour des raisons de séparation d’information purement physiques, etc… Il n’y a donc rien de choquant, d’anti-darwinien ou d’anti-scientifique à mon avis à penser cellules, bactéries, animaux multicellulaires pour la faune extraterrestre. Entre parenthèses, l’un des critères acceptés de recherche de vie extraterrestre est une atmosphère enrichie en oxygène, du fait d’une hypothétique photosynthèse extra-terrestre, preuve qu’en réalité tout le monde fait cette hypothèse.

- quelques jours avant la publication de la tribune de Thomas Heams, on pouvait lire un peut partout que la NASA s’attendait à avoir des conclusions définitives cette année dans le sens de l’existence (passée) de la vie sur Mars (voir par exemple ce billet). Donc ces problèmes de convergence évolutive dans l’apparition de la vie et sa structure pourraient trouver une réponse rapide.

-enfin, il serait bon que tous oublient un peu leurs opinions religieuses dans ces discussions, qu’il s’agisse de Conway Morris ou des évolutionnistes athées militants.

Post Scriptum
Si vous voulez en savoir plus sur les convergences évolutives, je recommande vivement la lecture du blog SSAFT et plus particulièrement de la série “Le Mercredi on converge“.

[1] encore que ce serait intéressant de faire un sondage a priori auprès de non spécialistes.

Billets similaires:

1. Pourquoi le darwinisme social ne marche pas Je sors de ma torpeur blogosphétique pour réagir aux objections dans les commentaires d’un précédent billet comme quoi le problème avec l’eugénisme ou le darwinisme social ne serait que d’ordre moral. Il y a de nombreux travaux soulignant à mon sens les problèmes fondamentaux du darwinisme social et de l’eugénisme. Ces travaux tournent autour [...]...

Billets similaires:

1. Evolution et créationnisme dans les Simpsons Version “homerique” de l’évolution que j’avais manquée. Je pense que je vais finir par faire une page répertoriant toutes les vidéos intéressantes de ce type sur lesquelles je tombe, je les aime beaucoup et je commence à en avoir pas mal (voir notamment ce billet et commentaires). Toujours sur les Simpsons, cet épisode sur le créationnisme, [...]...
2. Quirky meme Grand moment de communion blogosphérique, me voici taggé par Xochipili. A mon tour de donner 6 informations inintéressantes sur mon compte : Il ne le sait pas, mais je suis cousin au troisième degré avec Jean-Pierre Papin Ma soeur et moi sommes nés le même jour à exactement un an d’écart La première fois que j’ai vu ma [...]...
3. Le mème amish Libé nous apprend qu’en seize ans, la population des Amish aux Etats-Unis a doublé. A ce rythme là, un calcul rapide montre qu’il suffirait de seulement 160 ans pour que les Amish soient majoritaires en nombre aux US ! Une bonne illustration d’un avantage évolutif de la religion ? En tous cas, force est de [...]...

Billets similaires:

1. Compte-rendu de symposium dernière : comment lutter contre le créationnisme ? Dans le cadre d’une session en soirée, Rockefeller University avait invité Jerry Coyne à venir donner son avis sur les moyens de lutter contre le créationnisme. Il parlait en terrain conquis et a été abondamment applaudi, je suis plus mitigé … La conférence s’ouvrait classiquement par une série de sondages: seulement un quart des Américains acceptent [...]...
2. Scientifiques dans les 100 Time magazine publie sa liste des 100 qui ont compté cette année. Parmi eux, signalons : Yoichiro Nambu, prix Nobel de physique 2008. La brisure de symétrie encore une fois à l’honneur, profitons-en ! Steven Chu, prix Nobel de physique 1997, reconverti depuis dans les sciences du climat et passé au service d’Obama Stephan Schuster and Webb Miller, [...]...
3. Des maths dans un film La représentation de la science dans les oeuvres de fiction du grand public a quelque chose d’énervant dans sa répétition des mêmes clichés usés. Il y a quelque temps, Enro nous avait donné un aperçu de la nouvelle série mettant en scène des thésards en physique, The Big Bang Theory. Il avait alors souligné l’aspect [...]...

