tomroud.com http://tomroud.com Sun, 29 Jun 2008 02:27:27 +0000 http://wordpress.org/?v=2.5.1 en Mère porteuse : votre avis ? http://tomroud.com/2008/06/28/mere-porteuse-votre-avis/ http://tomroud.com/2008/06/28/mere-porteuse-votre-avis/#comments Sat, 28 Jun 2008 15:14:57 +0000 Tom Roud http://tomroud.com/?p=540 La plupart des blogs politiques que je fréquente n’a pas réagi  au nouveau projet sur les mères porteuses, à l’exception de Koz, qui s’en tient toutefois à une critique de la démarche politique. Un petit avis de scienfitique (moi), sur le mode “la science avance, mais est-ce un progrès” ?

A chaque fois qu’un nouveau débat commence sur des questions éthiques posées par la science, je ne peux m’empêcher de penser à Jacques Testart et à son livre, “L’oeuf transparent”. Résumons en quelques mots sa thèse : lorsqu’une innovation scientifique apparaît, elle se trouve systématiquement appliquée en dépit des conséquences éthiques ou morales. L’un des thèmes du livre qui m’a particulièrement plu est la notion de banalisation due aux progrès scientifiques. En rendant des choses possibles, dans le même mouvement la science les rend acceptable . Du coup, les lignes jaunes ne cessent de reculer.

C’est particulièrement vrai dans le domaine de la procréation médicalement assistée. Les possibilités de la science légitiment le désir d’enfant et le renforcent; mais plus la science est grande, plus la souffrance de ne pas avoir d’enfants est insupportable, on accepte de faire reculer les limites. Testart y voit une dérive de l’individualisme et de la société de consommation, et une source de malheur et de frustration. La conséquence personnelle qu’il en a tirée est l’arrêt de toute recherche dans le domaine.

Evidemment, on a ici un cas d’école. D’abord le domaine, la procréation médicalement assistée, rendue possible par les techniques développées par Testart lui-même. Ensuite, on retrouve toute cette notion de désir personnel et de réponse médicale, façon de banaliser l’acte lui-même derrière la technique et d’effacer les questions morales derrière la souffrance individuelle :

Notre groupe s’est retrouvé face à la détresse de couples pour lesquels il n’y a pas de réponse législative, a expliqué Alain Milon, l’autre rapporteur du texte. Alors que les réponses médicales existent

Ensuite, la ligne jaune franchie, il est nécessaire d’en tracer de nouvelles. Je vous laisse regarder les détails complexes, entre droit de rétractation, nécessité d’avoir un parent génétique, nécessité pour la mère porteuse d’avoir déjà eu un enfant, pour les parents de vivre en France depuis deux ans, etc …

J’avoue pour ma part être plutôt contre, et suis plutôt sur la même ligne que Sylviane Agacinski. Je crois être complètement d’accord avec ce qu’elle dit sur la marchandisation des corps et des problèmes causés par cette possible légalisation. Mais je voudrais compléter par quelques réflexions notamment à la lumière de ce que j’ai compris de Testart.

D’abord, force est de constater qu’à force de lois de notre nouveau gouvernement, la notion de parenté devient de plus en plus floue, mais ce qui me frappe est que même ici, la parenté est conçue avant tout comme génétique. Il faut que l’un des parents transmette ses gènes, comme il fallait que les enfants d’immigrés partagent une partie du patrimoine de leurs parents. Je ne sais pas si cela révèle quelque chose d’essentialiste sur le subsconscient de nos députés, mais cela me frappe. Si on ne partage pas le génome, on n’est pas un vrai parent ? La transmission, c’est d’abord et avant tout la transmission des gènes ?

Il y a donc deux visions du monde qui s’opposent, et on peut penser à des extensions légitimes de ce projet de mère porteuse :
- soit on pense que la transmission des gènes ne compte pas. Dans ce cas, je ne vois absolument pas pourquoi une mère porteuse ne pourrait pas porter un enfant complètement différent génétiquement de ses parents supposés. Il y aura forcément des cas où les deux parents seront stériles, et leur souffrance et frustration sera encore plus grande. Si la loi passe, je suis sûr que c’est la prochaine digue qui sautera. On aura alors une espèce de délocalisation complète de la reproduction : les gamètes d’autres dans le corps d’une autre. Si on peut choisir le corps de la mère, qu’est-ce qui empêchera ensuite de choisir les gènes de son enfant ?
- soit on pense que la transmission des gènes compte. La prochaine digue à sauter prendra quelques années, voire quelques décennies, mais elle est déjà très claire. Beaucoup de gens travaillent sur les cellules souches; je suis persuadé que d’ici peu on arrivera à différencier des cellules adultes en spermatozoides ou ovule. On pourra alors potentiellement utiliser ces gamètes pour “soigner” la stérilité. On peut même envisager du clonage pur et simple à terme.

Je ne sais pas quel monde je préfère, mais je suis à peu près sûr que ce que dit Testart sur la banalisation de la science est vrai, dans le sens que ce qui nous choque aujourd’hui ne nous choquera plus du tout demain. Ce qui est possible sera fait, je n’en doute pas. C’est pour cela qu’il faut toujours s’interroger sur le coup d’après dans ces domaines. Il y aura toujours un scientifique pour réaliser l’étape suivante, il y aura toujours un pays avec une culture plus libérale sur ces sujets pour légaliser ces techniques. Doit-on toujours les suivre ?La seule conclusion possible, c’est que c’est au contrôle démocratique de mettre des lignes jaunes, et de ne pas céder. Evidemment, on peut être pessimiste quand on voit que clairement ici l’initiative vient du pouvoir législatif, au nom du progrès et de la souffrance des couples, et je partage la mauvaise surprise de Koz.

Au final, il me semble que la légalisation des mères porteuse poserait plus de problèmes, éthiques et moraux, qu’elle n’en résoudrait, je pense être donc plutôt contre. Chers lecteurs, qu’en pensez-vous ?

PS : on peut se poser les mêmes questions sur l’utilisation des cellules souches dans la recherche et à but thérapeutique. J’y suis plutôt favorable; les problèmes éthiques me semblent être d’un ordre différent car complètement religieux. Dire qu’une blastula est l’équivalent moral d’un être humain est à mon avis de l’ordre de la foi. Rappelons que la recherche sur les cellules souches n’est autorisée que depuis quelques années en France, et de façon temporaire par la loi de bioéthique. Autrement dit, elle pourrait parfaitement être de nouveau interdite du jour au lendemain. On verra quelle sera la position du législateur sur le sujet.
PS 2 : je n’ai pas d’enfants mais compte en avoir, peut-être que je changerai d’opinion un jour. Mais si j’étais stérile, je crois que je préférerais adopter. Le parcours du combattant de l’adoption est-il plus terrible que celui de la procréation médicalement assistée ?

]]>
http://tomroud.com/2008/06/28/mere-porteuse-votre-avis/feed/
La nouvelle Biologie pour le nouveau siècle http://tomroud.com/2008/06/25/la-nouvelle-biologie-pour-le-nouveau-siecle/ http://tomroud.com/2008/06/25/la-nouvelle-biologie-pour-le-nouveau-siecle/#comments Thu, 26 Jun 2008 03:26:50 +0000 Tom Roud http://tomroud.com/?p=535 (voire pour le nouveau millénaire…)
Il y a 4 ans, Carl Woese,célèbre microbiologiste, publiait un papier de réflexion sur l’avenir de sa science, la biologie. Papier très intéressant et toujours d’actualité, particulièrement pour les physiciens (attention, polémique potentielle inside).