Cependant, un problème se pose d’entrée : pour convaincre media et grand public, mieux vaut être un “bon client”. Le débat récent sur le réchauffement climatique nous en a offert un bon exemple. Force est de constater que Vincent Courtillot a rencontré un énorme succès : de ma position d’internaute expat branché sur l’internet, je n’ai vu que lui, de Parlons Net à C dans l’air, en passant par le 7-9 de France Inter (en semaine et le week-end) voire le journal de France 2.

Quels ont donc été les points forts de Courtillot ? J’en vois au moins 3 :

1. D’abord Courtillot a une légitimité scientifique incontestable : académicien des sciences, patron de l’IPGP. Même si le parcours scientifique est proche, il n’a pas le côté politique d’un Claude Allègre. Bref, Courtillot portait le poids de l’autorité scientifique pure, d’autant plus quand il s’agissait de contester d’autres autorités scientifiques, qui, au contraire, ont été indirectement “souillées” par le côté éminemment politique d’un Prix Nobel de la Paix.
2. Ensuite, Courtillot a eu un discours simple, clair, accessible, illustré d’exemples frappants. Combien de fois l’avons-nous entendu parler du Groenland vert, ou des vignes anglaises du Moyen Age ? Des contre-images d’Epinal frappantes, à même de marquer les esprits et de convaincre en quelques mots, ce qui est idéal pour l’échelle de temps médiatique.
3. Enfin qui dit science dit chiffres et statistiques, naturellement incontestables dans l’esprit du grand public. Là encore, Courtillot a excellé : loin de se contenter des outrances d’un Allègre affirmant que la courbe en crosse de Hockey, c’est n’importe quoi (suscitant haussements de sourcils interloqués), Courtillot a montré ses courbes et ses mesures.  Ajoutez à cela une poignée de discours sur la corrélation entre température et divers phénomènes magnétiques, toujours très convaincants.

En somme trois points importants pour légitimer le discours  scientifique : légitimité institutionnelle, arguments qualitatifs frappants, données quantitatives vulgarisées pour soutenir les arguments qualitatifs, les deux derniers points pouvant être énoncés en quelques secondes sur un plateau télé. Une leçon à tirer à mon avis pour toute communication scientifique visant à convaincre le grand public.

On peut réexaminer sous cet angle le discours du “consensus climatique” sur le réchauffement d’origine anthropique. Sur la légitimité scientifique, lorsqu’un Jouzel était invité comme contradicteur, on peut dire qu’il y avait essentiellement match nul avec Courtillot. Mais pour les deux derniers points, j’ai le sentiment  que les climatologues ont perdu  le débat médiatique en ne se focalisant pas assez sur le point 2 et en dérivant trop vite vers le point 3, balançant chiffres et détails techniques incompréhensibles pour le commun des mortels. Il me semble qu’il a manqué une bonne image d’Epinal, un retour aux fondamentaux pour convaincre.

Le problème essentiel dans ce débat sur le climat est qu’il me semble que les climatologues n’ont pas conscience que bien peu de gens maîtrisent vraiment les fondamentaux – ce qui  donne d’ailleurs un avantage d’image aux franc-tireurs moins spécialistes et donc moins “savants cosinus”. Un exemple très simple : comme on s’en rend vite compte dès qu’on discute sur Internet, si tout le monde a entendu dire que les scientifiques affirment que  CO2 est un gaz à effet de serre, les gens ne réalisent pas toujours ce que cela signifie vraiment. Par exemple, il aurait été selon moi bon de revenir longuement sur le points suivants :

• qu’est-ce que l’effet de serre ? Réexpliquer que certains gaz sont opaques au rayonnement thermique réémis depuis la Terre. Image d’Epinal : la serre justement, qui permet d’expliquer aussi que la source d’énergie initiale est le soleil dont les rayons sont diffusés dans l’infrarouge par la Terre.
• le CO2 est un gaz opaque au rayonnement thermique, comme d’autres gaz tels que la vapeur d’eau ou le méthane. C’est un fait expérimental de laboratoire, connu et vérifié depuis 150 ans, quantifiable et quantifié. Donc le CO2 est un gaz à effet de serre, d’où l’inquiétude face aux rejets du CO2. Image d’Epinal : plus de CO2 -> serre plus épaisse et plus isolante, on retient mieux la chaleur.

L’avantage de ces considérations est qu’elles permettent d’orienter les discussions vers un point capital absent des discours mettant en doute le réchauffement climatique d’origine anthropique : la discussion des mécanismes physiques.

Même pour les modèles du climat proprement dits, des intuitions simples, proches des gens, auraient peut-être eu plus d’impact dans le débat.  A la base les modèles de climat sont des études des flux de chaleur au niveau global, le flux majeur entrant est le flux solaire, qu’il s’agit d’estimer le flux sortant et les stocks. C’est ça le fameux “bilan radiatif”.  Et on peut donner des explications climatiques simples même à ce niveau sans modèle compliqué : par exemple, la différence de température entre l’été et l’hiver est essentiellement due au fait que le flux de chaleur d’origine solaire entrant est plus important en été du fait de l’inclinaison de l’axe terrestre. Et du même coup,  tout le monde peut en déduire ce qui peut se passer en première approximation si on diminue le flux sortant en injectant du gaz à effet de serre dans l’atmosphère . Bien sûr, les modèles sont beaucoup plus complexes que ça, mais l’exemple été/hiver est aussi une illustration idéale et compréhensible par tous de ce à quoi peut ressembler un modèle climatique sur la base physique, qu’un modèle très simple n’est pas tout faux et que l’échelle du temps de la météo n’est pas celle de la climatologie !

Bien sûr, il faut ensuite montrer les variation de températures, de concentration de CO2 assez rapidement, mais faire plus que ça, c’est trop technique, trop compliqué, c’est risquer de perdre le public. Je pense sincèrement qu’on ne peut pas vraiment aller plus loin sur un plateau de TV, et trop souvent, il me semble que les climatologues ont commencé par la fin alors qu’un simple discours martelant les idées de base serait plus efficace selon moi.

Cela étant dit, l’autre point qui a gravement péché dans ces débats sur le climat me paraît être le troisième homme, l’organisateur du débat, à savoir les émissions  de débat ou d’information elles-mêmes. Les journalistes m’ont paru bien trop souvent s’abriter un peu facilement soit derrière une incompétence scientifique presque revendiquée, soit derrière la complexité invulgarisable du discours technique. Pourtant, particulièrement lorsque les discours sont simples, n’y aurait-il pas un moyen aussi de faire des vérifications simples ? Quand V. Courtillot parle sur toutes les ondes du Groenland vert, est-ce si difficile de faire comme mon collègue ICE et son commentateur Holly Days pour  questionner les affirmations  du style “la banquise en fondant révèle les Eglises vikings” ? Et il y a besoin d’avoir un doctorat quelconque pour savoir et expliquer que corrélation, même spectaculaire, n’est pas causalité, et que c’est même la plupart du temps très trompeur ? N’oubliez jamais par exemple que si les tâches solaires sont corrélées à une fluctuation de température, elles sont aussi corrélées à la proportion de Républicains dans le Sénat américain comme le prouve la figure ci-contre (source : RealClimate) qui valent bien des tendances bruitées redressées à la main par certains climato-sceptiques …

On est en droit à mon avis de demander aux journalistes de jouer la mouche du coche et de faire la distinction pour le grand public entre vessies et lanternes scientifiques justement parce que les arguments, de plus en plus naturellement, resteront simples dans ces débats qui relèvent plus de la communication au grand public [1].

[1] Pas directement relié, mais l’épisode relaté un peu partout des sites en lignes subventionnés parce que les journalistes feraient, eux, du “fact checking” sérieux m’a d’autant plus mis en colère dans le contexte de ce débat scientifique, particulièrement quand on a vu le massacre du sujet fait par rue 89 ainsi que je l’exprimais un peu en colère chez narvic.