Un partisan de l'évolution théistique et un homme séquencéD’aucuns prétendent que la biologie touche à sa fin. L’approche génétique traditionnelle va permettre de connaître tous les gènes fonctionnels. Avec le séquençage du génome, nous aurons bientôt accès à toute l’information contenue dans l’ADN. Ce n’est qu’une question de temps, d’énergie (donc de nombre d’étudiants ) avant qu’on ne résolve définitivement tous les problèmes de la biologie, et qu’on puisse triompher en couverture de Time Magazine ! Hourra, Hourra !

Face à cet enthousiasme juvénile, le professeur Woese fait les gros yeux ! Que nenni ! Révisez vos cours d’histoire des sciences ! A la fin du XIXième siècle, on pensait la même chose à propos de la physique. La révolution industrielle avait consacré le triomphe de l’homme sur la nature, et d’aucuns pensaient que la physique était littérallement finie. Naifs, va ; quelques chats de Schrodinger, un vent d’éther inexistant et des jumeaux de Langevin ont tout mis par terre …

“Without a guiding vision there is no road ahead; the science becomes an engineering discipline, concerned with temporal practical problems.”

Sans vision d’ensemble, il n’y pas de chemin à suivre; la science devient de l’ingénierie, uniquement préoccupée par la résolution ponctuelle de problèmes pratiques.

“A society that permits biology to become an engineering discipline, that allows that science to slip into the role of changing the living world without trying to understand it, is a danger to itself.”

Une société qui transforme la biologie en ingéniérie, qui permet à la science de changer le monde sans essayer de le comprendre, est un danger pour elle-même.

En fait, ce que Woese déplore, c’est la mainmise d’une approche réductionniste, à visée purement pratique. Cette vision est en fait effectivement héritée de la physique du XIXième siècle. Celle-ci reposait sur une description du monde en atomes et forces fondamentales. Le tout n’était pas plus que la somme des parties : tout la beauté et la complexité du monde reposait sur un simple assemblage d’atomes qu’il suffisait de décrire. Du coup, l’étude des objets à grande échelle était en quelque sorte triviale, et donc inintéressante, annexe. Woese caricature un peu en disant que la biologie aujourd’hui en est à ce stade. La biologie moléculaire a permis de découvrir l’atome de la biologie : l’ADN, encodant les gènes. Elle fut une bénédiction dans le sens où elle a permis de mener une approche systématique, non biaisée, et très puissante. Mais elle a occulté toute vision globale ou holistique, et c’est cette dimension qui manque aujourd’hui.

A ce stade Woese revient sur la notion de réductionnismes avec un s. Car il y a en fait deux réductionnismes scientifiques, et le problème vient de la confusion entre les deux aspects. Le premier est le réductionnisme empirique : c’est avant tout une démarche méthodologique, un mode d’analyse cartésien qui consiste à diviser les problèmes en sous-problèmes, pour mieux les appréhender. Mais ce réductionnisme empirique ne fait pas d’hypothèses a priori sur la solution des problèmes : autrement dit, il peut échouer dans une quête de compréhension des choses car il peut être fondamentalement inefficace pour certains problèmes. A ce réductionnisme empirique s’oppose ce que Woese appelle le réductionnisme fondamentaliste, qui est l’affirmation que le monde peut être totalement compris par la seule étude de ses constituants élémentaires. C’est de fait une hypothèse sur la nature du monde; c’était celle des physiciens du XIXième et selon Woese, c’est l’implicite de nombreux biologistes. Wolfram émerge et m'énerve. Ce réductionnisme fondamentaliste, particulièrement en biologie, néglige la possibilité de ce qu’on appelle les comportements émergents, c’est-à-dire les comportements qui ne peuvent justement être compris par l’étude des constituants individuels mais nécessitent une approche globale [1].

Le paradoxe pour Woese est qu’au moment même où la physique s’emparait des concepts de l’émergence, ouvrait le champ des sciences de la complexité, l’approche réductionniste fondamentaliste s’imposait en biologie. Woese va jusqu’à affirmer que la biologie moléculaire était en quelque sorte périmée dès sa naissance ! Là où le réductionnisme empirique suffisait, le fondamentaliste s’établissait de fait. Du coup, l’objet fondamental, le centre d’intérêt dans l’oeil du biologiste changeait. De l’organisme, on passait au gène en quelque sorte, et Woese le déplore, même si cette transition était nécessaire pour préparer le terrain pour la biologie du XXIième siècle.

“Knowing the parts of isolated entities is not enough. A musical metaphor expresses it best: molecular biology could read notes in the score, but it couldn’t hear the music.

The molecular cup is now empty. The time has come to replace the purely reductionist “eyes-down” molecular perspective with a new and genuinely holistic, “eyes-up,” view of the living world, one whose primary focus is on evolution, emergence, and biology’s innate complexity.”

Connaître les parties d’uns système isolé ne suffit pas. Dressons une métaphore musicale : la biologie moléculaire pouvait lire les notes sur une partition, mais ne pouvait entendre la musique.

La coupe moléculaire est maintenant pleine. Le temps est venu de remplacer la vision “vers le bas” purement réductionniste par une vision holistique “vers le haut” du monde vivant, dont les sujets principaux seront l’évolution, l’émergence et la complexité biologique intrinsèque.

La biologie moléculaire est très efficace pour résoudre des problèmes bien particuliers : en gros, tous ceux liés au gène. Mais cette approche rencontre maintenant ses limites. Un exemple de mon cru parmi d’autres : la réduction de comportements à certains gènes. J’avais parlé dans un billet précédent du “gène de la religion“, découvert après de très fines études statistiques, mais qui, lorsque son influence est quantifiée, n’intervient qu’à hauteur de quelques pour cents dans le comportement…. Preuve qu’à force de tout réduire, on finit par trouver des objets à l’influence elle-même réduite.

Autre exemple de Woese de biais réductionniste : les biologistes voient beaucoup de faits biologiques comme de simples “accidents”, essentiellement inexplicables. Si on pouvait remonter le temps, rembobiner l’évolution et rejouer l’histoire du vivant, selon eux,Rembobinator d’autres organismes complètement différents apparaîtraient. En particulier, les aspects purement moléculaires (code génétique, forme des protéines …), les formes des animaux pourraient être différents. Le biais vient du fait que la méthode réductionniste ne permet pas vraiment d’aborder et d’étudier de telles questions, fondamentalement globales car impliquant énormément d’interactions (chimiques, physiques, écologiques). Il est donc “normal” dans cette vision de penser que le monde vivant tel que nous le connaissons est essentiellement accidentel, car rien ne permet de penser qu’il ne le soit pas. Mais il est possible que nous nous soyons inconsciemment aveuglés car cette vision est en fait très paradoxale. En effet, dans cette vision du monde, tout ce qui est “accidentel” est de fait placé en dehors de l’évolution ! D’un côté, l’évolution est le moteur, mais de l’autre, des aspects cruciaux de la biologie sont interpretés comme lui échappant. Cela ne colle pas selon Woese, et Il faut donc changer de perspective et les représentations traditionnelles de la biologie.