Billets similaires:

1. Bingo des sceptiques du climat, version française Il y a quelques semaines, j’ai eu le sentiment de subir une espèce de déferlante anti réchauffement climatique. Outre les sorties habituelles d’Allègre, nous avons eu le “plaisir” d’assister à plusieurs interventions d’un nouveau venu sur la scène médiatique, Vincent Courtillot, depuis une conférence à l’université de Nantes jusqu’au 7-9 du week-end de France Inter . [...]...

Même si je ne suis pas vraiment familier avec ce domaine, je trouve ces histoires d’apparition de la tétrapodie fascinantes. Le fait qu’on ait trouvé des traces d’animal à pattes bien complet 20 millions d’années plus tôt que prévu (par rapport notamment à Tiktaalik) est vraiment très très étonnant (Janvier et Clément parlent de “grenade larguée” dans leur commentaire du papier dans Nature). Clairement, la datation de l’apparition de la tétrapodie va complètement changer, mais (question peut-être stupide) peut-on exclure que ce fouillis ne soit pas dû en fait à des convergences évolutives dans des branches cousines de l’ancêtre commun de tous les tétrapodes ? Une telle convergence serait-elle improbable compte-tenu du fait qu’on observe bien aujourd’hui des espèces de poissons à pattes, comme ce “psychedelic fish” ? (en tous cas Conway-Morris n’en parle pas dans son bouquin, c’est peut-être idiot)

Ajout 9 Janvier :

Evidemment, cela allait de soi : l’hypothèse la plus “parcimonieuse” est que tous les cousins aient coexisté pendant très très longtemps, et que la tétrapodie telle que nous la concevons n’ait évolué qu’une seule fois. Voir ce billet. Mais bon, je trouve quand même que les poissons à pattes posent aussi pas mal de questions.

Aucun billet similaire

Abattre l’Empire State Building avec une chaîne de dominos

Stephen Morris est une espèce d’Yves Couder torontien. Avec une chaîne Youtube en plus. L’idée ici est qu’un domino qui tombe peut entraîner dans sa chute un domino 50% plus grand. D’où une jolie chaîne de culbute !

La Gastrulation d’une grenouille

Où comment passer d’un embryon tout rond à un pré-tétard. The BIG moment dans la vie de chacun, où votre futur cerveau (qui est au départ à la surface de l’embryon) se sépare pour de bon de votre derrière en rentrant dans l’embryon par votre futur anus (oui, c’est le cercle qui se forme) …

Une autre vidéo sur un temps plus long qui vous permettra de vous rendre compte à quel point cette étape est cruciale pour la formation du plan d’organisation …

Des zolies levures qui poussent

Il y a énormément de travaux de visualisation d’expression génétique dans la levure, mais très peu de films sur youtube. En voilà un des plus jolis que j’ai trouvés, la protéine jaune a été introduite par biologie synthétique. C’est la chaîne youtube du labo de Nicolas Buchler .

Synchroniser des métronomes, les mains dans les poches

Un effet découvert par Huygens, il y a plus de 350 ans…

La chasse aux bactéries

Amies des bactéries, ces images sont cruelles pour vous. Un lymphocyte part en chasse, écarte les globules rouges et fond sur sa proie …

Un classique : la réaction B-Z

ou Belousov-Zhabotinsky pour les intimes. Un oscillateur purement chimique, un peu de diffusion, et on voit des jolies ondes sur une boîte de Pétri. Un peu similaire au système MinCDE utilisé par les bactéries pour trouver leur centre dont j’avais parlé ici (et dont je ne trouve pas non plus de vidéo sur youtube).

Les 24 premières heures d’un poisson zèbre :

Publiées dans un récent papier de Science, grâce à une nouvelle technique de microscopie (“light sheet”, i.e. feuille de lumière). Des chercheurs de l’EMBL à Heidelberg ont pu visualiser les premières divisions cellulaires et les mouvements de tous les noyaux d’un embryon de poisson-zèbre. Un tour de force prometteur. Voir le site de “l’embryon digital“.

Les premières divisions cellulaires dans un oeuf de drosophile

Admirez la synchronisation au début, et la façon dont les ondes mitotiques se propagent dans l’embryon sur la fin. C’est la chaîne youtube de Thomas Gregor.

Il était une fois l’homme
Pas vraiment une vidéo de sciences, mais une bonne façon de tourner la page sur l’année Darwin.
Je crois que c’est le début de ce générique qui a vraiment suscité mon intérêt pour l’évolution étant enfant; la musique mélancolique de Bach m’a toujours intimidé, la fin réaliste et effrayante reflète tellement bien notre impuissance…

Billets similaires:

1. On achève bien les théoriciens Pablo (au blog disparu ?) me signale un article du philosophe des sciences Massimo Pigliucci, professeur à NYU, dans EMBO Reports, qui revient sur cette fameuse thèse comme quoi nous assisterions à la fin de la théorie en science. Pour un rappel complet des faits, se reporter à cette note d’Alexandre Delaigue. En bref, [...]...
2. Science-fiction d’exo-biologie évolutive ( Billet parodique) A l’occasion du 300 ième anniversaire de la naissance de Charles Darwin, Science of Nature Online propose un numéro spécial dans lequel le célèbre exo-biologiste Adam Roudski III, fait un point sur les dernières avancées de la théorie darwinienne de l’évolution dans un article intitulé Evolving outer space. Abstract : La découverte de [...]...
3. Fraude et science…. J’ai le sentiment que les affaires de fraude scientifique se multiplient ces derniers temps. La livrée de Nature de cette semaine offre deux beaux exemples, à des degrés très différents. L’affaire la plus grave concerne des physiciens turcs, accusés de plagiat. 70 articles ont été ainsi retirés d’arXiv (la base de données d’articles de physique) [...]...

J’ai moi-même maintenant “référé” une grosse dizaine de papiers dans ma jeune carrière, et force est de constater que je n’arrive toujours pas à définir précisément les contours de cette tâche, depuis le temps que je dois y passer jusqu’à la teneur exacte de mes remarques.

D’abord, soyons clair : les problèmes me semblent être pour les papiers moyens on mauvais. Lorsqu’un papier est bien écrit, bien expliqué, que les simulations ont l’air convaincantes, les choses sont très faciles, on écrit un mot pour dire qu’on a bien compris, qu’on est content, que le papier semble correct, on fait une petite suggestion pour la forme, et roulez jeunesse, tout va très vite.

Mais lorsque ce n’est pas comme ça, que faire ? J’aurais d’abord un premier critère assez simple : est-ce que je me sens plus intelligent après avoir lu le papier qu’avant ? Est-ce que le papier m’a aidé à comprendre quelque chose, ou m’a-t-il au contraire paru comme une tentative de m’embobiner un peu ? C’est peut-être mon domaine, mais je trouve souvent qu’il y a beaucoup de bruit pour rien.

Le deuxième critère, c’est bien sûr la réalisation technique, la qualité des modèles, du raisonnement, etc… Là encore, c’est peut-être mon domaine, mais très souvent, ce côté n’est pas à la hauteur. Je suis assez indulgent quand l’idée semble bonne et que le résultat semble vrai (je pointe alors les aspects techniques à améliorer), mais que faire dans le cas contraire ?

J’ai tendance à rédiger des revues assez détaillées des points qui me semblent peu clairs ou pas bien faits. En réalité, je passe donc d’autant plus de temps à référer un papier qu’il est mauvais. Plus un papier est de basse qualité, plus je prends soin dans mes remarques pour ne pas froisser les gens, pour leur expliquer simplement que tel ou tel point ne me paraît pas correct, etc… mais donc plus mon “vrai” travail en souffre, sans véritable contrepartie puisque je ne tire pas forcément grand chose de ce travail de correction (et mon employeur encore moins).