En particulier, la métaphore entre vivant et machine ne tient pas et occulte tout ce qui fait la singularité du vivant. Les machines sont stables et efficaces car elles ont été conçues ainsi. La stabilité d’un organisme est d’une toute autre origine : c’est ce qu’on appelle “l’homeostasie”, la capacité à s’autoréguler en permanence en réponse aux perturbations extérieures. Les organismes vivants ne sont pas à l’équilibre, ils sont pris dans le flot des choses, réagissent et s’adaptent en permanence. C’est cela qui définit le vivant : la faculté de réaction, d’adaptation et d’évolution qui est inaccessible aux approches réductionnistes car elle implique de considérer l’organisme comme un tout.

Que faire alors ? Woese affirme qu’il faut remettre la biologie dans le non-linéaire, dans le flot de l’évolution et de l’environnement. D’un point de vue théorique, une vision dynamique passe nécessairement par l’utilisation des outils développés par la physique pour les systèmes hors équilibres, et en particulier toute la physique non linéaire. Il faut repenser l’évolution en terme de flots, de points critiques et de transition de phase. Il faut du global; selon Woese, les transitions majeures dans l’évolution sont probablement émergentes, dans le sens où des nouvelles structures et de nouveaux niveaux d’organisation émergent de structures et de niveaux inférieurs. Woese propose comme illustration une vision de l’évolution de la vie primitive, dans laquelle les transferts de gènes horizontaux jouent un rôle crucial et permettent de mettre en commun les ressources pour évoluer d’abord de façon non darwinienne ( en particulier sans notion d’espèces ou d’individus), puis de façon darwinienne avec l’apparition de la cellule.

Selon Woese, la biologie est à un tournant. Aujourd’hui, la biologie est très proche de l’ingéniérie (l’exemple typique étant les OGM ou la biologie synthétique). Soit elle continue dans cette voie et court à sa perte - remarquons que Nature a récemment soulevé un problème similaire sur les cellules souches-, soit elle prend un autre chemin, échappant à la vision réductionniste et visant à devenir une vraie science fondamentale. Cette voie implique de reconnaître l’importance de propriétés plus globales, émergentes et non linéaires. Le but premier de cette nouvelle biologie ne sera pas de comprendre la génétique ou la cellule, mais de comprendre l’évolution et la nature des formes biologiques (et c’est là où on a besoin de théoriciens et de physiciens).

society will come to see that biology is here to understand the world, not primarily to change it. Biology’s primary job is to teach us. In that realization lies our hope of learning to live in harmony with our planet.

La société réalisera que la biologie permet avant tout de comprendre le monde, elle ne doit pas nécessairement chercher à le changer. Le but premier de la biologie est de nous apprendre (quelque chose sur le monde). Seule cette démarche nous permettra de vivre harmonieusement sur notre planète.

[1] Notons que ces deux visions de la science sont loin d’être sans conséquence dans nos débats de société autour de la science : elles correspondent aussi à ce que Enro appelait les différentes cultures épistémiques dans les débats sur les OGM. Vous avez d’un côté les pro-OGM, plutôt orientés bio mol (et donc réductionnisme fondamentalisme) vs les spécialistes en écologie et en biologie des populations (qui prennent en compte les interactions à plus grande échelle, genre Timothée par exemple - enfin je ne sais pas ce qu’il pense des OGM)

Référence

A New Biology for a New Century, Carl R. Woese,Microbiology and Molecular Biology Reviews, June 2004, p. 173-186, Vol. 68, No. 2 (lien vers l’article)

]]>
http://tomroud.com/2008/06/25/la-nouvelle-biologie-pour-le-nouveau-siecle/feed/
Scientifiques, à l’assaut ! http://tomroud.com/2008/06/21/scientifiques-a-lassaut/ http://tomroud.com/2008/06/21/scientifiques-a-lassaut/#comments Sat, 21 Jun 2008 15:29:12 +0000 Tom Roud http://tomroud.com/?p=532 Il y a quelques jours a eu lieu la première conférence scientifique virtuelle, dans le monde de World of Warcraft (WoW pour les intimes). (Via gonzoscientist).

La Première Session venait de se terminer. Il nous fallait sortir de la Cité, traverser le désert des Barrens, pour gagner le lieu du Rassemblement, les antiques Artefacts rocheux. L’idée était de quitter la ville en petits groupes, avec des guides expérimentés à même de défendre les plus faibles. Mais le problème venait de la faune locale. (…). En traversant les Barrens vers le sud, nous avons dû repousser l’assaut des Créatures les plus agressives. C’est alors qu’un crocodile a chargé une étudiante undergraduate. J’ai bandé mon arc et abattu l’animal de trois traits, sauvant l’étudiante. Mais les retardataires n’ont pas eu autant de chance. Lutters, un chercheur en informatique de l’université de Maryland, a tenté de rejoindre les Artefacts par lui-même. Il a quitté la route près des montagnes. Une horde de hyènes lui est tombée dessus et l’a déchiqueté vivant…

Si j’étais un Français râleur, je ricanerais d’un air renfrogné, en pestant contre les scientifiques peu sérieux qui passent leur temps à jouer aux jeux vidéos, soi-disant pour leur travail . Regardez Bill Bainbridge par exemple. 67 ans, chercheur à la NSF … avec 2100 h de jeux sur WoW, 18 personnages dont deux au niveau 70 (le plus haut semble-t-il) ! Bainbridge est aussi l’auteur d’une revue remarquée l’an dernier dans Science, sur la sociologie dans les jeux online. Le domaine existe depuis une dizaine d’année, et est en plein essor semble-t-il. Dès 1997, l’atelier NetLab explorait les différentes possibilités offertes par les jeux vidéos pour l’étude scientifique des interactions sociales. De fait, les mondes virtuels ont des avantages certains par rapport au monde réel pour les expériences de psychologie sociale :

  • pas besoin de grosses infrastructures ni de grosses dépenses
  • mettre au point un laboratoire, n’est qu’une question de codage informatique
  • on peut toucher/recruter beaucoup plus de gens
  • on peut leur offrir le cas échéant des grosses récompenses (virtuelles bien sûr) pour les remercier de participer (d’où l’intérêt du levelling-up des personnages des professeurs …)

Les  jeux vidéos  recréent aussi des contextes sociologiquement et historiquement intéressants. Par exemple, il semble que les joueurs de WoW soient divisés en deux méga clans : l’Alliance et la Horde, ce qui n’est pas sans rappeler par exemple l’affrontement Est/Ouest. Et en 2006, les programmeurs ont ajouté des éléments pour accroitre les frictions entre ces deux blocs, notamment de nouvelles zones pleines de richesses à conquérir. Comme les bénéfices de l’exploitation sont collectifs, cela permet au sociologue d’étudier en temps réel les mécanismes de coopération.