La question qui se pose en fait, c’est aussi quelles revues on aimerait soi-même recevoir. Et moi j’aimerais bien recevoir des revues qui m’aident à améliorer mon travail, c’est pour ça que même pour les papiers relativement mauvais, je passe beaucoup de temps. Mais, bien souvent, lorsque mon travail est évalué, je ne reçois que des revues qui me disent que c’est bien ou qui me disent que c’est nul, mais sans plus de détails. Certes, les referees gagnent du temps à faire les choses ainsi, mais est-ce vraiment dans notre intérêt collectif ?

Voilà, tout ça pour dire que je serais curieux d’avoir votre avis et vos réponses à la question qui sert de titre à ce billet, car au final, c’est un aspect du travail scientifique auquel on n’est pas vraiment formé, qu’on apprend sur le tas, qui embête pas mal de gens, mais qui est pourtant très important …

Ajout 12:42 : sur un peu le même sujet, Benjamin a écrit un billet récent.

Billets similaires:

1. Etre post-doc aux Etats-Unis… … n’est pas toujours de tout repos ! Voir cet extrait du “NatureJobs” de la semaine dernière (numéro du 17 aout, un article sur la compétition entre labos): Bruce Beutler, an immunologist at the Scripps Research Institute in La Jolla, California, agrees, noting that he often tells graduate students to hurry up on projects he [...]...
2. La science doit-elle être rentable ? Telle fut la question posée par Geoffrey W. Smith à l’occasion d’un symposium ce soir à New York. Je ne pouvais évidemment pas manquer cela, et je résume dans la suite les points saillants de l’intervention. 1930 : le début du NIH L’histoire de la science biomédicale américaine financée par des fonds public commence réellement en 1918, [...]...
3. Il aura peut-être le Nobel : Shinya Yamanaka Si les cellules souches artificielles tiennent leurs promesses, je ne vois pas comment le Nobel pourra échapper à Shinya Yamanaka, comme je l’expliquais en mars dernier. L’occasion de revenir sur les développements récents de ce domaine. Petit rappel pour commencer (on pourra aussi consulter cette page) : Yamanaka est l’inventeur d’un concept qui est aussi [...]...

Même Stephen Dubner, auteur de Freakonomics, semble tomber des nues. Pourtant, il aurait pu utiliser son regard d’économiste, et nous en dire beaucoup sur les incitations dans le monde de la recherche . Aujourd’hui, les incitations se résument au “publish or perish” : il faut publier le plus et le plus vite possible, et lorsqu’un jeune professeur commence sa carrière, “on” lui conseille officieusement et entre deux portes d’apprendre à faire vite et mal, voire à ne pas faire du tout, tous ces petits trucs qui bénéficient plus à la communauté qu’à lui-même. Il n’y a donc en réalité aucune incitation récompensant les chercheurs qui consacrent du temps à la communauté en général, qui partagent correctement leurs données, mais aussi qui font de bonnes revues d’articles bénévolement ou encore s’investissent dans l’administration de la science et de l’université; pire, le “publish or perish” vous enjoint de facto à faire le contraire, puisque moins de temps de recherche, c’est moins de publis et donc un risque plus grand de perdre son job. Lorsqu’en plus, le fait de partager les données vous expose à devoir perdre du temps à vous défendre face à des critiques méthodologiques qui viendront nécessairement de la part de “sceptiques” à la mauvaise foi perpétuelle, peut-on blâmer le chercheur exprimant son ras-le-bol et sa mauvaise volonté dans un e-mail privé ?

Donc Stephen Dubner, plutôt que de déplorer la “ugly side” de ces salauds de climatologues, aurait pu nous dire, en bon disciple d’Adam Smith, que la morale n’a pas grand chose à voir avec tout ça et préconiser les incitations et les régulations qui d’elles-mêmes empêcheraient toute ambiguité et mouvement de mauvaise humeur (dans ce cas précis) et bénéficieraient à tous (en général): revues gratuites, imposant le partage de données avant publication, édictant des règles claires pour la fabrication de figures, reconnaissance professionnelle du travail de peer-review, garantie d’indépendance et du financement des recherches sensibles, reconnaissance de l’enseignement et des charges administratives pour le salaire et l’avancement, garanties plus fortes de l’emploi scientifique ….