Des Scientifiques de la Horde dans un zeppelinDu coup, quel endroit plus logique qu’un monde virtuel pour tenir une conférence sur les avancées de ce domaine ? Evidemment, l’avantage d’une conférence virtuelle est essentiellement financier : pas de billets d’avion à payer, pas de frais d’organisation (mis à part les frais de connexion). Mais d’autres problèmes inhabituels se posent : quel endroit choisir pour l’organisation sur les vastes et dangereux continents d’Azeroth ?  Comment faire pour s’assurer que les chercheurs “newbies” -i.e. non familiers du jeu- puissent venir assister à la conférence sans se faire massacrer ? Quels sont les endroits les plus intéressants à visiter d’un point de vue scientifique ? Sans compter le financement à l’intérieur du jeu vidéo. Heureusement, Catullus, l’alter-ego de Bainbridge au niveau 70 dans la Horde de WoW  est littéralement multimillionnaire dans Azeroth, et a pu tout prendre en charge ( via quelques astuces pour financer les participants de l’Alliance, à l’aide de son épouse virtuelle !).

Autre question pratique : comment “dialoguer” dans WoW ? Et bien … par chat, naturellement ! Toutes les conférences étaient données dans la fenêtre de chat, avec un modérateur pouvant répercuter les remarques privées des auditeurs. Là encore, les avantages sont nombreux : d’abord, toutes les conférences peuvent être immédiatement archivées et consultées, on peut suivre plusieurs conférences en même temps, revenir dans l’historique si on a oublié un passage (ou si simplement on est arrivé en retard).

Parmi les questions abordées, citons le thème de l’identité (quelle part de notre identité mettons-nous dans les jeux vidéos ? comment l’identité est-elle modelée par nos rapports sociaux ?), ceux de la vérité et du mensonge dans les mondes virtuels. Par exemple, les utilisateurs online ont à la fois tendance à mentir davantage (sur leur aspect physique notamment) et à se livrer plus facilement, en l’absence des freins sociaux réels qui nous poussent à garder nos secrets les plus intimes …

Autre aspect sociologique intéressant : la réaction des joueurs de WoW non scientifiques. Ce billet d’un certain Hoern en est un exemple assez savoureux. Pêle-mêle on y trouve des considérations sur le viol de règles plus ou moins non écrites dans la façon de nommer ses personnages (”Your excursion, the setup, its premise, its participants, even your character’s name are essentially contrary to the RP element of the server and, in the case of your guild and character name, violate Blizzard’s RP policy. “), des considérations scientifiques plus ou moins de mauvaise foi (”Level 20 can be, easily, reached within 5 hours /played. Anyone claiming to know anything about any ecosysstem after spending five hours in it needs a serious scientific attitude re-adjustment.”), des moqueries sur le degré de geekiness et de réalisme des organisateurs. Les geeks n’aiment pas qu’on vienne marcher sur leur plate-bande.

Finalement la conférence s’est déroulée dans de bonnes conditions (modulo quelques morts), et s’est conclut de façon tout à fait savoureuse. Comme tout bon geek, nos scientifiques ourdissent pour la domination du monde, et ont donc lancé une attaque massive en bonne et due forme ! Catullus en tête, les scientifiques ont tenté d’attaquer une forteresse de l’Alliance de WoW, appelée Sentinel Hill. Cela a bien sûr suscité les moqueries de Hoern, qui se réjouissait du massacre à venir de joueurs inexpérimentés au niveau 5 ou 20. Seulement, c’était sans compter sans les scientifiques au niveau 70. Au cri de “Pour la Science” et avec l’aide de la guilde Alea Iacta Est, les scientifiques ont massacré les sentinelles et réalisé une percée dans la forteresse, pénétrant en masse dans l’escalier menant au sommet de la tour. Il a fallu une contre-attaque en bonne et due forme de l’Alliance, rameutant des personnages de haut niveau, pour contre-carrer les projets des scientifiques devenus fous. Nos sociologues se sont faits finalement massacrer jusqu’au dernier …


Références :

Article avec video résumant toute l’histoire.

La guilde de la science.

Un article sur BBC Online.

The Scientific Research Potential of Virtual Worlds, Science,2007:
Vol. 317. no. 5837, pp. 472 - 476, William Sims Bainbridge

]]>
http://tomroud.com/2008/06/21/scientifiques-a-lassaut/feed/
1 dollar = 1 cent http://tomroud.com/2008/06/16/1-dollar-1-cent/ http://tomroud.com/2008/06/16/1-dollar-1-cent/#comments Mon, 16 Jun 2008 23:05:34 +0000 Tom Roud http://tomroud.com/?p=530 Ah, les joies des telecoms US …

I have a Verizon unlimited data plan in the U.S. and recently crossed the border to Canada. Prior to crossing the border I called customer service to find out what rates I’d be paying for voice and data. The data rate I was quoted was “.002 cents per kilobyte.”

I was surprised at the rate so I confirmed it with the representative I spoke to, and she confirmed it “point zero zero two cents per kilobyte.” I asked her to note that in my account.

I received my bill and was charged $.002/KB - which is dollars - “point zero zero 2 dollars per kilobyte”. As it is translated to cents would be .2 cents or 2 tenths of a cent - which is a 100 times greater rate than I was quoted.
(…)
I have tried to resolve this issue with customer service reps on the phone, but noone seems to see the difference between “.002 cents” and “.002 dollars”.

Résumé pour les non-anglophones : l’auteur du site Verizon Math appelle Verizon, sa compagnie téléphonique, pour savoir quel est le tarif d’un transfert de données fait depuis l’étranger. Ils lui annoncent 0.002 cents par kilobyte. Etonné par la faiblesse du tarif, il leur fait écrire cette somme sur son dossier. Car le taux était en fait de 0.002 dollars par kilobyte, soit 100 fois plus, somme qu’ils lui ont facturée au bout du compte.

Evidemment, il s’est plaint. Ce qui a donné lieu à quelques dialogues surréalistes avec les managers de la compagnie :

G: Well, let me just start out with a basic question.

M: Okay.

G: Do you recognize that there’s a difference between “point zero zero two dollars” and “point zero zero two cents”?

[pause]

M: Point zero zero two dollars?

G: Do you recognize that there is actually…

M: …and point zero zero two cents.

G: Yes, do you you recognize there’s a difference between those 2 numbers?

[pause]

M: No.

La plupart de ses interlocuteurs ont ainsi maintenu que 0.002 cents sont égaux à 0.002 dollars !

Apparemment, le problème est généralisé, comme le montre cette video :

]]>
http://tomroud.com/2008/06/16/1-dollar-1-cent/feed/
Un code postal cellulaire http://tomroud.com/2008/06/15/un-code-postal-cellulaire/ http://tomroud.com/2008/06/15/un-code-postal-cellulaire/#comments Sun, 15 Jun 2008 21:13:54 +0000 Tom Roud http://tomroud.com/?p=524 On a parfois tendance à considérer la peau comme un tout homogène. Pourtant,  les cellules de la peau du cuir chevelu sont différentes des cellules de peau du ventre ou du dos, en particulier la pilosité n’est pas la même (oui, je suis très poil en ce moment) (Billet en deux parties : courte résumée puis un long complément avec explication sur les données et sur les axes du corps)


Version courte :

La question plus générale, qui excite à la fois les biologistes et les physiciens comme moi, est de savoir comment une cellule sait où elle se trouve dans le corps, en particulier des cellules morphologiquement identiques comme celles de la peau. Comment les cellules du cuir chevelu savent-elles qu’elles doivent produire un cheveu, alors que les cellules du bas du dos ne vont produire qu’un petit duvet ?