L’ironie est qu’il est fort possible que Stephen Dubner ait précisément des incitations contradictoires à l’utilisation de son regard de scientifique dans ce cas précis: il assure la promotion d’ un nouveau livre dont le sous-titre est “Global Cooling” (et d’une Apple app. gratuite). Est-il alors si différent de la plupart des media en ligne français (slate, rue89, …), qui préfèrent manifestement un Courtillot ou un Galam à un Jouzel pour parler de science du climat , s’assurant ainsi débat, audience et buzz ?

(lire aussi chez Laurent Guerby)

Aucun billet similaire

• En 2006, nous débattions avec Enro sur le financement de la recherche par le tiers secteur. Enro ouvrait le bal le 6 Octobre en constatant que le prix Nobel de médecine avait été financé par de multiples organismes privés, je lui répondais en alertant sur les dangers pervers que je voyais au mode de financement par dons, qui rejoignent un peu les critiques de Bergé (concentration sur le plus médiatique, manque de moyen ailleurs …).
• Enro rebondissait sur mes critiques le 12 Octobre, sur les rapports entre charité et co-production des savoirs. La même année, souvenez-vous, l’Eglise catholique s’était fendue d’un communiqué pour “orienter” les recherches du Téléthon, confirmant ainsi mes craintes (et hop, j’en avais fait un petit billet).
• L’année suivante m’a offert une belle illustration des dangers des dons “orientés” avec la construction de la tour  du Sloane-Kettering dans laquelle il est interdit de faire de la recherche sur les cellules souches par contrat avec l’Eglise qui avait donné le terrain.
• 2007 toujours, souvenez-vous de l’appel sur la fuite des cerveaux lancé par la fondation pour la recherche médicale. Le débat le plus intéressant est en commentaires : Erathrya soulignait les problèmes de statut social des chercheurs travaillant pour ces fondations privées. Les fondations de recherche versent en effet la plupart du temps des libéralités aux chercheurs qu’elles emploient, et souhaitaient s’abstenir de verser les charges sociales. Le chercheur pouvait  donc ainsi lui-même faire don de sa protection sociale pour la bonne cause (la fondation pour la recherche médicale essayait de faire pression sur l’Etat pour passer à la caisse…)
• Un an plus tard, en 2008, je ne savais pas sur quel pied danser avec le Pasteurdon, les termes du débat restant les mêmes. J’étais par ailleurs gêné par la communication des gens de Pasteur, tournée vers la mise en valeur des brevets …
• Cela m’a peut-être motivé pour écrire ce billet de synthèse sur le financement de la recherche et son historique aux USA, montrant que nous n’allons probablement pas dans la bonne direction…

Billets similaires:

1. Charité et recherche fondamentale Au coin de la 68ième rue et de la 1ère avenue s’élève désormais une immense tour de verre. Ni un établissement financier, ni un immeuble de bureaux : il s’agit du nouveau centre de recherche contre le cancer construit par le Memorial Sloan-Kettering (MSK), quasiment entièrement financé par des dons privés. A peine construit, [...]...
2. Pot-pourri Très occupé en ce moment, quelques liens/réflexions: A lire chez mix une “tribune” en réaction à la série des articles “les soutiers de l’université”, dont l’idée est née en commentaires ici. Je pense qu’il n’est pas trop tard pour l’envoyer au Monde ! (mea culpa, je n’ai vraiment pas le temps en ce moment) Tout le monde [...]...
3. Brecht et le financement de la recherche Lu dans la vie de Galilée : GALILEE. Et à quoi sert une libre recherche sans temps libre pour chercher ? Qu’advient-il des résultats ? Peut-être pourriez-vous montrer un jour à ces messieurs de la Signoria mes études sur les lois de la chute des corps -il désigne une liasse de manuscrits- et leur demander si [...]...