Rinn et al. se sont intéressés à des cellules de la peau profonde appelées fibroblastes. Ils ont prélevé des cellules sur différentes parties du corps de différents patients, les ont ensuite cultivées pendant une demi-douzaine de divisions cellulaires, puis ont regardé s’il y avait des marqueurs génétiques particuliers en fonction des parties du corps dont elles provenaient.

Résumé de l’analyse : les chercheurs ont découvert des marqueurs génétiques très clairs pour trois types de systèmes coordonnées dans le corps. Le premier système de gènes correspond à l’axe antero-postérieur (notons-le AP), ou chez l’homme haut du corps contre bas du corps. Cela signifie qu’il y a des gènes spécifiques pour le haut du corps, et d’autres spécifiques pour le bas du corps. Le second groupe de gènes est le groupe proximal-distal (PD), qui correspond à la proximité avec le “centre du corps”. Notez d’ailleurs que les mains, les pieds et … le penis sont des structures distales. Et de fait, l’étude montre qu’ils expriment les mêmes marqueurs génétiques. Le troisième groupe de gènes est le groupe intérieur du corps contre extérieur (IE) du corps.

Les cellules ont donc un système de coordonnées qui leur indique où elles se trouvent dans le corps. Le New York Times appelle cela un GPS cellulaire; c’est un peu faux car le système de coordonnées est intrinsèque aux cellules, c’est davantage un code postal cellulaire. La figure ci-dessus (tirée du New York Times) illustre les trois systèmes avec deux exemples : le gros orteil (en haut à droite), qui est postérieur (bas du corps), distal et extérieur, et le poumon (en bas à gauche), qui est antérieur (haut du corps), proximal (proche du centre) et intérieur. Avec mes notations précédentes, le code “postal” cellulaire du gros orteil est donc PDE (Postérieur, Distal, Exterieur),  celui du poumon API; celui de la paume de la main serait ADE, celui du cuir chevelu APE, …

Pourquoi et comment se mettent en place ces marqueurs spécifiques ? Vous le savez peut-être, mais les différentes parties du corps sont caractérisées au stade embryonnaire par des expressions de gènes très particuliers, appelés les gènes Hox. Ces gènes sont spécifiques à certaines parties du corps : il y a par exemple des gènes Hox qui sont caractéristiques de la tête, d’autres du tronc … Si vous jouez un peu avec les gènes Hox, vous pouvez produire des mutants étranges, comme des mouches avec des ailes en plus, etc … Les chercheurs ont donc cherché des traces de ces gènes Hox dans tous ces fibroblastes. Et ils en ont trouvé : parmi les gènes définissant les positions des fibroblastes, il y a de nombreux gènes Hox. Et ces gènes correspondent bien à la position à la fois dans l’adulte et l’embryon : les gènes Hox activés dans la partie antérieure de l’embryon restent exprimés dans les fibroblastes dans la partie antérieure du corps. Autre exemple, le gène HoxA13, gène du développement des structures distales, est allumé dans les cellules des doigts, du pied, et du prépuce. On pense que c’est parce que ce gène pourrait jouer un rôle dans la physique de la formation de structures “en doigt” justement.

Cela suggère un modèle à la fois simple et profond : lors du développement embryonnaire, des gènes comme les gènes Hox sont allumés. Ces gènes semblent rester allumés tout au long de la vie et sont des marqueurs de la position des cellules dans le corps.


Complément :

Comment les cellules du cuir chevelu savent-elles qu’elles doivent produire un cheveu, alors que les cellules du bas du dos ne vont produire qu’un petit duvet ? Deux mécanismes sont possibles a priori :

  • soit les propriétés des cellules sont intrinsèques : il y a des marqueurs génétiques spécifiques de la position dans le corps comme il y a des marqueurs génétiques caractéristiques des cellules du coeur ou du foie. Une cellule du cuir chevelu est alors par nature une cellule du cuir chevelu : si vous transplantez un morceau de cuir chevelu sur votre genou, vous pourriez y faire pousser des cheveux.
  • soit les propriétés des cellules sont plus dépendantes du contexte extérieur. Les cellules du cuir chevelu savent où elles sont car elles reçoivent en permanence des signaux leur disant : ” vous êtes des cellules du haut du crâne”. Dans ce cas, les cellules de la peau ont un destin beaucoup plus “flexible” : si vous transplantez des cellules du cuir chevelu sur le genou, elles “liront” le contexte “genou” et se comporteront comme des cellules du genou.

Les cellules superficielles de la peau se comportent de la seconde façon : on a montré chez le poulet que la peau transplantée produit des plumes identiques à la peau locale. C’est pour cela que Rinn et al. se sont intéressés à des cellules de la peau plus profonde, qui justement doivent donner cette identité locale. Ils ont aussi prélevé des cellules d’organes internes pour comparaison.

La figure A ci-contre montre les différents endroits où les cellules ont été prélevées sur un patient. La figure B montre leurs données à l’aide d’une technique appelée “clustering” . Le tableau avec des cases rouges et vertes est une représentation symbolique des expressions génétiques des cellules. Chaque colonne correspond à une cellule, chaque ligne à un gène donné; la couleur à l’intersection d’une ligne et d’une colonne correspond au niveau d’expression du gène dans une cellule (rouge exprimé, vert non-exprimé). Ensuite, on réordonne informatiquement les cellules et les gènes pour essayer de former des groupes de cellules exprimant les mêmes gènes (ce qui correspond à réordonner les lignes et les colonnes dans le tableau pour fabriquer des zones où la couleur rouge et verte est homogène). On en tire un arbre d’expression génétique (figure C) qui compare les expressions des différentes cellules. Plus des cellules sont proches dans cet arbre, plus elles ont des expressions génétiques similaires. Ici, il faut comparer la figure C et la figure A; on voit très clairement que les cellules d’endroits proches se trouvent au même endroit dans l’arbre. Ainsi, toutes les cellules prélevées sur le tronc sont ensemble; les cellules prélevées sur les bras sont aussi regroupées dans l’arbre. Cela signifie donc qu’il y a des expressions génétiques caractéristiques des endroits différents du corps et confirme l’hypothèse de marqueurs génétiques intrinsèques portés par les fibroblastes : les cellules du corps savent leur position car elles expriment des gènes caractéristiques de leur position.

Ensuite, les chercheurs ont trouvé des marqueurs plus fins. C’est le moment de faire un petit apparté sur le système de coordonnées utilisé en biologie du développement. Le corps des vertébrés est organisé selon essentiellement trois axes :

  • antero-postérieur (appelee aussi rostro-caudal), qui est en gros l’axe du tube digestif ou l’axe tête queue
  • dorso-ventral,  qui est en fait l’axe correspondant à la “gravité” chez l’animal adulte. Le dos correspond à la partie tournée “vers le haut” de la plupart des animaux, le ventre est tourné vers le bas.
  • proximal-distal. Celui-là est moins connu. C’est l’axe qui correspond à “l’éloignement” du tronc principal. Il est utilisé en particulier pour décrire les membres. Considérez un bras par exemple. L’épaule fait partie du bras mais est collée au tronc, tandis que la main, elle, est au bout du bras, donc est éloignée du tronc. On dit que l’épaule est plutôt proximale, tandis que la main est plutôt distale.

Définir les positions le long de ces axes peut être un peu sioux chez l’animal adulte, particulièrement chez l’homme. Par exemple, le pied n’est pas plus postérieur que la cuisse, mais est plus distal. Il faut penser d’un point de vue “évolutif” : chez la majorité des animaux, le pied et la cuisse sont au même niveau sur l’axe antéro-postérieur; mais chez l’homme, du fait de la bipédie, l’axe antéro-postérieur est en gros parallèle à l’axe distal-proximal.

Les chercheurs ont donc cherché s’il y avait des expressions génétiques caractéristiques de chacun de ces axes. Notez que cela devient un peu plus subtil car il y a de la combinatoire. Par exemple, pieds et mains sont des structures distales, mais le pied est plus postérieur que la main.

Résumé de l’analyse : il y a des marqueurs génétiques très clairs pour l’axe antero-postérieur et l’axe proximal-distal, mais pas pour l’axe dorso-ventral. Il y aussi un marqueur très clair pour les cellules de la peau vs les cellules intérieures (pas une grosse surprise). Le regroupement antero-postérieur est le plus visible : sur l’analyse des expressions génétique ci-contre, les cellules prélevées au-dessus du nombril (bleu) et celles au-dessous (vert) se regroupent entre elles.

L’étude de l’axe proximal-distal a été faite en regardant les expressions génétiques tout le long du bras ou de la jambe. Là encore, on voit un regroupement très clair : il y a une différence génétique entre les cellules de la main et les autres (voir ci-contre). C’est un peu surprenant quand on y pense : génétiquement, les expressions génétiques des cellules de la paume et du dessus de la main, aux pilosités très différentes, sont plus proches que celles entre les cellules du dessus de la main et de l’avant-bras par exemple.

Les chercheurs ont alors essayé de regrouper les expressions génétiques des différentes parties du corps  en s’intéressant uniquement aux marqueurs proximaux-distaux découverts sur leur étude du bras. Le résultat est présenté sur la figure ci-dessous.

La figure de gauche montre un regroupement fait entre les cellules du bras et de la jambe. On s’aperçoit alors que génétiquement, les cellules de la main et du pied se rassemblent, bien qu’elles soient sur des membres différents. Pour ces marqueurs, une cellule de la main est donc plus proche d’une cellule du pied que d’une cellule du bras. La figure B montre le regroupement effectué en incluant toutes les cellules du corps. Le groupe intéressant est tout à droite : Fng signifie “finger” (doigt), Ft signifie “foot” (pied) et Frsk signifie “Foreskin” (prépuce). Là encore, on voit le regroupement des doigts et des pieds, mais avec une autre structure du corps : le zizi ! Génétiquement les cellules du bout du pénis ressemblent donc plus aux cellules des mains et des pieds qu’aux cellules du reste du corps… Et si vous avez eu le courage de lire jusque là, vous avez le droit de vous poser la même question un peu salace que moi : compte-tenu de leurx expressions génétiques similaires, cela signifie-t-il que la taille du zizi est corrélée à celle des doigts ;) ?

Référence :
Rinn et al., Anatomic Demarcation by Positional Variation in Fibroblast Gene Expression Programs, Plos Genetics (article en accès libre)

]]>
http://tomroud.com/2008/06/15/un-code-postal-cellulaire/feed/
Encore un petit c@fé http://tomroud.com/2008/06/11/encore-un-petit-cfe/ http://tomroud.com/2008/06/11/encore-un-petit-cfe/#comments Wed, 11 Jun 2008 14:33:49 +0000 Tom Roud http://tomroud.com/?p=523 Bref billet à contenu informatif et promotionnel

Comme nous l’annonçait Enro, nous avons la joie d’accueillir deux nouveaux c@fetiers :

  • tout d’abord, Benjamin Bradu, doctorant au CERN, qui tient un excellent blog de vulgarisation, la science pour tous (ou science for everyone in English). Par exemple, vous saurez tout sur la mesure de température des étoiles (sur lesquelles il est difficile d’envoyer un thermomètre)…
  • ensuite, le prolifique Dr Goulu , qui aborde beaucoup de sujets, des trous noirs aux matches de foot. J’ai adoré son billet sur Nostradamus et le LHC

Bienvenue à eux ! Le c@fé poursuit donc sa croissance, même si sa proportion de Benjamin augmente et celle de femmes diminue …

Enfin, à la suite de la participation officielle du c@fé au premier forum des blogueurs scientifiques, France Inter a parlé de nous dans la fameuse rubrique “reporter” du 7-10. Cela m’a fait tout drôle d’entendre la douce voix  d’Enro entre Nicolas Demorand et Sophie Bécherel !

]]>
http://tomroud.com/2008/06/11/encore-un-petit-cfe/feed/
De l’importance du tableau en foot http://tomroud.com/2008/06/08/de-limportance-du-tableau-en-foot/ http://tomroud.com/2008/06/08/de-limportance-du-tableau-en-foot/#comments Mon, 09 Jun 2008 01:51:00 +0000 Tom Roud http://tomroud.com/?p=522 C’est entendu, les Bleus sont dans le groupe de la Mort, et les choses ne vont pas être faciles. Pourtant, la science vient à notre rescousse, et à la fin de ce billet, vous saurez pourquoi les Bleus ont de bonnes chances de gagner l’Euro en battant l’Allemagne en finale (en supposant qu’ils évitent l’Espagne…).

Comme de nombreux fans de foot, je me remets à peine de la finale de la coupe du monde d’ il y a deux ans, et comme tout supporter chauvin, j’entretiens le mythe que l’Italie n’a pas mérité sa victoire finale. En particulier, force est de constater que passer contre l’Australie sur penalty litigieux et fesser l’Ukraine a nettement moins de gueule qu’écraser l’Espagne et dompter le Brésil (pour ceux qui ne comprennent pas, je renvoie au tableau final de la coupe du monde 2006).

Mais comme je suis aussi un peu nerd, il me fallait trouver des raisons objectives, des chiffres. J’ai donc fait un petit calcul statistique simple. J’ai simulé numériquement 10 000 coupes du monde avec le même tableau final qu’en 2006. J’ai attribué un peu arbitrairement des forces aux différentes équipes : force 1 pour l’Italie, l’Allemagne, le Brésil, la France et l’Argentine, force 0.5 pour l’Angleterre, le Portugal, la Hollande et l’Espagne, force 0.2 pour les autres équipes. Quand une équipe de force f1 rencontre une équipe de force f2, je suppose qu’elle a f1/(f1+f2) chances de l’emporter. Par exemple, si la France rencontre le Brésil, elle a une chance sur deux de l’emporter, mais si elle rencontre la Hollande, elle a deux chances sur trois.

Les listes suivantes  donnent  les pourcentages simulés de chacune des équipes d’atteindre le stade indiqué dans la coupe du monde 2006 (je n’ai gardé que les pourcentages au-dessus de 10 %):

Demies finales

Italie 69
Allemagne 46
Bresil 45
Argentine 45
France 37
Angleterre 35
Hollande 28
Portugal 27
Espagne 13
Ukraine 10
Suisse 10

Finale
Italie 36
Bresil 31
Allemagne 27
Argentine 27
France 25
Angleterre 13
Portugal 10
Hollande 10


Vainqueur

Italie 21
Allemagne 16
Bresil 15
Argentine 15
France 13

Bien que les 5 premiers dans chaque classement aient la même force, l’Italie domine outrageusement à tous les stades. La seule raison est la forme du tableau final  : après l’Australie, l’Italie aurait affronté soit la Suisse, soit l’Ukraine et avait donc de grandes chances d’être en demies. La France au contraire avait l’adversaire le plus relevé en huitième (l’Espagne) et était promise au Brésil en quart, d’où des stats minables. Voilà la preuve par les chiffres : aucun mérite pour les Italiens, mais une France héroique dans sa quête du titre.

Le biais est encore plus flagrant quand on baisse la force de l’Italie à 0.9 :

Demies
Italie 66
Allemagne 46
Bresil 46
Argentine 46
France 37


Finale

Italie 33
Bresil 31
Allemagne 28
Argentine 28
France 25


Vainqueur

Italie 18
Bresil 17
Allemagne 16
Argentine 16
France 13

Même en étant 10% moins fort que les quatre autres gros, l’Italie reste en tête dans tous les classements … Autant dire qu’elle n’a eu aucun mérite à gagner dans des conditions aussi biaisées ! En plus, je n’ai pas tenu compte de l’usure physique des équipes : il est clair que plus on rencontre des équipes fortes, plus on laisse de jus et plus la force diminue… ce qui ici encore avantage grandement l’Italie ! Grrrr…. ;)

Quid de cet Euro ? En pronostiquant les quart de finale suivants :

Portugal -Croatie

Tchequie-Allemagne

France-Suede

Italie-Espagne

on trouve les stats suivantes :

Demies
Allemagne 83
France 83
Portugal 71
Italie 66
Espagne 33
Croatie 28
Suede 16
Tchequie 16


Finale

Allemagne 59
France 46
Italie 36
Portugal 28
Espagne 13

Vainqueur
Allemagne 31
France 27
Italie 22
Portugal 10

Comme vous pouvez le voir, les Allemands ont un tableau relativement dégagé ( peut-être ai-je sous-estimé le Portugal) et, tirage au sort aidant, ont de grandes chances d’être en finale. Mais si tant est que nous nous qualifiions et évitions l’Espagne, le sort sera peut-être avec les Bleus, calés à la deuxième place…

Tout ça pour dire ….

Allez les Bleus !

(en espérant que le blog de Raymond dure le plus longtemps possible)

]]>
http://tomroud.com/2008/06/08/de-limportance-du-tableau-en-foot/feed/
Les maths du mème http://tomroud.com/2008/06/07/les-maths-du-meme/ http://tomroud.com/2008/06/07/les-maths-du-meme/#comments Sat, 07 Jun 2008 15:03:23 +0000 Tom Roud http://tomroud.com/?p=520 Au moment même où je publiais mon billet sur la propagation du mème des six choses insignifiantes, un article de PNAS (compte-rendu de l’académie des sciences américaine) proposait une étude et un modèle de la propagation des chaînes d’e-mail.

Nous connaissons tous ces messages, pétitions et autres recettes de cuisine à transmettre : vous recevez un e-mail, qui vous demande d’ajouter votre nom à une liste et de forwarder celle-ci à vos amis.

Liben-Knowell et Kleinberg ont étudié la dynamique d’une telle chaîne de lettres : il s’agissait d’une pétition contre la guerre en Irak en 2002-2003. Ils ont trouvé 637 exemplaires de cette pétition, contenant au total plus de 20 000 noms ! Un outil idéal pour comprendre la propagation de l’information sur les réseaux.

La figure s’étendant tout le long du billet représente  l’arbre généalogique des e-mails transférés. Les conventions sont exactement les mêmes que dans mon billet sur les mèmes : un noeud de l’arbre représente une personne transférant la pétition à ses amis qui sont ses “enfants” dans l’arbre généalogique.

Les auteurs ont étudié la structure statistique de cet arbre et ont relevé la même propriété surprenante dont je parlais dans mon billet sur les mèmes : l’épidémie n’est pas exponentielle. Ainsi même si la plupart des gens forwardent leur pétition à beaucoup de monde, plus de 90% des noeuds n’ont qu’un enfant (ce que je voyais aussi dans mon étude précédente, où en moyenne un père avait 1.07 enfant).  C’est ce qui explique que ce genre de pétitions peut s’étendre sur beaucoup de générations : la propagation est en fait très lente car le nombre de personnes atteinte à la génération n n’est pas exponentiel mais quasiment linéaire. C’est donc un mode de propagation en fait assez inefficace.

Les auteurs soulignent que ce genre de réseau est en fait assez inhabituel. Vous avez sans doute entendu parler de l’histoire des “six degrés de séparation” ou des “six poignées de main”: prenez deux personnes dans le monde, alors en général vous pouvez reconstituer une chaîne d’amis/de connaissances entre ces deux personnes qui n’a pas plus de six personnes dans la chaîne. Un exemple : George Bush et moi. Je connais mon directeur de thèse, qui connaît Edouard Brézin (président de l’académie des sciences), qui connaît Valérie Pécresse, qui connaît Nicolas Sarkozy, qui connaît George Bush. Je suis donc au plus à 5 degrés de séparation de George Bush (en fait je suis probablement même beaucoup plus proche de lui via mes connaissances américaines). Imaginez l’impact d’une épidémie se transmettant par les poignées de main dans un tel réseau ! On aurait dans ce cas-là une propagation exponentielle qui se propagerait rapidement au monde entier. Tout le contraire de cette pétition qui se propage pendant un temps très long.

Les auteurs ont alors essayé de construire un modèle produisant des arbres statistiquement similaires à cette pétition. Le premier modèle est assez naturel : ils ont pris comme base un réseau social typique, puis ont supposé que dans ce réseau social, chaque personne recevant la lettre avait une certaine probabilité de continuer la chaîne et de la transmettre à ses amis. Quels que soient les paramètre choisis, ce modèle échoue à reproduire la caractéristique essentielle de l’arbre qui est que chaque père n’a pas beaucoup plus qu’un enfant en moyenne et que la plupart des pères n’ont qu’un enfant.

Ils ont alors introduit un paramètre supplémentaire dans les équations : le temps. Lorsque l’on reçoit une telle chaîne, si nous répondons, nous ne répondons pas immédiatement. Nous prenons un certain temps. Or, cette dimension temporelle est cruciale pour la dynamique. Lorsqu’une personne reçoit une telle pétition, elle l’envoie à ses amis. Mais tous ces amis ne vont pas transférer l’e-mail simultanément; il y aura une personne du groupe d’ami qui va ajouter son nom sur la liste en premier et va avoir tendance à la transférer … au même groupe d’amis. Puis une seconde personne de ce groupe d’amis, si elle choisit de continuer la chaîne, va ajouter son nom à la suite de la pétition reçue le plus récemment, donc la seconde pétition (et pas celle issue du premier ami). L’effet final est qu’un groupe d’amis ne donne pas naissance à plein de petits arbres indépendants, mais plutôt à une liste linéaire dans laquelle chaque personne n’a pas beaucoup plus qu’un descendant. Le modèle mathématique donne alors des formes d’arbres beaucoup plus proches des arbres réels. 

On observait effectivement un effet similaire  dans la chaîne de mèmes sur les blogs : en tenant compte de tous les liens, on voyait apparaître une carte en couleurs dans laquelle les amis se regroupaient en fonction des intérêts thématiques. Les gens d’un groupe étaient en général taggés préférentiellement pas les personnes du même groupe. Du coup, un “groupe” n’avait collectivement pas tellement de descendants hors du groupe, d’où la faible efficacité de la propagation. Tiens, je réalise d’ailleurs que mon regroupement thématique en couleurs confirme un peu leur modèle mathématique !

Conclusion : comme me le conseillait Titechophie, la prochaine fois, je soumettrai mon billet à PNAS (d’autant que leur étude a été citée dans les editor’s choice de Science…) ;).


Référence

David Liben-Nowell and Jon Kleinberg, PNAS, 2008, vol. 105, no. 12, 4633-4638

]]>
http://tomroud.com/2008/06/07/les-maths-du-meme/feed/
En direct du labo http://tomroud.com/2008/05/30/en-direct-du-labo/ http://tomroud.com/2008/05/30/en-direct-du-labo/#comments Fri, 30 May 2008 22:01:50 +0000 Tom Roud http://tomroud.com/?p=519 Petits trucs en vrac

De l’avantage de la biologie sur la physique

Un chercheur d’ici m’a raconté qu’il y a quelques années, Science et Vie avait publié une caricature amusante sur la physique. Cela commençait au Néolithique : l’homme s’interrogeait sur l’univers, et reconnaissait qu’il ne savait rien. Puis au XVIIIième siècle, on a commencé à comprendre les lois de la physique : la théorie était simple et était représentée sous la forme d’un carré par le dessinateur. A la fin du XIXième siècle, on a dessiné un triangle à l’intérieur du carré, au milieu du XXième siècle, des ronds, des spirales, des diagrammes compliqués à l’intérieur du triangle. La caricature s’achevait sur un homme du 4ième millénaire devant un diagramme affreusement compliqué, qui reconnaissait qu’on ne comprenait en fait pas grand chose en proportion de ce qu’il reste à découvrir aux échelles inférieures. “Tout ce que je sais, c’est que je ne sais rien”; c’est de plus en plus mon sentiment face à la science …

L’avantage de la biologie est qu’au moins les échelles sont limitées strictement, et qu’on a donc potentiellement accès à tous les objets importants à court terme. La biologie est donc peut-être plus abordable que la physique, même si elle est moins avancée.

Du mandarinat

Ce texte paru sur le site de SLR est édifiant. Il s’agit d’un compte-rendu de rassemblement ANR pour des chercheurs en sciences humaines. Extrait de consignes :

nous attendons que votre intervention éclaire l’assemblée sur :
(…)

- le positionnement recherché pour la France : leader ou suiveur, en justifiant votre choix ; et l’apport de votre projet pour atteindre cet objectif ;
(…)
- les potentialités de retombées économiques et sociales du travail de votre équipe.

Je ne pensais pas qu’on en était là, je n’ai jamais entendu parler de trucs pareils, même ici aux Etats-Unis. Cette manie du contrôle et de l’évaluation est totalement délirante; les objectifs sont eux aussi surréalistes : est-ce cela qu’on appelle une dérive manageriale ? Apparemment s’y ajoute également une tendance très française de mépris pour les plus jeunes (les jeunes chercheurs ayant quand même la quarantaine). Je ne sais pas si on en est là en sciences dures, mais cela ne donne pas du tout envie de rentrer …

Il faut lire ce billet d’Alexandre Delaigue qui dit des choses très justes sur la France, tout à fait valables pour son système de recherche :

Au coeur de l’identité française, on trouve de nombreuses contradictions. Un Etat corporatiste pesant, joint à une méfiance généralisée vis à vis du pouvoir; des spécificités innombrables, grandes et petites, jointes à l’idée selon laquelle la France a une vocation universelle; un goût prononcé pour l’égalité, joint à la multiplication des privilèges; une large ouverture au monde extérieur et à la nouveauté, joint à une grande méfiance de tout ce qui vient de l’étranger et un fort conservatisme. Et par dessus tout, la peur du déclin, de cesser d’être “exceptionnel” sous l’effet homogénéisateur du monde extérieur, de cesser d’être prospère lorsque les autres le deviendront, l’idée que l’avenir sera immanquablement négatif : soit il faudra “changer” pour se sauver, et au passage devenir comme les autres et perdre son identité; ou alors, conserver son identité et être voué au déclin. (…)Les français souffrent de l’impression que leurs spécificités sont des handicaps. Il n’y a pas de raison, pourtant, de le penser.



Enervé de service

Je découvre ces dernières semaines son blog, les anecdotes sur le recrutement vu de l’intérieur sont assez extraordinaires. Cela dit, j’ai parfois l’impression que la limite entre les magouilles et le jeu politique normal est en fait assez floue. Le plus scandaleux est peut-être le manque de transparence, ainsi que le fait que les “critères” de recrutement sont plus ou moins fluctuants.
Je suis quand même étonné qu’il n’ait pas peur d’être reconnu.

Forum des blogueurs scientifiques

Dans quelques jours maintenant aura lieu le forum des blogueurs scientifiques. Enro vous donne rendez-vous sur son blog ; j’aurais bien volontiers traversé l’Atlantique pour venir, mais cela n’aurait pas été raisonnable ! Et puis, n’aurait-ce pas été un peu dangereux pour mon anonymat chéri :P ?

Pause

Je ne sais pas si cela se sent dans mes billets, mais je suis assez fatigué et débordé en ce moment. Pas de billets donc jusqu’à nouvel ordre, et probable ralentissement de publication à moyen terme. Du reste, je ne crois pas être le seul… Et non, il n’y a pas de rapports directs avec l’Euro de foot !

]]>
http://tomroud.com/2008/05/30/en-direct-du-labo/feed/
Rock out Geek http://tomroud.com/2008/05/29/rock-out-geek/ http://tomroud.com/2008/05/29/rock-out-geek/#comments Thu, 29 May 2008 14:37:59 +0000 Tom Roud http://tomroud.com/?p=518 Même si ce n’est pas trop ma tasse de thé, Guitar Hero est un jeu qui me fascine. La dernière mouture sur DS s’annonce incroyable (voir cette démo)

Je me demande toujours comment on arrive à coder/détecter des trucs comme le “wiggle”.

Plus généralement, la DS est la console de jeu vidéo indispensable aux fans indécrottables de la Super Nintendo comme moi (qui, gasp, atteignent maintenant la trentaine; ont-ils maintenant développé des super pouvoirs de geek ?). Je ne me suis jamais autant amusé depuis 10 ans avec certains titres comme New Super Mario Bros ou l’extraordinaire Zelda: The Phantom Hourglass. On y retrouve une créativité, une légéreté et un plaisir de jeu disparus depuis longtemps des Playstation et autres Xbox au détriment de beaux graphismes et de scénarios grandiloquents. Et les titres qui s’annoncent sont délicieusement old school … Je vais m’amuser entre deux avions ;).

]]>
http://tomroud.com/2008/05/29/rock-out-geek/feed/